嘉禾、桂阳、郴州、攸县相继失，万清逮治。秉章坐未能预防，革职留任。先议修长沙城，甫毕工，而贼由醴陵突犯长沙。秉章婴城固守，悍贼萧朝贵预诇城坏，故以轻军来袭，未得逞，寻毙於砲。副将邓绍良赴援最先至，入城任战守。贼屡以地雷坏城，皆击卻之。新授巡抚张亮基至，秉章奉旨暂留同守城。及贼首洪秀全大举来攻，援军向荣、和春、张国樑等亦并集，且守且战，历八十馀日。贼引去，陷岳州，趋湖北。赛尚阿、程矞采并坐失机罢谴。秉章以守城功，免议，召来京。寻命留湖北襄办防守事宜，未至而武昌陷。三年春，官军收复武昌，暂署湖北巡抚。诏赴徐州筦粮台，未行，复署湖南巡抚，寻实授。
在籍侍郎曾国籓奉命治团练，始立湘军，秉章力赞成之。又延湘阴举人左宗棠襄理戎幕，广罗英俊之士，练勇助剿，军威渐振。先清境内，遣军分路破江西贼於桂阳，破广西贼於永明、零陵、江华，破广东贼於兴宁，又破江西贼於茶陵，而常宁、永兴土匪皆平。贼由湖北进陷岳州，令王珍、曾国葆水陆截击，败之，岳州遂复。令贵州道员胡林翼率黔勇追贼逼界口。四年，总督吴文镕师溃黄州，汉阳复陷。曾国籓水师成，进援湖北，前敌失利，岳州复陷。贼犯靖港及樟树港，距长沙数十里，并陷宁乡、湘潭。秉章调抚标兵益塔齐布军，令偕杨岳斌、彭玉麟同援湘潭。国籓亲率水师战靖港，复失利。布政使徐有壬、按察使陶恩培请奏劾罢其军。秉章曰：“曾公谋国之忠，不可以一时胜败论也。”会次日塔齐布等大破贼於湘潭，复其城，靖港贼亦遁走，长沙获安。贼绕西湖陷华容、龙阳、常德，令胡林翼专剿此路。塔齐布、罗泽南进规岳州、崇阳、通城，未几，各城皆复，而武昌再陷。国籓整军东征，饷械悉力资之无缺，十月，遂克武昌。湘军之名自此显。
五年，武昌三陷，胡林翼署巡抚，飞书告急。秉章令鲍超率水师先赴，彭玉麟募勇继之。起杨岳斌於家，统其众以固北路，而南路广东、广西群贼扰境，土匪纷起应之。令田兴恕御东路，王珍剿南路，先清土匪，克东安，斩广西贼首胡有禄。馀贼复扰永明、江华，击走之。克桂阳、永兴、茶陵、郴州、宜章，毙广东贼首何禄，南路遂定。贵州苗犯晃州、沅州、麻阳，并击走之。当武昌陷后，总督杨霈奏饬胡林翼渡江上扼汉川，以固荆襄。秉章上疏争之，略曰：“杨霈始终坚执防贼北窜，然以现在形势论之，江西、湖南尚称完地。若使湖北水陆两军移驻汉川，长江千里，尽委之贼，其将置东南於不问乎？未解者一也。移驻汉川，祗能御上窜襄阳之路，其於荆州并无轻重。若贼水陆并进，荆州门户，其孰当之？未解者二也。水陆两军相为依附，胡林翼既驻汉川，则水军非退守监利，即移泊岳州，为湖南门户计，尚未为失。然武汉门户岂能度外置之乎？未解者三也。若谓贼众兵单，不思广济失利之初，以总督万馀之兵，不能当千馀之贼，乃退守黄州，未一日即退汉川，由此而德安，而随州，今又退至枣阳。北窜者贼也，引之北窜者谁欤？未解者四也。扼贼北窜，必固荆襄，欲保荆襄，必守武汉，此一定之局。汉阳未复，不能绕至汉川，况武汉均为贼屯，胡林翼纵至汉川，以孤军驻四面皆贼之地，又能为荆襄门户计乎？未解者五也。”霈之专防北窜，原出迎合上意。疏入，诏斥所诋霈者过当。然上意开悟，未久罢霈，以官文代之，与胡林翼合规武汉。秉章悉力资给林翼军，如所以助曾国籓者。洎林翼与罗泽南破石达开於咸宁，达开折入江西，连陷瑞州、临江，而吉安、抚州、建昌属城多被扰。
国籓自上年九江之挫，久留南昌，孤军难进展。秉章至是锐意东援，令江忠济出通城以固岳州，令刘长佑、萧启江率军分路入江西。六年，刘长佑等连克萍乡、万载，进攻袁州。江忠济战殁通城，以王珍代之，连克通城、崇阳、蒲圻、通山诸县。至冬，长佑克袁州、分宜、新喻，赵焕联自茶陵收永宁，余星元自酃县收永新、莲花。初议规江西分三路，北路出瑞州，中路出袁州，南路出吉安。刘长佑袁州一路兵逾九千，饷难再筹。至是始令周凤山、曾国荃各募勇二千，合趋吉安。诏嘉秉章不分畛域，越境殄寇，赐花翎。
七年，武汉既复，下游无警，湘军乃四出。以蒋益澧率永州军援广西，以王珍军增援江西，以兆琛等军援贵州，需饷益钜。湖南自军兴停漕运，米贱，而徵折犹沿旧价，民困赋绌。秉章减浮折，覈中饱，民减纳而赋增。仿扬州例，抽收盐货釐金，岁入百数十万，给军无缺。王珍战江西，屡破悍寇，克乐安，寻卒於军，以张运兰及珍弟开化分统其众。刘长佑攻临江，至十二月克之。八年，京察叙功，加头品顶戴。刘长佑以疾归，以刘坤一代领其军。进规抚州、建昌，先后克复。八月，诸军齐集，克吉安。石达开败窜浙江，江西略定。秉章以兵合不易，应乘胜进取。疏请起曾国籓督师援浙，留萧启江、张运兰两军随征，馀军尽撤。盖自五年援江西，糜湖南饷凡二百六十万，协济之数不预焉。
石达开由浙入闽、粤，徘徊五岭之上。九年春，复由江西入湖南。秉章调魏喻义、陈士杰扼岿河，起刘长佑於家，令与刘坤一募勇四万备迎击。调萧启江、张运