劾吏部尚书陈名夏，因及承畴尝与名夏及尚书陈之遴集火神庙，屏左右密议逃叛；承畴又尝私送其母归里。疏入，上方狩塞外，巽亲王满达海居守，集诸王大臣会鞫。承畴言：“火神庙集议，即议甄别诸御史定等差，非有他也。”并以送母未请旨引罪。名夏亦列辨，因坐煊诬奏，论死。未几，上雪煊冤，黜名夏。因谕：“承畴火神庙集议，事虽可疑，难以悬拟；送母归原籍未奏闻，为亲甘罪，情尚可原。留任责后效。”九年五月，承畴闻母丧，命入直如故，私居持服，赐其母祭葬。九月，达赖喇嘛来朝，上将幸代噶，待喇嘛至入觐。承畴及大学士陈之遴疏谏，上为罢行，并遣内大臣索尼传谕曰：“卿等以贤能赞密勿，有所见闻，当以时入告。朕生长深宫，无自洞悉民隐。凡有所奏，可行即行；纵不可行，朕亦不尔责也。”
十月正月，调内翰林弘文院大学士。明桂王由榔称号肇庆，频年转战，兵朁地蹙，至是居安隆所，云南、贵州二省尚为明守。诸将李定国、孙可望等四出侵略，南攻湖南南境诸州县，东陷桂林，西据成都，兵连不得息。五月，上授承畴太保兼太子太师、内翰林国史院大学士、兵部尚书兼都察院右副都御史，经略湖广、广东、广西、云南、贵州等处地方，总督军务兼理粮饷。敕谕抚镇以下咸听节制，攻守便宜行事。满兵当留当撤，即行具奏。命内院以特假便宜条款详列敕书，宣示中外；并允承畴疏荐，起原任大学士李率泰督两广。以江西寇未尽，命承畴兼领，铸“经略大学士”印授之。临发，赐蟒朝衣、冠带、鞾衤蔑、松石嵌撒袋、弓矢、马五、鞍辔二，诸将李本深等八十七人朝衣、冠带、撒袋、弓矢、刀马、鞍辔有差。
承畴至军，疏言：“湖南驻重兵足备防剿，而各郡窎远，兵力所不及。郝摇旗、一只虎等窃伏湖北荆、襄诸郡，倘南窥澧、岳，则我军腹背受敌。臣与督臣、议臣宜往来长沙四应调度。督臣率提标兵驻荆州，别遣兵增武昌城守，以壮声援。”又疏言：“桂林虽复，李定国军距桂林仅二百里，满洲援剿官兵岂能定留？克复州县，何以分守？又使孙可望诇我兵出援，潜自靖、沅截粤西险道，则我首尾难顾。置孤军於徼外，其危易见。臣已分兵驰赴，俾佐战守，且当亲历衡、永，察机宜以闻。”十二月，上授固山额真陈泰为宁南靖寇大将军，及固山额真蓝拜、济席哈，摆牙喇纛章京苏克萨哈等率师镇湖南；十一年二月，命靖南王耿继茂率所部自广州移镇桂林：皆承畴疏发之也。
是岁孙可望劫桂王，杀大学士吴贞毓等，方内讧。十二年六月，可望遣刘文秀攻常德，分兵使卢明臣、冯双礼攻武昌、岳州。承畴、陈泰遣苏克萨哈迎击，破之。明臣堕水死。文秀、双礼皆走贵州。陈泰旋卒於军，以固山额真阿尔津为宁南靖寇大将军，率固山额真卓罗、祖泽润等分驻荆州、长沙。十三年，考满，加太傅，仍兼太子太师。李定国奉明桂王入云南，湖广无兵事。阿尔津议以重兵驻辰州，谋自沅、靖入滇、黔，承畴与异议。上召阿尔津还京师，以宗室罗讬代。十四年，可望叛其主，举兵攻云南，与定国战而败；十一月，诣长沙降。时上已允承畴解任还京师养疴，至是命承畴留任，督所部与罗讬等规取贵州，并命平西大将军吴三桂自四川、征南将军卓布泰自广西分道入。
十五年正月，复命信郡王多尼为安远靖寇大将军，帅师南征，於是承畴与罗讬会师常德，道沅州、靖州入贵州境，克镇远。卓布泰招南丹、那地、抚宁诸土司，下独山州，会克贵阳。三桂亦自重庆取遵义进攻开州、桐梓，以其师来会。承畴上疏筹军食，言：“贵州诸府、州、县、卫、所仅留空城，即有馀粮，兵过辄罄。惟省仓存米七千馀石、穀四千馀石，足支一月粮。臣所部兵，令分驻镇远、偏桥、兴隆、清平、平越诸处。降兵暂驻三五日，改屯天柱、会同、黔阳诸县及湖南沅州。四川兵驻遵义，广西兵驻独山，使分地就粮。闻信郡王大兵自六月初发荆州，需粮多且倍蓰。贵州山深地寒，收穫皆在九月。臣方遣吏劝谕军民须纳今岁秋粮之半，并檄下沅州运粮储镇远，又令常德道府具布囊、椶套、木架、绳索，思南、石阡诸府、州、县、卫、所及诸土司募夫役，具工糈，以赴军兴。”九月，授武英殿大学士。
信郡王多尼师至，驻平越杨老堡，承畴、三桂、卓布泰皆会，议多尼军出中路，经关岭铁索桥至云南省城，行一千馀里；三桂军自遵义经七星关，凡一千五百馀里，先中路十日行；卓布泰以南宁方有寇，自贵州、广西边境平浪、永顺坝、威透山，出安隆所、黄草坝、罗平州，凡一千八百馀里，先四川兵十五日行。既定议，承畴还贵阳，与罗讬驻守，遣提督张勇等从多尼军。明将李定国等拒战皆败，明桂王奔永昌。十六年正月乙未，三路师会，克云南省城，明桂王奔缅甸。承畴如云南，疏言：“云南险远，请如元、明故事，以王公坐镇。”上以命三桂。
三月，承畴至云南，疏言：“信郡王令贝子尚善及三桂等追剿至永昌、腾越。明将贺九义、李成爵、李如碧、廖鱼、邹自贵、马得鸣辈收集溃兵，分遁元江、顺宁、云龙、澜沧、丽江，处处窥伺。民间遭兵火，重以饥馑，近永昌诸处被祸更烈，周数百里杳无