科跣谩骂，文程徐与语，泛及今古事，梁间尘偶落，著承畴衣，承畴拂去之。文程遽归，告上曰：“承畴必不死，惜其衣，况其身乎？”上自临视，解所御貂裘衣之，曰：“先生得无寒乎？”承畴瞠视久，叹曰：“真命世之主也！”乃叩头请降。上大悦，即日赏赉无算，置酒陈百戏，诸将或不悦，曰：“上何待承畴之重也！”上进诸将曰：“吾曹栉风沐雨数十年，将欲何为？”诸将曰：“欲得中原耳。”上笑曰：“譬诸行道，吾等皆瞽。今获一导者，吾安得不乐？”
居月馀，都察院参政张存仁上言：“承畴欢然幸生，宜令薙发备任使。”五月，上御崇政殿，召承畴及诸降将祖大寿等入见。承畴跪大清门外，奏言：“臣为明将兵十三万援锦州，上至而兵败。臣入守松山，城破被获，自分当死，上不杀而恩育焉。今令朝见，臣知罪，不敢遽入。”上使谕曰：“承畴言诚是。尔时与我交战，各为其主，朕岂介意？且朕所以战胜明兵，遂克松山、锦州诸城，皆天也。天道好生，故朕亦恩尔。尔知朕恩，当尽力以事朕。朕昔获张春，亦尝遇以恩，彼不能死明，又不能事朕，卒无所成而死，尔毋彼若也！”承畴等乃入朝见，命上殿坐，赐茶。上语承畴曰：“朕观尔明主，宗室被俘，置若罔闻。将帅力战见获，或力屈而降，必诛其妻子，否亦没为奴。此旧制乎，抑新制乎？”承畴对曰：“旧无此制。迩日诸朝臣各陈所见以闻於上，始若此尔。”上因叹谓：“君闇臣蔽，遂多枉杀。将帅以力战没敌，斥府库财赎而还之可也，奈何罪其孥？其虐无辜亦甚矣！”承畴垂涕叩首曰：“上此谕真至仁之言也！”上还宫，命宴承畴等於殿上。宴毕，使大学士希福等谕曰：“朕方有元妃之丧，未躬赐宴。尔等勿以为意！”承畴等复叩首谢。庄烈帝初闻承畴死，予祭十六坛，建祠都城外，与邱民仰并列。庄烈帝将亲临奠，俄闻承畴降，乃止。承畴既降，隶镶黄旗汉军，太宗遇之厚。然终太宗世，未尝命以官。
顺治元年四月，睿亲王多尔衮帅师伐明，承畴从。既定京师，命承畴仍以太子太保、兵部尚书兼右副都御史，同内院官佐理机务。旋与同官冯铨启睿亲王，复明内阁故事，题奏皆下内阁拟旨，分下六科，钞发各部院。九月，上至京师，与铨及谢升奏定郊庙乐章。
二年，豫亲王多铎师下江南。闰六月，命承畴以原官总督军务，招抚江南各省，铸“招抚南方总督军务大学士”印，赐敕便宜行事。是时明唐王聿键称号福建，其大学士黄道周率师道广信、衢州向徽州，左佥都御史金声家休宁，募乡兵十馀万屯绩溪；诸宗姓高安王常淇保徽州，蕲水王术肸子常阘自号樊山王屯潜山、太湖间，由揾号金华王据饶州，谊石号乐安王、谊泐号瑞安王分屯溧阳、金坛、兴化诸县；荆本彻以舟师驻太湖，败，复入崇明：皆为明守。承畴至官，招抚江南宁国、徽州，江西南昌、南康、九江、瑞州、抚州、饶州、临江、吉安、广信、建昌、袁州诸府。十月，遣提督张天禄，总兵卜从善、李仲兴、刘泽泳等攻破绩溪。十二月，进破道周於婺源，声、道周见获，皆不屈，送江宁杀之；总兵李成栋破崇明，本彻走入海，杀其将李守库、徐君美。三年二月，遣总兵马得功、卜从善等击破司空寨，斩守寨石应琏、应璧等五人，获常阘。
既，谊石、谊泐合兵二万犯江宁。承畴先事诛内应西沟池万德华、郭世彦、尤琚等八十馀人。谊石等攻神策门，我分兵出朝阳、太平二门，截谊石等后，乃启神策门出城兵奋击，破之，追及摄山，斩馘无算。承畴疏请还京，以江南未大定，不允，赐其妻白金百、貂皮二百。八月，征南大将军贝勒博洛克金华，获谊石。九月，谊泐复犯江宁，承畴出御，追获谊泐及所置经略韦尔韬、总兵杨三贯、夏含章。十二月，天禄搜婺源严杭山，获常淇及所置监军道江于东、职方司许文玠等。四年二月，从善及总兵黄鼎攻宿松，获谊泐弟瑞昌王谊贵及所置军师赵正；下饶州，获由揾及其族人常洊、常沘、常涫：并请命斩之。江南众郡县以次定。
明鲁王以海转徙浙、闽海中，号监国，明诸遗臣犹密与相闻。是年四月，明给事中陈子龙家华亭，阴受鲁王官，谋集太湖溃兵举事。承畴遣章京索布图往捕，子龙投水死。是月，柘林游击陈可获谍者谢尧文，得鲁王敕封承畴国公，江宁巡抚土国宝为侯；又得鲁王将黄斌卿与承畴、国宝书；镇守江宁昂邦章京巴山、张大猷以闻。上奖巴山等严察乱萌，命与承畴会鞫谍者，别敕慰谕承畴。
粤僧函可者，为故明尚书韩日缵子，日缵於承畴为师生。函可将还里，乞承畴畀以印牌护行出城，守者讥察笥中，得文字触忌讳。巴山、张大猷以闻，承畴疏引咎，部议当夺职，上命贳之。
承畴闻父丧，请解任守制，上许承畴请急归，命治丧毕入内院治事。五年四月，还京师。六年，加少傅兼太子太傅，疏请定会推督、抚、提、镇行保举连坐法。得旨：“自后用督、抚、提、镇，内院九卿咸举所知。得人者赏，误举者连坐。”
八年闰二月，命管都察院左都御史。寻甄别诸御史为六等，魏琯等二十二人差用，陈昌言等二人内升，张煊等十一人外转，王世功等十七人外调，降黜有差。煊疏