后来溃决之患。宜用衡言开新河，而兼采季驯言，不全弃旧河。”廷臣议定，衡乃决开新河。
时季驯持复故道之议，廷臣又多以为然。遂勘议新集、郭贯楼诸上源地。衡言：
“河出境山以北，则闸河淤；出徐州以南，则二洪涸；惟出境山至小浮桥四十馀里间，乃两利而无害。自黄河横流，砀山郭贯楼支河皆已淤塞，改从华山分为南北二支：南出秦沟，正在境山南五里许，运河可资其利；惟北出沛县西及飞云桥，逆上鱼台，为患甚大。
朝廷不忍民罹水灾，拳拳故道，命勘上源。但臣参考地形有五不可。自新集至两河口皆平原高阜，无尺寸故道可因，郭贯楼抵龙沟颇有河形，又系新淤，无可驻足，其不可一也。黄河所经，鲜不为患，由新集则商、虞、夏邑受之，由郭贯楼则萧、砀受之，今改复故道，则鱼、沛之祸复移萧、砀，其不可二也。河西注华山，势若建瓴，欲从中凿渠，挽水南向，必当筑坝横截，遏其东奔，於狂澜巨浸之中，筑坝数里，为力甚难，其不可三也。役夫三十万，旷日持久，骚动三省，其不可四也。大役踵兴，工费数百万，一有不继，前功尽隳，其不可五也。惟当开广秦沟，使下流通行，修筑南岸长堤以防奔溃，可以苏鱼、沛昏垫之民。”
从之。衡乃开鱼台南阳抵沛县留城百四十馀里，而浚旧河自留城以下，抵境山、茶城五十馀里，由此与黄河会。又筑马家桥堤三万五千二百八十丈，石堤三十里，遏河之出飞云桥者，趋秦沟以入洪。於是黄水不东侵，漕道通而沛流断矣。方工未成，河复决沛县，败马家桥堤。论者交章请罢衡。未几，工竣。帝大喜，赋诗四章志喜，以示在直诸臣。
隆庆元年五月加衡太子少保。始河之决也，支流散漫遍陆地，既而南趋浊河。迨新河成，则尽趋秦沟，而南北诸支河悉并流焉。然河势益大涨。三年七月决沛县，自考城、虞城、曹、单、丰、沛抵徐州俱受其害，茶城淤塞，漕船阻邳州不能进。已虽少通，而黄河水横溢沛地，秦沟、浊河口淤沙旋疏旋壅。硃衡已召还，工部及总河都御史翁大立皆请於梁山之南别开一河以漕，避秦沟、浊河之险，后所谓泇河者也。诏令相度地势，未果行。
四年秋，黄河暴至，茶城复淤，而山东沙、薛、汶、泗诸水骤溢，决仲家浅运道，由梁山出戚家港，合於黄河。大立复请因其势而浚之。是时，淮水亦大溢，自泰山庙至七里沟淤十馀里，而水从诸家沟傍出，至清河县河南镇以合於黄河。大立又言：“开新庄闸以通回船，复陈瑄故道，则淮可无虞。独黄河在睢宁、宿迁之间迁徙未知所定，泗州陵寝可虞。请浚古睢河，由宿迁历宿州，出小浮桥以泄二洪之水。且规复清河、鱼沟分河一道，下草湾，以免冲激之患，则南北运道庶几可保。”时大立已内迁，方受代，而季驯以都御史复起总理河道。部议令区画。
九月，河复决邳州，自睢宁白浪浅至宿迁小河口，淤百八十里，粮艘阻不进。大立言：“比来河患不在山东、河南、丰、沛，而专在徐、邳，故先欲开泇河口以远河势、开萧县河以杀河流者，正谓浮沙壅聚，河面增高，为异日虑耳。今秋水洊至，横溢为灾。权宜之计，在弃故道而就新冲；经久之策，在开泇河以避洪水。”乞决择於二者。部议主塞决口，而令大立条利害以闻。大立遂以开泇口、就新冲、复故道三策并进，且言其利害各相参。会罢去，策未决，而季驯则主复故道。
时茶城至吕梁，黄水为两崖所束，不能下，又不得决。至五年四月，乃自灵璧双沟而下，北决三口，南决八口，支流散溢，大势下睢宁出小河，而匙头湾八十里正河悉淤。季驯役丁夫五万，尽塞十一口，且浚匙头湾，筑缕堤三万馀丈，匙头湾故道以复。旋以漕船行新溜中多漂没，季驯罢去。
六年春，复命尚书衡经理河工，以兵部侍郎万恭总理河道。二人至，罢泇河议，专事徐、邳河，修筑长堤，自徐州至宿迁小河口三百七十里，并缮丰、沛大黄堤，正河安流，运道大通。衡乃上言：“河南屡被河患，大为堤防，今幸有数十年之安者，以防守严而备御素也。徐、邳为粮运正道，既多方以筑之，则宜多方以守之。请用夫每里十人以防，三里一铺，四铺一老人巡视。伏秋水发时，五月十五日上堤，九月十五日下堤，愿携家居住者听。”诏如议。六月，徐、邳河堤工竣，遂命衡回部，赏衡及总理河道都御史万恭等银币有差。
是岁，御史吴从宪言：“淮安而上清河而下，正淮、泗、河、海冲流之会。河潦内出，海潮逆流，停蓄移时，沙泥旋聚，以故日就壅塞。宜以春夏时浚治，则下流疏畅，泛溢自平。”帝即命衡与漕臣勘议。而督理河道署郎中事陈应荐挑穵海口新河，长十里有奇，阔五丈五尺，深一丈七尺，用夫六千四百馀人。
衡之被召将还也，上疏言：“国家治河，不过浚浅、筑堤二策。浚浅之法，或爬或涝，或逼水而冲，或引水而避，此可人力胜者。然茶城与淮水会则在清河，茶城、清河无水不浅。盖二水互为胜负，黄河水胜则壅沙而淤，及其消也，淮漕水胜，则冲沙而通。水力盖居七八，非专用人力也。筑堤则有截水、缕水之异，截水可施於闸河，不可施於黄河。盖黄河湍悍