宜仍其旧勿治。旧议祥符盘石、兰阳铜瓦厢、考城蔡家口各添筑月堤。臣以为黄河之当防者惟北岸为重，当择其去河远者大堤中堤各一道，修补完筑，使北岸七八百里间联属高厚，则前勘应筑诸堤举在其中，皆可罢不筑。”帝亦从之。
十五年，督漕都御史周金言：“自嘉靖六年后，河流益南，其一由涡河直下长淮，而梁靖口、赵皮寨二支各入清河，汇於新庄闸，遂灌里河。水退沙存，日就淤塞。故老皆言河自汴来本浊，而涡、淮、泗清，新庄闸正当二水之口，河、淮既合，昔之为沛县患者，今移淮安矣。因请於新庄更置一渠，立闸以资蓄泄。”从之。
十六年冬从总河副都御史于湛言，开地丘店、野鸡冈诸口上流四十馀里，由桃源集、丁家道口入旧黄河，截涡河水入河济洪。十八年，总河都御史胡缵宗开考城孙继口、孙禄口黄河支流，以杀归、睢水患，且灌徐、吕，因於二口筑长堤，及修筑马牧集决口。
二十年五月命兵部侍郎王以旂督理河道，协总河副都御史郭持平计议。先一岁，黄河南徙，决野鸡冈，由涡河经亳州入淮，旧决口俱塞。其由孙继口及考城至丁家道口，虞城入徐、吕者，亦仅十之二。持平久治弗效，降俸戴罪。以旂至，上言：“国初，漕河惟通诸泉及汶、泗，黄河势猛水浊，迁徙不常，故徐有贞、白昂、刘大夏力排之，不资以济运也。今幸黄河南徙，诸闸复旧，宜浚山东诸泉入野鸡冈新开河道，以济徐、吕；而筑长堤沛县以南，聚水如闸河制，务利漕运而已。”明年春，持平请浚孙继口及扈运口、李景高口三河，使东由萧、砀入徐济运。其秋，从以旂言，於孙继口外别开一渠泄水，以济徐、吕。凡八月，三口工成，以旂、持平皆被奖，遂召以旂还。未几，李景高口复淤。
先是，河决丰县，迁县治於华山，久之始复其故治。河决孟津、夏邑，皆迁其城。及野鸡冈之决也，凤阳沿淮州县多水患，乃议徙五河、蒙城避之。而临淮当祖陵形胜不可徙，乃用巡按御史贾太亨言，敕河抚二臣亟浚砀山河道，引入二洪，以杀南注之势。
二十六年秋，河决曹县，水入城二尺，漫金乡、鱼台、定陶、城武，冲谷亭。总河都御史詹瀚请於赵皮寨诸口多穿支河，以分水势。诏可。
三十一年九月，河决徐州房村集至邳州新安，运道淤阻五十里。总河副都御史曾钧上治河方略，乃浚房村至双沟、曲头，筑徐州高庙至邳州沂河。又言：“刘伶台至赤晏庙凡八十里，乃黄河下流，淤沙壅塞，疏浚宜先。次则草湾老黄河口，冲激淹没安东一县，亦当急筑，更筑长堤矶嘴以备冲激。又三里沟新河口视旧口水高六尺，开旧口有沙淤之患，而为害稍轻；开新口未免淹没之虞，而漕舟颇便。宜暂闭新口，建置闸座，且增筑高家堰长堤，而新庄诸闸甃石以遏横流。”帝命侍郎吴鹏振灾户，而悉从钧奏。
三里沟新河者，督漕都御史应槚以先年开清河口通黄河之水以济运。今黄河入海，下流涧口、安东俱涨塞，河流壅而渐高，泻入清河口，沙停易淤，屡浚屡塞。沟在淮水下流黄河未合之上，故闭清河口而开之，使船由通济桥溯沟出淮，以达黄河者也。
时浚徐、邳将讫工，一夕，水涌复淤。帝用严嵩言，遣官祭河神。而鹏、钧复共奏请急筑浚草湾、刘伶台，建闸三里沟，迎纳泗水清流；且於徐州以上至开封浚支河一二，令水分杀。其冬，漕河工竣，进钧秩侍郎。
三十七年七月，曹县新集淤。新集地接梁靖口，历夏邑、丁家道口、马牧集、韩家道口、司家道口至萧县蓟门出小浮桥，此贾鲁河故道也。自河患亟，别开支河出小河以杀水势，而本河渐涩。至是遂决，趋东北段家口，析而为六，曰大溜沟、小溜沟、秦沟、浊河、胭脂沟、飞云桥，俱由运河至徐洪。又分一支由砀山坚城集下郭贯楼，析而为五，曰龙沟、母河、梁楼沟、杨氏沟、胡店沟，亦由小浮桥会徐洪，而新集至小浮桥故道二百五十馀里遂淤不可复矣。自后，河忽东忽西，靡有定向，水得分泻者数年，不至壅溃。然分多势弱，浅者仅二尺，识者知其必淤。
至四十四年七月，河决沛县，上下二百馀里运道俱淤。全河逆流，自沙河至徐州以北，至曹县棠林集而下，北分二支：南流者绕沛县戚山杨家集，入秦沟至徐；北流者绕丰县华山东北由三教堂出飞云桥。又分而为十三支，或横绝，或逆流入漕河，至湖陵城口，散漫湖坡，达於徐州，浩渺无际，而河变极矣。乃命硃衡为工部尚书兼理河漕，又以潘季驯为佥都御史总理河道。明年二月，复遣工科给事中何起鸣往勘河工。
衡巡行决口，旧渠已成陆，而盛应期所凿新河故迹尚在，地高，河决至昭阳湖不能复东，乃定计开浚。而季驯则以新河土浅泉涌，劳费不赀，留城以上故道初淤可复也。由是二人有隙。起鸣至沛，还，上言：“旧河之难复有五。黄河全徙必杀上流，新集、庞家屯、赵家圈皆上流也，以不赀之财，投於河流已弃之故道，势必不能，一也。自留城至沛，莽为巨浸，无所施工，二也。横亘数十里，褰裳无路，十万之众何所栖身，三也。挑浚则淖隐，筑岸则无土，且南塞则北奔，四也。夏秋淫潦，难保不污，五也。新河开凿费省，且可绝