，诏令戴罪。已而破贼马进忠于镇平关。进忠降。又与国能再破贼李万庆于张家林、七里河，万庆亦降。七月，献忠叛去，良玉与罗岱追之，使岱为前锋，己随其后。逾房县八十里，至罗猴山，军乏食。伏起，岱马挂于藤，抽刀断之，蹶而复进，弃马登山，贼围急，矢尽被获。良玉大败奔还，军符印信尽失，弃军资千万余，士卒死者万人。事闻，以轻进贬三秩。
十三年春，督师杨嗣昌荐良玉虽败，有大将才，兵亦可用，遂拜平贼将军。当是时，贼分为三：西则张献忠，踞楚、蜀郊；东则革里眼、左金王等四营，豕突随、应、麻、黄；南则曹操、过天星等十营，伏漳、房、兴、远间。闰正月，良玉合诸军击贼于枸坪关，献忠败走，良玉乃请从汉阳、西乡入蜀追之。嗣昌谋以陕西总督郑崇俭率贺人龙、李国奇从西乡入蜀，而令良玉驻兵兴平，别遣偏将追剿，良玉不从。嗣昌檄良玉曰：“贼势似不能入川，仍当走死秦界耳。将军从汉阳、西乡入川，万一贼从旧路疾趋平利，仍入竹、房，将何以御？不则走宁昌，入归、巫，与曹操合，我以大将尾追，促贼反楚，非算也。”良玉报曰：“蜀地肥衍，贼渡险任其奔轶，后难制。且贼入川则有粮可因，回郧则无地可掠，其不复窜楚境明矣。夫兵合则强，分则弱。今已留刘国能、李万庆守郧，若再分三千人入蜀，即驻兴平，兵力已薄，贼来能遏之耶？今当出其不意疾攻之，一大创自然瓦解，纵折回房、竹间，人迹断绝，彼从何得食？况郧兵扼之于前，秦抚在紫、兴扼之于右，势必不得逞。若宁昌、归、巫险且远，曹操、献忠不相下。倘穷而归曹，必内相吞，其亡立见。”良玉已于二月朔涉蜀界之渔溪渡矣。嗣昌度力不能制，而其计良是，遂从之。
时献忠营太平县大竹河，良玉驻渔溪渡。未几，总督崇俭引其兵来会。贼移军九滚坪，见玛瑙山峻险，将据之。良玉始抵山下，贼已踞山颠，乘高鼓噪。良玉下马周览者久之，曰：“吾知所以破贼矣。”分所进道为三，己当其二，秦兵当其一。令曰：“闻鼓声而上。”两军夹击，贼阵坚不可动。鏖战久之，贼大溃，坠崖涧者无算。追奔四十里，良玉兵斩扫地王曹威、白马邓天王等渠魁十六人。献忠妻妾亦被擒，遁入兴山、归州之山中，寻自盐井窜兴、归界上。是役也，良玉功第一。事闻，加太子少保。四月，良玉进屯兴安、平利诸山，连营百里。诸军惮山险，围而不攻。久之，献忠自兴、房走白羊山而西，与罗汝才合。七月，良玉乘胜击过天星，降之。过天星者，名惠登相，既降，遂始终为良玉部将。
初，良玉受平贼将军印，浸骄，不肯受督师约束。而贺人龙屡破贼有功，嗣昌私许以人龙代良玉。及良玉奏玛瑙山捷，嗣昌语人龙须后命。人龙大恨，具以前语告良玉，良玉亦内恨。当献忠之败走也，追且及，遣其党马元利操重宝啖良玉曰：“献忠在，故公见重。公所部多杀掠，而阁部猜且专。无献忠，即公灭不久矣。”良玉心动，纵之去。监军万元吉知良玉跋扈不可使，劝嗣昌令前军蹑贼，后军继之，而身从间道出梓潼扼归以俟济师，嗣昌不用。贼既入蜀之巴州，人龙兵噪而西归。召良玉兵合击，九檄皆不至。
十四年正月，诸军追贼开县之黄陵城。参将刘士杰深入，所当披靡。献忠登高望，见无秦人旗帜，而良玉兵前部无斗志，独士杰孤军。乃密选壮士潜行箐谷中，乘高大呼驰下，良玉兵先溃，总兵猛如虎溃围出。嗣昌方悔不用元吉言，而献忠已席卷出川，西绝新开驿置，楚、蜀消息中断，遂以计绐入襄阳城。襄王被执，嗣昌不食卒。贼濒死复纵，迄以亡国者，以良玉素骄蹇不用命故也。二月，诏良玉削职戴罪，平贼自赎。五月，献忠陷南阳，即攻沁阳破之。良玉至南阳，贼遁去。良玉不戢士，沁人脱于贼者，遇官军无噍类。既而献忠陷郧西，掠地至信阳，屡胜而骄。良玉乃从南阳进兵，复大破之，降其众数万。献忠中股，负重伤夜遁。而是时，李自成方残襄城，围良玉于郾城，几陷。会陕西总督汪乔年出关，自成乃辍围，与乔年战襄阳城外。乔年军尽覆，良玉不能救。帝既斩贺人龙以肃军攻，专倚良玉办贼。
十五年四月，自成复围开封，乃释故尚书初荐良玉者侯恂于狱，起为督师，发帑金十五万犒良玉营将士，激劝之。良玉及虎大威、杨德政会师硃仙镇，贼营西，官军营北。良玉见贼势盛，一夕拔营遁，众军望见皆溃。自成戒士卒待良玉兵过，从后击之。官军幸追者缓，疾驰八十里。贼已于其前穿堑深广各二寻，环绕百里，自成亲率众遮于后。良玉兵大乱，下马渡沟，僵仆溪谷中，趾其颠而过。贼从而蹂之，军大败，弃马骡万匹，器械无算，良玉走襄阳。帝闻良玉败，诏恂拒河图贼，而令良玉以兵来会。良玉畏自成，迁延不至。九月，开封以河决而亡。帝怒恂，罢其官，不能罪良玉也。开封既亡，自成无所得，遽引兵西，谋拔襄阳为根本。
时良玉壁樊城，大造战舰，驱襄阳一郡人以实军，诸降贼附之，有众二十万。然亲军爱将大半死，而降人不奉约束，良玉亦渐衰多病，不复能与自成角矣。自成乘胜攻良玉，良玉退兵南岸，结水寨相持，以万人扼浅洲。贼兵十万争渡，不能遏。良玉乃宵遁，引其舟