仪兵驰赴良玉，与共角贼。已而凤仪以孤军战没于侯家庄。
当是时，贼势已大炽，纵横三晋、畿辅、河北间。诸将曹文诏、李卑、艾万年、汤九州、邓、良玉等先后与贼战，胜负略相当。良玉、办河南，屡破之于官村，于沁河，于清化，于万善。良玉又扼之武安八德，斩获尤多。会帝命倪宠、王朴为总兵，将京营兵六千赴河南，以中官杨进朝、卢九德监其军，而别遣中官监良玉等军。职方郎中李继贞曰：“良玉、李卑身经百战，位反在宠、朴下，恐闻而解体。”乃令良玉、卑署都督佥事，为援剿总兵官，与宠、朴体相敌。京营兵至，共击贼，数有功。良玉败贼济源、河内，又败之永宁青山岭银洞沟，又自叶县追至小武当山，皆斩贼魁甚众。然诸将以中官监军，意弗善也。
其冬，贼西奔者复折而东。良玉、九州扼其前，京营兵尾其后，贼大困，官军连破之柳泉、猛虎村。贼张妙手、贺双全等三十六家诡词乞抚于分巡布政司常道立，因监军进朝以请。诸将俟朝命，不出战。会天寒河冰合，贼遂从渑池径渡，巡抚默率良玉、九州、卑、兵待之境上。贼乃窜卢氏山中，由此自郧、襄入川中，折而掠秦陇，复出没川中、湖北，以犯河南，中原益大残破，而三晋、畿辅独不受贼祸者十年。
贼既渡河去，良玉与诸将分地守。陈奇瑜、卢象升方角贼秦、楚，七年春夏间，中州幸无事。既而奇瑜失李自成于车箱，廷议合晋、豫、楚、蜀兵四面剿之。贼乃分军三：一向庆阳，一趋郧阳，而一出关趋河南。趋河南者又分为三，郡邑所在告急。良玉扼新安、渑池，他将陈治邦驻汝州，陈永福扼南阳，皆坐甲自保而已，不能大创贼也。贼每营数万，兵番进，皆因粮宿饱；我兵寡备多，馈饷不继。贼介马驰，一日夜数百里；我步兵多，骑少，行数十里辄疲乏，以故多畏贼。而良玉在怀庆时，与督抚议不合，因是生心，缓追养寇，多收降者以自重。督抚檄调，不时应命，稍稍露跋扈端矣。十二月遇贼于磁山，大战数十，追奔百余里。
八年正月，河南贼破颍州，毁凤阳皇陵。其陷鹿邑、柘城、宁陵、通许者，良玉在许州不能救。四月，督师洪承畴在汝州，令诸将分地遮贼。尤世威守雒南，陈永福控卢氏、永宁，邓、尤翟文、张应昌、许成名遏湖广。以吴村、瓦屋乃内乡、淅川要地，令良玉与汤九州以五千人扼之。未几，邓圯以兵哗死，而曹文诏讨陕贼，败没于真宁。贼益张，遂超卢氏，奔永宁。巡抚默被逮未去，檄良玉自内乡与陈治邦、马良文等援卢氏。八月败贼于鄢陵。九月蹑贼于郏之神垕山。贼连营数十里，番休更战，以疲我兵，良玉收其军而止。贼再攻密，良玉自郏援之，乃去。十月，良玉抵灵宝，合辽东总兵祖宽兵剪贼于涧口、焦村。焦村，硃阳关地也。十一月，李自成出硃阳关，张献忠久据灵宝，闯王高迎祥亦与合。良玉、宽御之灵宝，不能支，陕州陷。贼东下攻洛阳，良玉、宽从巡抚陈必谦救洛阳，贼乃去。迎祥、自成走偃师、巩。献忠走嵩、汝。良玉出雒追迎祥、自成。宽分击献忠救汝。会总理卢象升至自湖广，与宽大败贼汝西，令裨将破贼于宜阳黄涧口。
九年二月，贼败于登封郜城镇，走石阳关，与伊、嵩之贼合。故总兵九州由嵩县深入，与良玉夹剿。良玉中道遁归，九州乘胜穷追四十里，无援败殁，良玉反以捷闻。五月，象升遣祖宽、李重镇随陕西总督洪承畴西行。良玉军最强，又率中州人，故独久留之。而以其骄亢难用，用孔道兴代其偏将赵柱驻灵宝，防雒西；良玉与罗岱驻宜、永，防雒东。七月，良玉兵抵开封，由登封之唐庄深入击贼，自辰鏖至申，贼不支西走。陈永福方败贼于唐河，贼至田家营，良玉渡河击之，斩获颇众。九月，巡抚杨绳武劾良玉避贼，责令戴罪自赎。
十年正月，贼老回回合曹操、闯塌天诸部沿流东下，安庆告警，诏良玉从中州救之。良玉道剿杀南阳土寇杨四、侯驭民、郭三海，急抵六安，与贼遇。部将岱、道兴乘胜连战，大破贼。贼走霍、潜山。会马爌、刘良佐亦屡败贼于桐城、庐州、六安，贼在滁、和者亦西遁，江北警少息。应天巡抚张国维三檄良玉入山搜剿，不应，放兵掠妇女。屯舒城月余，河南监军太监力促之，始北去，贼已饱掠入山矣。已，淅川陷，良玉拥兵不救。以六安破贼功，诏落职戴罪，寻复之。贼东下袭六合，攻天长，分掠瓜洲、仪真，破盱眙。良玉坚不肯救，令中州士大夫合疏留己。帝知出良玉意，不能夺也。十月，总理熊文灿至安庆，部檄以良玉军隶焉，良玉轻文灿不为用。
十一年正月，良玉与总兵陈洪范大破贼于郧西。张献忠假官旗号袭南阳，屯于南关。良玉适至，疑而急召之，献忠逸去。追及，发两矢，中其肩，复挥刀击之，面流血。其部下救以免，遂逃之谷城。未几，请降，良玉知其伪，力请击之，文灿不许。九月，文灿剿郧、襄诸贼，良玉与洪范及副将龙在田击破之双沟营，斩首二千余级。十二月，河南巡抚常道立调良玉于陕州。贼乘卢氏虚，遁入内、淅。是月，许州兵变，良玉家在许，歼焉。
十二年二月，良玉率降将刘国能入援京师，诏还讨河南贼。兵过灞头、吴桥，大掠，太监卢九德疏闻