进忠导皇上驰射戏剧，奉圣夫人出入自由。一举逐谏臣三人，罚一人，皆出中旨，势将指鹿为马，生杀予夺，制国家大命。今东西方用兵，奈何以天下委阉竖乎？”进忠者魏忠贤也，大怒，停宗周俸半年。寻以国法未伸请戮崔文升以正弑君之罪，戮卢受以正交私之罪，戮杨镐、李如桢、李维翰、郑之范以正丧师失地之罪，戮高出、胡嘉栋、康应乾、牛维曜、刘国缙、傅国以正弃城逃溃之罪；急起李三才为兵部尚书，录用清议名贤丁元荐、李朴等，诤臣杨涟、刘重庆等，以作仗节徇义之气。帝切责之。累迁光禄丞、尚宝、太仆少卿，移疾归。四年，起右通政，至则忠贤逐东林且尽，宗周复固辞。忠贤责以矫情厌世，削其籍。
崇祯元年冬，召为顺天府尹。辞，不许。明年九月入都，上疏曰：
陛下励精求治，宵旰靡宁。然程效太急，不免见小利而速近功，何以致唐、虞之治？夫今日所汲汲于近功者，非兵事乎？诚以屯守为上策，简卒节饷，修刑政而威信布之，需以岁月，未有不望风束甲者，而陛下方锐意中兴，刻期出塞。当此三空四尽之秋，竭天下之力以奉饥军而军愈骄，聚天下之军以博一战而战无日，此计之左也。
今日所规规于小利者，非国计乎？陛下留心民瘼，恻然恫ＣＲ，而以司农告匮，一时所讲求者皆掊克聚敛之政。正供不足，继以杂派；科罚不足，加以火耗。水旱灾伤，一切不问，敲扑日峻，道路吞声，小民至卖妻鬻子以应。有司以掊克为循良，而抚字之政绝；上官以催征为考课，而黜陟之法亡。欲求国家有府库之财，不可得已。
功利之见动，而庙堂之上日见其烦苛。事事纠之不胜纠，人人摘之不胜摘，于是名实紊而法令滋。顷者，特严赃吏之诛，自宰执以下，坐重典者十余人，而贪风未尽息，所以导之者未善也。贾谊曰：“礼禁未然之先，法施已然之后。”诚导之以礼，将人人有士君子之行，而无狗彘之心，所谓禁之于未然也。今一切诖误及指称贿赂者，即业经昭雪，犹从吏议，深文巧诋，绝天下迁改之途，益习为顽钝无耻，矫饰外貌以欺陛下。士节日隳，官邪日著，陛下亦安能一一察之。
且陛下所以劳心焦思于上者，以未得贤人君子用之也，而所嘉予而委任者，率奔走集事之人：以摘发为精明，以告讦为正直，以便给为才谞，又安所得贤者而用之？得其人矣，求之太备，或以短而废长；责之太苛，或因过而成误。
且陛下所擘画，动出诸臣意表，不免有自用之心。臣下救过不给，谗谄者因而间之，猜忌之端遂从此起。夫恃一人之聪明，而使臣下不得尽其忠，则耳目有时壅；凭一人之英断，而使诸大夫国人不得衷其是，则意见有时移。方且为内降，为留中，何以追喜起之盛乎？数十年来，以门户杀天下几许正人，犹蔓延不已。陛下欲折君子以平小人之气，用小人以成君子之公，前日之覆辙将复见于天下也。
陛下求治之心，操之太急。酝酿而为功利，功利不已，转为刑名；刑名不已，流为猜忌；猜忌不已，积为壅蔽。正人心之危，所潜滋暗长而不自知者。诚能建中立极，默正此心，使心之所发，悉皆仁义之良，仁以育天下，义以正万民，自朝廷达于四海，莫非仁义之化，陛下已一旦跻于尧、舜矣。
帝以为迂阔，然叹其忠。
未几，都城被兵，帝不视朝，章奏多留中不报。传旨办布囊八百，中官竞献马骡，又令百官进马。宗周曰：“是必有以迁幸动上者。”乃诣午门叩头谏曰：“国势强弱，视人心安危。乞陛下出御皇极门，延见百僚，明言宗庙山陵在此，固守外无他计。”俯伏待报，自晨迄暮，中官传旨乃退。米价腾跃，请罢九门税，修贾区以处贫民，为粥以养老疾，严行保甲之法，人心稍安。
时枢辅诸臣多下狱者，宗周言：“国事至此，诸臣负任使，无所逃罪，陛下亦宜分任咎。禹、汤罪己，兴也勃焉。曩皇上以情面疑群臣，群臣尽在疑中，日积月累，结为阴痞，识者忧之。今日当开示诚心，为济难之本，御便殿以延见士大夫，以票拟归阁臣，以庶政归部、院，以献可替否予言官。不效，从而更置之，无坐锢以成其罪。乃者朝廷缚文吏如孤雏，而视武健士不啻骄子，渐使恩威错置。文武皆不足信，乃专任一二内臣，阃以外次第委之。自古未有宦官典兵不误国者。”又劾马世龙、张凤翼、吴阿衡等罪，忤帝意。
三年以疾在告，进祈天永命之说，言：
法天之大者，莫过于重民命，则刑罚宜当宜平。陛下以重典绳下，逆党有诛，封疆失事有诛。一切诖误，重者杖死，轻者谪去，朝署中半染赭衣。而最伤国体者，无如诏狱。副都御史易应昌以平反下吏，法司必以锻炼为忠直，苍鹰乳虎接踵于天下矣。愿体上天好生之心，首除诏狱，且宽应昌，则祈天永命之一道也。
法天之大者，莫过于厚民生，则赋敛宜缓宜轻。今者宿逋见征及来岁预征，节节追呼，闾阎困敝，贪吏益大为民厉。贵州巡按苏琰以行李被讦于监司。巡方黩货，何问下吏？吸膏吮脂之辈，接迹于天下矣。愿体上天好生之心，首除新饷，并严饬官方，则祈天永命之又一道也。
然大君者，天之宗子；辅臣者，宗子之家