虽急，忍复取此膏血之余？」即奏：「本路得钱诚为利，自徐至边，劳费甚矣。」恳辞弗受。入为右司郎中。哲宗立，居厚败，命纯粹以直龙图阁往代之，尽革其苛政。时苏轼自登州召还，纯粹与轼同建募役之议，轼谓纯粹讲此事尤为精详。
复代兄纯仁知庆州。时与夏议分疆界，纯粹请弃所取夏地，曰：「争地未弃，则边隙无时可除。如河东之葭芦、吴堡，鄜延之米脂、羲合、浮图，环庆之安疆，深在夏境，于汉界地利形势，略无所益。而兰、会之地，耗蠹尤深，不可不弃。」所言皆略施行。纯粹又言：「诸路策应，旧制也。自徐禧罢策应，若夏兵大举，一路攻围，力有不胜，而邻路拱手坐观，其不拔者幸尔。今宜修明战守救援之法。」朝廷是之。及夏侵泾原，纯粹遣将曲珍救之，曰：「本道首建应援牵制之策，臣子之义，忘躯徇国，无谓邻路被寇，非我职也。」珍即日疾驰三百里，破之于曲律，捣横山，夏众遁去。元祐中，除宝文阁待制，再任，召为户部侍郎，又出知延州。
绍圣初。哲宗亲政，用事者欲开边衅，御史郭知章遂论纯粹元祐弃地事，降直龙图阁。明年，复以宝文阁待制知熙州。章惇、蔡卞经略西夏，疑纯粹不与共事，改知邓州。历河南府、滑州，旋以元祐党人夺职，知均州。徽宗立，起知信州，复故职，知太原，加龙图阁直学士，再临延州。改知永兴军。寻以言者落职，知金州，提举鸿庆宫。又责常州别驾，鄂州安置，锢子弟不得擅入都。会赦，复领祠。久之，以右文殿修撰提举太清宫。党禁解，复徽猷阁待制，致仕。卒，年七十余。
纯粹沉毅有干略，才应时须，尝论卖官之滥，以为：「国法固许进纳取官，然未尝听其理选。今西北三路，许纳三千二百缗买斋郎，四千六百缗买供奉职，并免试注官。夫天下士大夫服勤至于垂死，不沾世恩，其富民猾商，捐钱千万，则可任三子，切为朝廷惜之。」疏上，不听。凡论事剀切类此。
纯仁字尧夫，其始生之夕，母李氏梦儿堕月中，承以衣裾，得之，遂生纯仁。资警悟，八岁，能讲所授书。以父任为太常寺太祝。中皇祐元年进士第，调知武进县，以远亲不赴；易长葛，又不往。仲淹曰：「汝昔日以远为言，今近矣，复何辞？」纯仁曰：「岂可重于禄食，而轻去父母邪？虽近，亦不能遂养焉。」仲淹门下多贤士，如胡瑗、孙复、石介、李觏之徙，纯仁皆与从游。昼夜肄业，至夜分不寝，置灯帐中，帐顶如墨色。
仲俺没，始出仕，以著作佐郎知襄城县。兄纯祐有心疾，奉之如父，药膳居服，皆躬亲时节之。贾昌朝守北都，请参幕府，以兄辞。宋庠荐试馆职，谢曰：「辇毂之下，非兄养疾地也。」富弼责之曰：「台阁之任岂易得？何庸如是。」卒不就。襄城民不蚕织，劝使植桑，有罪而情轻者，视所植多寡除其罚，民益赖慕，后呼为「著作林」。兄死，葬洛阳。韩琦、富弼贻书洛尹，使助其葬，既葬，尹讶不先闻。纯仁曰：「私室力足办，岂宜慁公为哉？」
签书许州观察判官、知襄邑县。县有牧地，卫士牧马，以践民稼，纯仁捕一人杖之。牧地初不隶县，主者怒曰：「天子宿卫，令敢尔邪？」白其事于上，劾治甚急。纯仁言：「养兵出于税亩，若使暴民田而不得问，税安所出？」诏释之，且听牧地隶县。凡牧地隶县，自纯仁始。时旱久不雨，纯仁籍境内贾舟，谕之曰：「民将无食，尔所贩五谷，贮之佛寺，候食阙时吾为籴之。」众贾从命，所蓄十数万斛。至春，诸县皆饥，独境内民不知也。
治平中，擢江东转运判官，召为殿中侍御史，迁侍御史。时方议濮王典礼，宰相韩琦、参知政事欧阳修等议尊崇之。翰林学士王珪等议，宜如先朝追赠期亲尊属故事。纯仁言：「陛下受命仁宗而为之子，与前代定策入继之主异，宜如王珪等议。」继与御史吕诲等更论奏，不听。纯仁还所授告敕，家居待罪。既而皇太后手书尊王为皇，夫人为后。纯仁复言：「陛下以长君临御，奈何使命出房闱，异日或为权臣矫托之地，非人主自安计。」寻诏罢追尊，起纯仁就职。纯仁请出不已，遂通判安州，改知蕲州。历京西提点刑狱、京西陕西转运副使。
召还，神宗问陕西城郭、甲兵、粮储如何，对曰：「城郭粗全，甲兵粗修，粮储粗备。」神宗愕然曰：「卿之才朕所倚信，何为皆言粗？」对曰：「粗者未精之辞，如是足矣。愿陛下且无留意边功，若边臣观望，将为他日意外之患。」拜兵部员外郎，兼起居舍人、同知谏院。奏言：「王安石变祖宗法度，掊克财利，民心不宁。《书》曰：'怨岂在明，不见是图。'愿陛下图不见之怨。」神宗曰：「何谓不见之怨？」对曰：「杜牧所谓'天下之人，不敢言而敢怒'是也。」神宗嘉纳之，曰：「卿善论事，宜为朕条古今治乱可为监戒者。」乃作《尚书解》以进，曰：「其言，皆尧、舜、禹、汤、文、武之事也。治天下无以易此，愿深究而力行之。」加直集贤院、同修起居注。
神宗切于求治，多延见疏逖小臣，咨访阙失。纯仁言：「小人之言，听之若可采，行之必有累。盖知小忘大，贪近昧