等逐款鞫问所摘十谬，杨光先、汤若望各言己是。历法深微，难以分别。
但历代旧法每日十二时，分一百刻；《新法》改为九十六刻。又康熙立春日，候气先期起管，汤若望谎奏候至其时，春气已应。又二十八宿次序分定已久，汤若望私将参觜二宿改调前后，又私将四余中删去紫气。又汤若望进二百年历，夫天v皇上，历祚无疆。而汤若望止进二百年历，俱大不合。其选择荣亲王葬期，汤若望等不用正五行，反用《洪范》五行，山向、年月，俱犯忌杀，事犯重大。
拟钦天监监正汤若望、刻漏科杜如预、五品挈壶正杨宏量、历科李祖白、春官正宋可成、秋官正宋发、冬官正朱光显、中官正刘有泰等，皆凌迟处死；已故刘有庆子刘必远、贾良琦子贾文郁、宋可成子宋哲、李祖白子李实、汤若望义子潘尽孝，俱斩立决。
得旨：汤若望系掌印之官，于选择事情不加详慎辄尔准行，本当依拟处死。但念专司天文，选择非其所习，且效力多年，又复衰老，着免死。杜如预、杨宏量本当依拟处死，但念永陵、福陵、昭陵、孝陵风水，皆伊等看定，曾经效力，亦着免死。汤若望等并其干连人等，应得何罪，仍着议政王贝勒大臣九卿科道，再加详核分明，确议具奏。（《东华录》）。
夏四月己未，议政王等遵旨再议，汤若望、杜如预、杨宏量、潘尽孝及案内干连人犯等俱责打流徙，余俱照前议。得旨李祖白、宋可成、宋发、朱光显、刘有泰，俱著即处斩。汤若望、杜如预、杨宏量，责打流徙俱著免。伊等既免，其汤若望义子潘尽孝，及杜如预、杨宏量干连族人，责打流徙，亦著具免，余依议。（《东华录》）。光先疏言汤若望之历法，件件悖理，件件舛谬，特授钦天监右监副，旋授监正。（阮元《畴人志》、《徽州府传》及黄伯禄编《正教奉f》）。光先以但知推步之理，不知推步之数，叩阍辞职疏凡五，上不准辞，辑前后所上书状论疏为上下卷，名曰《不得已》。（《畴人传》。又《徽州府志》云：“凡九叩阍十三疏，辞弗允，勉就职。”今据《畴人传》及《不得已》本书）
五年二月丁巳，钦天监监正杨光先奏：今候气之法，久失其传，十二月中气不应，乞准臣延访博学有心计之人，与之制器测候，并敕礼部，采取宜阳金门山竹管，上党羊头山黍，河内葭莩备用，从之。（《东华录》）七年，诏求直言，光先条陈十款，悉见采纳，内逃一人一款，得免十家连坐之例。（《徽州府志》）
冬十月戊子，礼部以江南取到元郭守敬仪器，请旨定夺。得旨杨光先奏称所用律管、葭莩、黍，已经取到，照尺寸方位候过，二年未见效验。案候气之法，自北齐信都方取有效验之后，经千二百余年，俱失其传尔。部议交与杨光先，令访求博有有心计之人，应将一千二百余年失传之处，能行修正之人，可得与否？及杨光年能修正与否？俱详问再议具奏。（《东华录》）。
十一月丙辰，礼部遵旨议覆候气之事，据钦天监监正杨光先奏称：律管尺寸，虽载在司马迁《史记》，而用法失传。今博访能候气之人，尚在未得，臣身染风疾，不能管理。查杨光先职司监正，候气之事，不当推诿，仍令延访博学有心计之人，以求候之法，从之。（《东华录》。）
十二月庚寅，治理历法南怀仁劾奏钦天监副吴明@所造康熙八年七政民历内，康熙八年闰十二月，应是康熙九年正月；又有一年，两春分两秋分种种差误。得旨：历法关系重大，着议政王贝勒大臣九卿科道，会同确议具奏。（《东华录》。）
八年春正月庚申，议政王等会议南怀仁奏吴明@推算历日差错之处，奉旨差大学士图海等同钦天监监正马祜，测验立春、雨水、太阴、火星、木星，与南怀仁所指逐款皆符，吴明@所称逐款不合，应将康熙九年一应历日交与南怀仁推算。得旨杨光先前告汤若望时，议政王大臣会议，以杨光先何处为是，据议准行，汤若望何处为非，辄议停止；及当日议停，今日议复之故，不向马祜、杨光先、吴明@、南怀仁问明详奏，乃草率议覆不合，着再行确议。（《东华录》。）
二月庚午，议政王等遵旨会议，前命大臣二十员赴观象台测验。南怀仁所言逐款皆符，吴明@所言逐款皆错。问监正马佑、监副宜塔喇、胡振钺、李光显，亦言南怀仁历皆合天象。窃思百刻历日，虽历代行之已久，但南怀仁推算九十六刻之法，既合天象，自康熙九年始，应将九十六刻历日推行。又南怀仁言罗喉、计都、月孛星，系推算历日所用，故开载；其紫气星无象，推算历日并无用处，故不开载。自康熙九年始，将紫气星不必造入七政历日内。又言候气系自古以来之例，推算历法亦无用处，嗣后亦应停止。杨光先职司监正，历日差错不能修理，左袒吴明@妄以九十六刻推算，谓西洋之法必不可用，应革职交刑部从重议罪。得旨：杨光先革职从宽，免交刑部，余依议。（《东华录》）。
三月庚戌，授西洋人南怀仁为钦天监监副。先是钦天监官，案古法推算康熙八年历，以十二月置闰。至是，南怀仁言雨水为正月中气，是月二十九日值雨水，即为康熙九年之正月，不当置闰，置闰当在明年二月。上命礼部详询钦天监官，多直南怀仁，乃罢康熙八年十二月闰，