是尚有不可知之事，要请皇太子与纪贵妃同处，才脱虎口；又恐反因此激变，事在两难。商辂因独对奏上道：皇子聪明岐嶷，国本攸系，天下归心。重以昭德宫贵妃抚育保护，恩逾己出；百官万民皆贵妃贤哲，近代无比，此诚宗社无疆之福也。但外议皆谓皇子之母因病别居，久不得见，揆之人情事体，诚为未顺。伏望敕令就近居住，皇子仍令贵妃抚育，俾朝夕之间，便于接见。庶得遂母子之至情，惬朝野之公论。
商辂这一本奏进，遂立为皇太子，方保无虞。有诗为证：
∫朝弘治圣明君，谁是携持保抱群？
内臣张敏外商辂，国本无亏天下闻。
后来纪贵妃薨了，商辂又引宋仁宗之母李宸妃故事，遂殡殓都如皇后之礼。十三年，升吏部尚书兼谨身殿大学士。那时汪直新坐西厂，威势汹汹权同人主，害人无数，满朝文武百官畏之如虎。巡边之时，都御史尽戎装披挂，直至二、三百里之外迎接，望尘跪伏，等候马过，方才走起。若驻馆驿之中，便换小帽一撒，趋走唯喏叩头，无异奴婢。所以当时有谣道：“都宪叩头如捣蒜，侍郎扯腿似烧葱。”商辂遂奏汪直十罪，并奏百户韦瑛、王英道：陛下委听断于汪直之一人。而汪直者，转寄耳目于群小。汪直之失，虽未为甚，而韦瑛、王英同恶相济，擅作威福。官校捉拿职官，事皆出于风闻，暮夜搜简，无有驾帖；或将命妇剥去衣服，用刑辱打，被害之家，有同抄扎。人心汹汹，各怀疑畏。如兵部尚书项忠当早期鼓响伺候之时，汪直令校尉就左掖门下呼叫项忠不得入朝。朝罢，被校尉拥逼而去。其欺凌大臣如此。使大小臣工各不安于其位，商贾不安于市，行旅不安于途，庶民不安于业，太平之世，岂宜有此腹心之患？
成化爷看了这本大怒道：“用一内臣，怎生便系国家安危？”命司礼监怀恩传旨责问。商辂正色答道：“朝臣无大小，有罪都该请旨收问。他敢擅抄扎三品以上京官。大同、宣府是京师北门，守备不可一日缺，他敢一日擅自擒械数人。南京根本重地，留守大臣他敢擅自收捕。诸近侍他敢擅自改易。此人不去，国家安乎危乎？”那怀恩是个大圣大贤之臣，知汪直倚势作威，害人无数，遂将此言密密禀与成化爷。成化爷大悟，即将韦瑛、王英充军，汪直革职到于南京而去。从此朝野肃清，天下太平，商辂、怀恩二臣之力也。
那怀恩果系大圣大贤之臣，千古罕见，妙处不能尽述。当时成化爷宠着一个僧人，名为继晓，通于药术。成化爷试其术有应效，遂赐予无算，恩宠无比。成化爷尝以手抚其肩，继晓即袖御手于衣袷间，见客止用一手为礼，因此恃恩放肆，无恶不作。忠臣刑部主事林俊要斩继晓，奏妖僧继晓猥挟邪术，惑乱圣聪。成化爷大怒，下林俊于狱中，要将杀死。怀恩叩首诤道：“自古未闻有杀谏官者。我洪武爷、永乐爷时大开言路，故底盛治。今欲杀谏臣，将失百官心，将失天下心，臣不敢奉诏。”成化爷大怒道：“汝与林俊合谋讪我，不然安 知宫中之事？”说罢，便将御砚掷将过去，怀恩以首承砚不中。成化爷又将御几推仆于地，怀恩脱帽解带，伏地号泣道：“臣不能事陛下矣。”成化爷命扶出东华门。怀恩叫人对镇抚司典诏狱的道：“你们合谋倾害林俊，林俊若死了，你们亦不能独生！”遂径归卧家中，道“中风矣”，不复起视事。成化爷心知其忠，命太医救治，不时遣人看视，林俊方得不死。后林俊做到兵部尚书，剿平流贼有功，为当代名臣，皆怀恩力救之所致也。其爱护忠臣不顾性命如此。
后又有个章瑾，以宝石贡进，谋为锦衣卫镇抚，命怀恩传旨。怀恩道：“镇抚掌天下之狱，武臣之极选也。奈何以货得之？”成化爷怒道：“汝违我命乎？”怀恩道：“非敢违命，恐违法也。”成化爷只得命他人传之。怀恩私自说道：“如外廷有人谏诤，吾言尚可行也。”那时俞子俊为兵部尚书，怀恩对他道：“汝当执奏，我从中赞之。”俞谢不敢。怀恩浩然叹息道：“我固知外廷之无人也。”其刚正守法如此。
时都御史王恕，屡屡上疏论事，言甚切直，不怕生死。怀恩叹道：“天下忠义，斯人而已。”怀恩亦知商辂是个铁铮铮不怕死的好汉，遂深相敬重，朝廷大事，每每相计而行。凡所做的事，都是有利于朝廷、有益于生民之事。真“宫中府中，合为一体”也。商辂后加少保，驰驿而回，在林下逍遥共十余年，活至七十三岁，无疾而终。后赠太傅。我朝贤相，称商辂为第一，其余都不能及。他在朝廷，笔下并不曾妄杀一人，所以子孙繁盛，亦是阴德之报。在朝唯与于谦、项忠、彭时、姚夔、林俊、王恕、金英、兴安、怀恩、张敏数人相好，盖忠臣识忠臣、好汉识好汉也。他儿子名良臣，做翰林侍讲。商辂生平：二十二岁中解元，三十二岁中会元、状元，三十四岁以修撰入阁，四十一岁卸兵部侍郎而回。回来十年，五十岁又入阁，六十岁做了少保而回。在内阁共十八年，回来又享了十余年清福而死，道德闻望，一时并着，岂不是一代伟人！史官有诗赞道：
大节纯忠是许观，三元端不负三元。
三元更有商文毅，一代芳名万古刊。