十一年二月，河州平；三月，循化撤纳归诚。夏，诸军攻肃州西南贼垒，皆下。七月，公进驻兰州省城，奏调宋庆军由神木赴甘助剿；以张曜军屯金积堡，移刘锦棠军赴西宁，陶生林、金庆元、戴宏胜马步军赴肃州。十一月，刘公锦棠大破回于西宁大通。明年，金顺、宋庆、徐占彪合攻肃州。八月，公至肃州督攻。九月克之，屠客回一千五百余人，悍酋马文禄并党魁八人磔之，惟白彦虎逸出关外；拔出汉民男女一千一百余人、回民老弱妇女九百余人，肃州平。关内肃清，诏公以总督协办大学士，改骑都尉为一等轻车都尉世职；诸将给奖有差。
今上即位，命公督办新疆军务。先是，以东南海防为急，有议弃关外地者；公力持不可。然军食奇绌，各省协饷不继；公夙夜忧劳，常绕帐彷徨，中宵不寐。前后至借洋商、民商一千数百万，随时以协款抽偿。经营一载，士饱马腾；遂于明年春，大军次第出关，公驻肃州调度；乌鲁木齐都统金顺军、提督张曜军先驻哈密，军食皆由公兼筹。公令刘京卿锦棠办理营务，率提督谭上连、谭拔萃、余虎恩等湘军二万人分起由戈壁前进。其秋，大军攻拔古牧地，克复乌鲁木齐、迪化州暨玛纳斯城，新疆北路皆平；由是下兵南路。南路八城，曰阿克苏、曰乌什、曰库车、曰喀喇沙尔、曰英吉沙尔、曰喀什噶尔、曰叶尔羌、曰和阗；而吐鲁番别为一部，在天山之南，为八城门户。公令刘京卿锦棠率军自北而南，提督张曜、徐占彪率军自东而西，增调包头防军五千人隶刘京卿；于是军势益盛。以明年春三道进攻，吐鲁番、达坂坚城皆下；旋克托克逊贼巢。其秋，连克喀喇沙尔、库尔勒、库车、阿克苏、乌什；一月之中行三千余里，兵威大振，远人慑服。时以伊犁为俄所踞，恐难遽复，诏公统筹全局。公奏曰：『窃维立国有疆，古今通义。规模存乎建置，而建置因乎形势；必合时与地通筹之，乃能权其轻重，而建置始得其宜。伊古以来，中国边患，西北常剧于东南。盖东南以大海为界，形格势禁，尚易为功。西北则广莫无垠，专恃兵力为强弱，兵少固启戎心，兵多又耗国用。以言防，无天险可限戎马之足；以言战，无舟楫可省转馈之烦：非若东南之险阻可凭，集事较易也。周、秦至今，惟汉、唐为得中策；及其衰也，举边要而捐之，国势遂益以不振。往代陈迹，可覆按矣。顾祖禹于地学最称淹贯，其论方舆形势，视列朝建都之地为轻重。我朝定鼎燕都，蒙部环卫北方，百数十年无熢燧之警；不特前代所谓「九边」皆成腹地，即由科布多、乌里雅苏台以达张家口亦皆分屯列戍，斥堠遥通，而后畿甸晏然。盖祖宗朝削平准部兼定回部、开新疆，立军府之所贻也。是故重新疆者，所以保蒙古；保蒙古者，所以卫京师。西北臂指相联，形势完整，自无隙可乘。若新疆不固，则蒙部不安。匪特陕、甘、山西各边时虞侵轶，防不胜防；即直北关山，亦将无晏眠之日。而况今昔势殊，俄人拓境日广，由西而东万余里与我北境相连，仅中段有蒙部为之遮阂；徙薪宜远、曲突宜先，尤不可不预为绸缪者也。高宗平定新疆，拓地周二万里，一时帷幄诸臣不能无毫中事西之疑；圣意坚定不摇者，推旧戍之瘠土、置新定之腴区，边军仍旧、饷不外加，疆宇益增巩固，可为长久计耳。方今北路已复，乌鲁木齐全境祗伊犁尚未收回。南路已复。吐鲁番全境祗白彦虎率其余党偷息；开都河西岸，喀什噶尔尚有叛弁逃军，终烦兵力。此外各城则方去虎口，如投慈母之怀，自无更抗颜行者。新秋采运，足供余粮；栖亩（？）鼓行而西，宣布朝廷威德，且剿且抚，无难挈旧有之疆宇还隶职方。此外如安集延、布鲁特诸部落，则等诸邱索之外，听其翔泳故区可矣。英人为安集延说者，虑俄之蚕食其地，于英有所不利；俄方争土耳其与英相持，我收复旧疆，兵以义动，设有意外争辩，在我仗义执言，亦决无所挠屈』。是时东四城已克复，进规西四城，大军仍三路进攻，遂于冬十一月克叶尔羌、和阗、英吉沙尔、喀什噶尔，南疆悉定。捷奏，公晋二等侯。朝廷乃遣全权大臣崇厚使俄索伊犁，条约中多所不便，诏公议奏；公上疏曰：『国家建中立极，东南滨海，西北以昆仑枝干为界画，向与俄罗斯不相联接，以蒙部哈萨克、布鲁特、浩罕为之遮蔽间隔也。近自俄人日迫、诱胁日众，哈萨克、布鲁特各部落多附俄人；俄又取浩罕三部落，拓其边圉。于是俄与中国边境毗连，无复隔阂矣。适中原兵事方殷，未遑远略。俄人乘间占踞伊犁，藉偁「代我收复」为要索计，并照其国法按灶科赋以充兵费，亦偁餍足矣。朝廷重念邦交，既予以「代我收复」之名，并允给偿款卢布五百万元（卢布亦呼噜布，即所谓俄元者也）。光绪三年，西洋新闻纸载俄国议：愿得俄元二百五十万交还伊犁；海上传播，未必无因。此次偿款，忽议增五百万元；其挟诈相尝，已可概见。至界务与商务两者相因，西北与东南事体各别。道光中叶以后，泰西各国船炮横行海上，闯入长江；所争者通商口岸，非利吾土地也。亦谓重洋迢递，彼以客车深入，虽得其地，终无全理；战则势孤、守则费巨，合从之势既成，独据则诲争、分肥则利薄也。中国削平发、捻，兵力渐强；制炮造船，已睹成效。彼如