逆酋赖裕新于新建，追至白沙关；贼均窜浙。十一月，曾国藩奏：『浙中贼势浩大，宗棠见驻广信，距贼较近，毅然以援浙为己任；浙江督、抚臣亦奏请宗棠统军入浙，请敕宗棠督军进援浙江。所有广信、徽、饶诸军，统归节制，以一事权。一切军情，宗棠自行奏报』。诏宗棠兼程赴浙，督办军务；浙省提镇以下、统归调遣。未几，杭州陷。十二月，授浙江巡抚。时逆酋杨辅清犯徽州，宗棠以徽郡为皖南、江西大局所关，且为我军入浙后路，檄知州刘典分军赴婺源进剿。奏言：『江西入浙之道，遍地贼氛；非节节攻剿，不能深入。节节攻剿，又恐旷日持久，饷竭、兵疲，先已自困；非乘虚蹈瑕，诱贼野战不可。以东南大局言之，湖北、江西肃清，皖北逆氛渐熄，群贼悉萃江、浙；如统兵诸臣声势联络，能力保完善之区以规进取，则江西、湖北、安徽数省生民，稍得苏息。钱漕厘税征收日广，从此渐逼渐近，可作士气而埽贼氛，利戎机而速戡定。以浙江见在局势言之，皖南守徽池以攻宁郡、广德，浙江守衢州以规严州，闽军严遏其由浙窜闽以绕犯江西之路，然后饷道疏通，米粮、军火接济无误，诸路互相知照，一意进剿，得尺则尺；虽程功迂缓，实效可期。浙江军务之坏，由历任督、抚始则竭本省之饷，济金陵、皖南各军，图藉其力以为藩蔽；而于练兵选将，漫不经心。自金陵、皖南大局败坏，又复广收溃卒，縻以重饷，冀其复振；卒之兵增饷绌，军令不行，涣散决裂不可复支。臣奉命督办浙江军务，节制提镇。非就见存兵力严为挑汰，束以营制不可；非申明赏罚，予以实饷不可；非另行调募，预为换补不可。然欠饷日久，有不能汰遣之患；饷需不继，有不能调拨之患；经费不敷，有不能募补之患。名为节制提镇，实则营官、哨长亦且呼应不灵；不得其臂指之助，而徒受其迫促之扰。虽有能将，无饷何以驭兵？虽有谋臣，无兵何以制贼？应请敕部臣行令各省应协浙江之款、闽省及各省奉旨拨解援浙军饷，速解广信交臣后路粮台，以应急需。刻下浙省仅存衢州一城；衢州地势为江西、福建枢纽，浙省水路通途，宜设水师为陆军助』。又言：『孤军转战，将少兵单。局势益宽、人才日乏；请敕广西臬司蒋益澧率所部来浙助剿』。上皆从之。时，贼由严州府属之遂安踰岭入，蔓延徽、衢属境。贼目锺明佳等众十余万窥婺源，意在深入江、皖腹地，阻援浙之师，以围衢郡。宗棠以婺源居徽州、广信两郡之中，地势在所必争；饬道员王开来趋德、婺交界之白沙关，自率兵赴婺，击破之。
同治元年正月，诏促宗棠亲赴衢郡，进规浙省。宗棠覆陈『贼遇坚城，必取远势包围，待其自困而后陷之，历历不爽。办贼之法，必避长围、防后路，先为自固之计；然后可以制贼，而不为贼所制。臣若先入衢城，无论不能固江、皖边圉，亦且不能壮衢城声援；一堕逆贼长围诡谋，又成粮尽援绝之局。故决计由婺入浙，先剿开化之贼，以清徽郡后路；饬老湘营由白沙关进扼华埠要冲，保广信而固衢城。幸开化肃清、婺源无警，臣军驻开化马金街，正可兼顾衢城。浙事成败利钝，臣一身任之，无可诿卸』。二月，克遂安。奏言：『浙省大局披离，进兵之路最宜详审。从衢州入手，则坚城林立既阻其前，金、严踞贼复挠其后；孤军深入，饷道中梗，断无自全之理。由金华进攻，则严州之贼必由寿昌一带潜出包抄，亦非善策。臣军救浙，必依傍徽郡，取道严州较为稳妥』。谕曰：『左宗棠于开化肃清后，乘势进克遂安，甚得先发制人之策。所筹依傍徽郡、取道严州之策，自系实有见地。即着相机进取，勿蹈轻进之失』！时李世贤犯衢州，总兵李定太等婴城固守。宗棠抵常山，攻招贤关，克之；衢城粮路通。李世贤犯峡口，宗棠饬刘典等军会剿，破之石门花园港，毁贼垒七，贼退窜衢南石室街、莲花一带。杨辅清犯遂安，宗棠饬刘典各营由马金趋昏口，自率亲兵进驻开化，杨辅清遁。李世贤复犯衢城，宗棠回军。五月抵衢，六月督军由北路进剿，破莲花、洋塘等处数十垒，余贼悉遁。宗棠奏言：『浙江贼数虽多，皆听李逆一人指嗾。该逆倚金华为老巢，严、处为犄角；于龙游、寿昌、兰溪、汤溪等县分布贼党，拚死抗拒。见在贼势趋重金华，自应并力先将龙、寿、兰、汤等处次第攻剿，撤其藩篱；然后分兵严、处蹙之，以取破竹之势』。奏入，上嘉其随机决策，甚合机宜。是月，李世贤率贼数万，分两路攻遂安；败之。七月，进规龙游，破大股逆贼。闰八月，复寿昌。十一月，遣军援皖南，复祁门、绩溪；旋克严州府。
二年正月，复汤溪、龙游、兰溪，克金华府。旋复武义、永康、东阳、义乌、浦江、诸暨、桐庐，仍分军防皖南后路。二月，进攻富阳，以规杭州。三月，授闽浙总督，仍兼署浙江巡抚。遣军会剿徽、祁股匪，复黟县。四月，败富阳新城援贼，遣水军捣杭。八月，复富阳；饬蒋益澧致杭州，分军围余杭。
三年正月，复海宁、桐乡。二月，会苏军克嘉兴府，旋克杭州省城及余杭。捷闻，诏加太子少保衔，赏穿黄马褂。三月，宗棠进驻省城，设赈抚局收养难民，招商开市，勘办急应修浚工程。旋复武康、德清、石门。