门官员徒拥虚名，略无实效。宁波系倭夷常年入贡之路，法制尚存，犹且败事，其诸沿海去处，因袭日久，废弛尤甚。合无选差官员领敕前去，由山东循淮阳、历浙达闽以极于广，会同巡抚官员，按部备倭衙门亲历海道地方查点，原设官军阅视旧额墩堡盘验，见在兵器官军缺乏者，即与拨补，墩堡圮坏者，即与修筑，兵器圬钝者，即与换给，官员之不才者，即与易置，法制之未备者，即与区画，庶使海防严谨，中土奠安。尝观本朝礼部侍郎杨守陈家藏文集，亦常以倭夷变诈凶虐，不当与之通好。乞敕下勋戚文武大臣，详加会议。再照宗设犯华之罪，不可使之竟脱天诛。乞通敕沿海各处备倭衙门，整搠官兵，修理战船，习占风候，时出海洋嘹捕，务俾罪人斯得，国威以伸。
兵部尚书金献民议谓备倭衙门地方久处承平，武备尽已废弛，相应依拟差官阅视。但恐前项地方广阔，周回万里，一人顾理不周，本部欲便移咨都察院拣选历练老成御史二员，各请敕一道，分定地方。一员自山东直抵淮阳、苏、松，一员自福建直抵广东各沿海地方。其浙江就令差去给事中敕内该载整理，各分投亲诣沿海一带阅视。上命各官失事等情，着差去给事中上紧前去，会同清军御史，用心访察，查勘明白，分别等第，并究各夷致乱根因，进贡真伪。沿海一带边备不必差官，只着各该抚按督并海道备倭并守巡等官，严加堤备，阅视整顿，不许怠玩。
刑科给事中张逵疏称：“浙江宁、绍、台、温、杭、嘉六府，地滨溟诲，境接倭夷，实东西之巨屏，北都之外帑也。是以国家建设卫所，特置都指挥，以总扌耳之。封墩战舰军器，摩不周备，盖恐外寇时窥中区为梗耳。臣见去年倭夷入贡，恣睢仇虐，横屠生灵，戕及都司。吾中国大被虔刘，拱手莫救，实由武备废残，素有蔑视之意，将来之患恐未可量，固不可不预为之处也。伏望皇上查照巡视旧例，添设谙悉事故加意民隐都御史一员，请敕督理，将前项封墩战舰军器之数一一增修，令不失旧。然后奏闻成绩，徐议功赏，以辍其任。庶中国奠安，而小丑绝窥觊之心矣。”
时户科给事中刘穆，承命访察倭夷事情。至是，上不允逵请，敕令刘穆，仍往浙江沿海地方整理武备等事。后素卿械至杭州，有司勘以谋叛下海罪，系浙江按察司狱。及二倭贼自朝鲜至，并系之。论鞠狱成，久而不行诛决，先后尽瘐死于狱。倭奴自此惧罪，不敢款关者余十年。
四年，浙江市舶太监赖恩奏：“请颁换敕谕，与臣管市舶司事兼提督海道，遇有夷贼，动调官军剿捕，以固地方便益。”上命照成化年间例换敕与他。兵部尚书李越疏曰：“政每患于纷更，法当务于谨始。此地内官缘为提督市舶司而设，比与边方腹里镇守守备内臣专为地方者不同。即令沿海督兵御寇，自有海道副使与备倭都指挥使分理于下，又有镇守太监与巡按御史提调于上，事体相因已久，沿海有警，俱可责成。若复又令市舶太监提督，诚恐政出多门，号令不一，必掣肘误事。又况动调官军系朝廷威柄，遇有紧急，必须奏请定夺。赖恩小臣，岂宜得辙擅自专？推原其心，不过欲假借纶音以招权罔利也。乞将原降成命收回，仍戒谕赖恩，令其谨守旧规，安静行事。”
给事中郑自璧亦疏曰：“赖恩肆意揽权，恣情黩货。信郑泽之奸计，则延伪使为上宾；受素卿之金银，则致宗设之大变。三司兼欲受辖兵权，辄冀专擅，心每上人，动将坏法，内臣中之奉职无状者也。乞将取回别用，另选老成安静内臣代其任事。惟复痛加切责，姑令扪省前愆，用图后赎。其敕书仍照旧止管夷人进贡，并抽分货物，卫所官军不得干预，勿得轻信拨置，纷扰事端。”上诏前已有旨，俱不从。
赖恩又疏曰：“窃审日本国有武臣三人：一曰大内；一曰细川；一曰{白田}山。是皆权臣，犹鲁之三家。彼国政柄不在国王，而在权臣。进贡之事，彼强则彼专，此强则此擅，国王则卒亦莫革。近况素卿叛去，弊愈深矣。合无将素卿从重处治，同来夷伴或流远方，或遣归国。另别差官赉敕往谕国王，今后来贡，益谨效顺，亲具表文，面用国玺，毋容诈伪；贡船毋过三只，使人毋过五百，毋得仍致大内。细川等弄权私贡，以乖国体。浙江备倭等官除将臣庸材，乞赐取回间住。别差贤能一员，严加提督，整理边务，葺城池，修战船，整军器，慎烽，练兵卒。先之于昌国、石浦、大嵩、象山、穿山、舟山、定海、观海等喉舌紧要之处，次之于松海、金盘、海宁等卫可缓之方，巡海兵备等官，务选年力少壮，熟谙武略，敕专督理。不拘三年五年，就任加职，庶免更换，致旷重务。不许久坐省城，时须遍历操练，事干急重，乞许便宜。仍敕福建等处镇巡备倭等官，严禁漳州贼船，不许纵放出海，眩惑地方。各卫官军月粮，务着有司及时征给，不许缺乏，疲毙官军。日后倭夷入贡，照旧报审实，各执坚甲利器防守，译审是的，方许护送入港。苟有贼船临边，务使多带兵粮剿杀，如有畏怯，即以军法重治，永为遵守。庶几内则官军不致虚费廪饩，外则足制边境不致岛夷侵渔矣。”上乃诏沿海武备，着镇巡等官严督举