从公估计定拟斗头数目，趁时召商籴买粮米。严立限期上纳，于紧要城堡收贮，以备支用。待米完之日，就将前银照数挨次支给。其主兵月粮量留折色银两，相兼放支，急听从宜区处，籴米在仓，先将旧欠俸粮，官军量给一二月以济春荒。仍行镇守内外官员斟酌边情缓急，非有重大声息，不许轻调官军。按伏浪费粮草，致损边储。”上悉行其议。以陈九畴为都御史，巡抚甘肃。
先时，甘州五卫旗军月粮每一石折放白银七钱。正德十六年，年丰米贱，巡抚许铭欲照时估折与银三钱三分。本年十二月初二日，铭与镇守太监董文忠、总兵李隆等俱在会议厅议事，五卫旗军二千余人赴告，要照旧价支放。铭不允，各军忿怒，打毁大门，一时拥入。铭喝令军牢将为首数人缚打数十。众军稍退不散，待至起更时分，各军齐声呐喊。董、李二人先行躲避。各军投掷砖石拥入，将铭打死，用火烧毁。及烧厅房，又将分巡西宁道佥事刘经搜拿，要行谋害。经潜避肃府田承奉宅内，越墙走脱。又将都司广盈库并军器库打开，劫出银两布疋盔甲。又烧断事司，并中前卮三卫镇抚司，打开囚犯出狱。至晓，太监总兵再三抚谕，众人方退。后将解到兰州未交官民运银五千三百余两，令太仆寺卿李炫同副总兵李义给散每军银七钱，折作十二月月粮一石。又令监枪太监申永下甘肃仓，每军给麦一石，亦作嘉靖元年正月分月粮。太监总兵会出告示，晓谕军民舍余人等内有被其胁从者，就便改过作为良民，入队听候操调，并不坐罪，悉便遵听。随假报有虏寇声息，齐军分布于各街口扎队，军威振作。初三日晚，差出巡视官军底十九等，擒获元恶王礼、罗月、屈伏、高乞儿等四名，斩首示众。同颗贺保儿等三十余人下狱，由是余党渐息。
二年正月初八日，董文忠、李隆上其事。以为：“许铭自渡河西，每行酷刑，打死西宁范百户等。又行文各司查审，不分久近商人号为流民，纳银公用。又抽减商人纳过粮草原价，又将此银纳豆者，每石加增三斗。革除夜不收月粮，审取三等九则，人户办纳银两，滥受革前词讼，良善惊疑，一次写匿名帖子绑在箭上射入都察院，一次帖于臣门，言地方事情不便，要将三堂改正。臣等闻之，甚为寒心，累次劝谏，未蒙听允。似此酷克，致生此变。即今变乱已平，内患已缉，边境获安。实仰仗我皇上威福所致，臣等不职之罪责亦难辞。乞敕兵部计议，将臣等提获。余党亦照例问拟如律，以示将来。”
于是陕西巡按御史喻茂坚疏曰：“都御史乃朝大臣，亲承上命，巡抚一方，任用非轻。及查许铭条约俱系除革宿敝，报国筹边至计。但锐意坚执，不无大急。夫何各军倚恃平素骄横，辄肆穷凶，聚至千数，肆行残杀，焚其尸首，极其惨毒。劫去库银，擅放狱囚，悖逆已极，大骇人心。及照李总兵、董太监各操统率军马之权，岂有不能救正之理。况彼时会议同在一处，乃任其作变，束手先避，罪岂容逭！及戕害已极之余，虽称擒获为首四名，为从三十余人，未审是否真正原谋同恶之人？虑恐尚有主使，元恶未获，冤愤何由而泄，国法何由而彰！乞速选风力老成练达都御史一员，星驰前去，巡抚与同镇守总兵官同寅协恭戮力边务，庶重镇无不制之兵，而衅孽可弭矣。”
陕西御史许翔疏曰：“甘肃为西陲臣镇，人杂，夷虏少知礼义之化。数年以来，上下剥削诛求，军民困苦已极。许铭锐意事功，除奸清敝，惊骇人心。不无太急，一时无知小民有不堪者，讹言繁兴，遂相媒孽，构成大患。其首从恶逆死有余辜。镇守总兵将领等官，亦有不得辞其责者也。”事俱下兵部议，乃会推九畴为甘肃巡抚。
兵部尚书彭泽疏称：“镇守董文忠、总兵李隆统领官军在彼，既不能设法调度，为预防于未然，又不能极力拯救，消祸乱于临事，顾乃假以劝谕为名，以致怨归巡抚，自脱罪愆。迹其所由，固许铭欲振肃风纪于初任，而未免抚驭少恩，亦缘切禁总镇官员沿集之宿弊，而寅恭未洽，各官虽无故纵主使之情，难免嫁祸苟全之罪。其副总兵李义、陕西行都司并各卫等官，平时既已失军士之心而无约束，临难又疾视长上之死而不救，援论法通合拿解来京，追究重治，但地方缺官，干碍人众，请行彼处巡按会勘拟奏发落。其总兵太监乞降敕切责，令各戴罪管事，务要与新任巡抚同心协力，修举边务。不许仍分彼此，失机误事，贻患地方，自取重罪。”上从其议。诏有罪人犯着巡按御史会同守巡兵备等官从公查审，拟议情罪。其余军士人等不曾同入帮恶，情有可原，俱免追究。许铭着以礼棺殓，照例祭葬，并伊家小差官护送还家。
时三边传报紧急声息。兵部尚书彭泽请设总制官以御虏患。上乃命侍郎李越兼都御史巡视经略，遇有达贼侵犯，即便调兵防御剿杀。陕西三边镇巡等官俱听节制，京营大宁等处官军不必带去，宣大、山西官军有警，急调应援，事宁具奏回京。越既拜命，即上疏曰：“御戎之道，守备为本，守备所资，钱粮为急。陕西三边地方广阔，年来将不择人，守备全废。兼以剥削日甚，索取百出，以致衣粮不得给散，军士因而逃亡。缺伍粮草，托故扣除，马匹