寻为锦所逼，奔泉州降，授左都督。继茂、率泰以成功既死，谕锦降，不从。会锦杀其从伯父郑泰于金门，泰弟伪同安伯鸣骏及泰子赓、伪永城伯缵绪均赴泉州降；鸣骏授遵义侯，缵绪慕恩伯，赓左都督；诸来归者各授爵。
二年六月，诏檄荷兰夹板船同剿厦门、金门两岛、于是继茂、率泰简投诚军及荷兰船出泉州、提督马得功出同安、梧及提督施琅出漳州。十月，大军屯厦门，贼溃。琅以水师同荷兰众进击，斩千余级，乘胜克金门及浯屿。锦与伪忠明伯周金斌宵遁；寻犯云霄镇，总兵王进功击破之。
三年正月，伪都督杜辉献南澳，授左都督；全斌亦降，授承恩伯。锦与伪永安侯黄廷等拥众保铜山。三月，继茂、率泰进攻，梧、琅先后以兵出八尺门，黄廷及伪将军翁求多等率众三万降，遂拔铜山焚之，获仗战舰无算。锦载其孥渡海入台湾，海上诸岛悉平。七月，上以琅谙海疆军务，特授靖海将军，以承恩伯周全斌及降将左都督杨富为副将，进剿台湾。荷兰复以夹板船至，约期攻澎湖；会阻风，不得进。
四年，廷议撤兵，琅乃还。率泰遣知府慕天颜赍诏至台湾谕降。锦请称臣入贡如朝鲜例，上弗许。嗣锦阴遣人往来岛上与沿海民互市，颇接济为奸利；琅密奏：『若恣锦生聚，是养廱也，宜速剿』。
六年，召琅来京，又陈台湾可取状；下部议，以风涛险，制胜难，必寝其事。
十三年，耿精忠叛应吴三桂，据福建，结锦为援。锦乃仍称由榔年号，纠众渡海而西，陷泉州。事闻，上谕总督郎廷佐以耿逆宜剿，海寇宜抚。会潮州总兵刘进忠叛降于锦，锦遂入潮州，执续顺公沈瑞及其孥。精忠复结锦围漳州，梧恚卒，子芳度婴城守，以计佯与锦和，拒精忠，命平南王尚可喜发兵援之。
十四年，芳度计泄，精忠围益急，总兵吴淑等叛献城，芳度督家丁巷战，力尽赴井死，全家遇害。
十五年，康亲王杰书奉命定福建，精忠降。锦遣伪总统许耀以贼二万犯福州，连营乌龙江；康亲王遣都统喇哈达等渡江奋击，克贼营，追奔四十里，进兵规复兴、泉、汀、漳四郡。
十六年，副都统穆赫林等克泰宁、建宁、宁化、长汀、清流、归化、连城、上杭、武平、永定十县，喇哈达等克泉州，斩许耀；锦弃泉州遁。
十七年春，康亲王遣知府张仲举招谕，锦不纳；其党复由海澄据玉洲等寨分犯石码、江东桥，漳、泉复告警。伪总督林英犯泉州，提督段应举击败之于日湖，生擒伪总兵林耀等。叛贼吴淑复由石码登岸，海澄公黄芳世同都统孟安击败之，沈其船。副将汪国祥亦败锦子克塽于庙岭。上以海寇盘踞厦门诸处，勾结山贼，煽惑地方，由濒海民为之接济，诏如顺治十八年例迁界守边。四月，穆赫林、黄芳世会师湾腰树御贼帅刘国轩，失利；贼遂陷平和、漳平及海澄，段应举、穆赫林与总兵黄蓝皆死之。国轩寻围泉州，命趋诸道军会剿。于是将军喇哈达、赖塔、总督姚启圣由安溪出同安，巡抚吴兴祚由仙游出永春，提督杨捷由兴化下惠安，总兵林贤、黄镐、林子威以舟师由闽出定海。八月，大军复平和、漳平、惠安，泉州围解；启圣同赖塔追国轩至长泰，大破之于蜈蚣山，斩四千余级。九月，复同安，斩伪副将林钦。十月，赖塔败贼于万松关；启圣、捷及副都统吉勒塔布等败国轩于江东桥，又败之潮沟；副都统瑚图败吴淑于石街，尽焚沉其船，贼党遁据厦门、金门。命厚集舟师取二岛。
十八年四月，以万正色为水师提督。国轩之遁也，启圣遣人入岛招之，弗从。启圣因疏言：『郑锦以台湾为穴，必不降，招抚无益。其伪武平侯刘国轩为贼渠魁，请赦罪，许授公爵；并赦伪将军吴淑罪，许授侯爵。若二人解体投诚，则锦势孤，海寇可立灭』。报闻。十月，副都统沃申败贼于东石，斩林英，擒伪总兵陈深。
十九年正月，正色请以水师攻海坛，而令兴祚赴同安与启圣、捷督陆路兵规取厦门。正色寻分前锋兵为六队，逼海坛，亲统巨舰继之，又以轻舟绕出左右并力攻，以巨炮击破贼船十六，溺死三千，余贼悉溃，伪将朱天贵遁据南日、湄州等澳。二月，正色追击至平海澳，与兴祚师会；天贵纠伪将军林升据崇武澳。正色乘风自平海南下，贼迎拒，掩击破之，斩伪总兵吴丙、伪副将林勋，湄州、南日、平海、崇武诸澳悉下，天贵降。沃申击贼将张志于大定、小定，连败之。我兵水陆进趋玉洲，国轩走厦门，伪总兵苏堪以海澄降。启圣亦分遣总兵赵得寿、黄大来随赖塔击陈洲、马州、湾腰山、观音山、展旗诸寨，兴祚复同喇哈达等由同安追剿至浔尾，遂克厦门、金门，余寇遁还台湾。八月，命于厦门、金门留兵镇守，康亲主还京。
二十年正月，启圣、兴祚疏请展界，俾沿海民复业；从之。是月，锦病死，伪侍卫冯锡范等以锦次子克塽为延平王，其长子克■〈臧上土下〉被缢死。五月，上以台湾贼众内乱，仍命琅为水师提督，同启圣克期进剿。时续顺公沈瑞被絷在台湾，与伪行人傅为霖谋内应，事泄遇害。是冬，启圣与琅议师期，启圣欲用