云和县。十月，康亲王进征福建，耿精忠降；寻以启圣为福建布政使。时「海贼」郑锦踞漳、泉、兴化，大军进剿；启圣筹备甲胄、弓矢及战马，以备军用。十七年五月，总督郎廷佐奏：『启圣自携兵千余，令其子姚仪统领随大军剿贼，屡着捷功；其缮兵、购马、制械先后用银五万余两，皆出己赀』。得旨嘉奖。
寻擢福建总督。值贼陷海澄、长泰、同安、惠安、平和等县，启圣条上十疏：一、请调福宁镇兵会同八旗兵及浙江提标兵剿贼泉州，调衢州赣州、潮州三路兵剿贼漳州；一、酌给投诚官兵俸饷，以安反侧；一、愿自捐粮米，增募督标兵五千；一、荐举浙江贤能文武官二十员，请令赴闽调遣；一、增价籴榖一万石、米五千石，贮备军食；一、分兵防守要路，设站运饷；一、请复设漳浦、同安两镇总兵官；一、闽省经制兵旧有五万一千七百余名，请增设一万八千名，俟贼平裁撤；一、严禁营兵以厮役冒占兵额；一、申明临阵胜败官赏罚格，以振军心。疏下议政王大臣等详议：惟衢、赣、潮三路兵皆在要地，未便调闽；又既增督标兵，毋庸再广通省经制额；余并如所请行。七月，启圣同海澄公黄芳泰遣兵由永福进复平和及漳平二县。九月，贼帅刘国轩等犯漳州，启圣同将军赉塔、都统沃申等率兵进剿，大破贼于蜈蚣山，复长泰县。叙功，晋正一品阶。复遣其子仪率兵抵同安，贼弃城遁，追斩伪副将林钦等。十月，启圣同副都统吉勒塔布、提督杨捷等败刘国轩于江东桥，又败之于潮沟。十八年正月，刘国轩纠党吴淑、何佑等踞郭塘、欧溪头，欲断江东桥以犯长泰；启圣同赉塔、杨捷及巡抚吴兴祚等遣兵邀击，大破之，先后招降伪官四百余员、贼兵一万四千余名。五月，刘国轩、吴淑等率贼万余谋夺江东桥、榴山寨；启圣同赉塔、石调声击败之，至太平桥、潮沟，杀贼千余。十九年二月，同赉塔、杨捷、石调声等督兵攻复海澄县。时提督万正色先克海坛，启圣同赉塔及总兵赵得寿、黄大来等分兵七路并进，破贼十九寨；又别遣将弁乘潮渡海，克取金门、厦门，招降伪将军朱大贵、杨彪等。是年秋，恢复长泰等县。叙功，晋兵部尚书、太子太保。
二十四年四月，左都御史徐元文疏劾之曰：『启圣自为香山县知县秽迹彰闻，革职提问，永不叙用；只以逆孽变乱，孑身戎行，遂冒军功，骤致节钺。正当殚力竭忠以报恩遇，不谓素性乖张，举措轻妄，以虚词为实事、以干没为己赀；其言欺冈无据，其心险侧不平。臣请略举数端，有大可骇者。大臣官员侵占民利，煌煌严禁；而启圣前者妄请借司库银十二万两，经营取息：可骇者一。启圣自陈疏称「家无片瓦」，而以臣所闻：启圣挥霍金钱不异泥沙，题报军前捐银十五万两有奇，此银不从天降、不由地出，谓非克军饷、睃民膏，臣不信也：可骇者二。闽省民困已极，启圣不能加意存抚。乃拆毁民居、筑园亭水阁，日役千人；舞女歌儿，充牣房闼。又强取长泰县乡绅戴玑孙女为妾，委其兄戴法署教官，物议沸腾：可骇者三。海坛进师，启圣力为阻挠；一则曰不敢轻举丧师辱国，一则曰不敢以封疆为儿戏。及恢复海坛，继取金门、厦门，又言当直取台湾。其始则欲养寇，其继又欲穷兵：可骇者四。启圣有卒数万，与海坛万余之贼相持三载，不能成功。乃欲令水师提督统新降之众远涉波涛，以图万一之侥幸；继因词穷理屈，即自请出师，漫无布置，始为是语以塞人口：可骇者五。吴兴祚、万正色平海奏功，启圣心怀惭妒，跪向侍郎温岱云：「正色密遣人与伪都督朱天贵约定投诚，随让海坛而去」；其言尤为不根。海坛贼遁之后，朱天贵尚尔狂逞；启圣疏云「厦门虽经恢复，而朱天贵实为后患」。则所云「让去」者，显系妄造。臣不知启圣何心，与驱除海逆者作难如此！可骇者六。总督封疆大吏，乃因欲行谗谮，长跪部臣之前，失大臣体：可骇者七。兵部据启圣之言，以为兴祚等冒滥军功；赖皇上圣明洞鉴万里，令即行议叙。自此劳臣吐气，人心莫不鼓舞；克海贼者既有功，则妒功者自应有罪。总之，启圣恣睢放诞，险诈欺诬；委以封疆，甚非八闽苍生之福。乞敕部确察严议，以为人臣诡谲行私者戒』。疏入，命启圣回奏。寻奏言：『臣于康熙十七年十月进兵至凤凰山，因一时投诚者甚多，犒赏不继，与抚臣吴兴祚议及外省贸易，颇有微息；前督臣李率泰、经略洪承畴曾借帑为之，遂冒昧上疏，未蒙俞允。臣等虽因公起见，然不应以琐事上渎宸聪。臣自入仕京中，未有产业。而军前捐银十五万有奇者，香山革职后贸易七年，颇积微赀；并臣浙江祖业变价及亲朋借贷，经年累月而后有此数。臣视师漳南，于康熙十七年七月巡边至省，见总督衙门被耿精忠屯伪官兵居住，以致拆毁倒塌。臣因捐赀修整，每日所用匠夫不过数十名，各给口粮、工价；栅外有员役搭盖小房，令其自行拆去。至臣妾数人，俱有子女。年已老大，并无歌儿舞女；强取戴玑孙女，更无其事。教官戴法，乃前督臣郎廷相批委者；臣到任时，戴法已署事八月矣。康熙十八年十一月，臣有「密陈进剿机宜」清字一疏，请水陆各分五路进兵；内称：「转盼来春南风一起，船只难行；又须坐守一年，徒费钱粮」。臣彼时尚尔踊跃，岂至次年辄肯