时巡抚及绅士俱以省城为控制重地，不欲公去；公曰：『吾奉旨督兵，岂敢坐误机会！若上游失守，不但全浙动摇，江、淮以南皆震惊矣』！遂行。舟次富阳，一卒与卖菜佣竞，立缚鞭之；百姓观者咸欢跃。自是军中悚息，所至秋毫无犯（「年谱」）。
时伪将军马九玉、曾养性等出仙霞关陷常山、江山、开化，温州总兵祖宏勳反，应贼；台、严、绍兴、金华诸属县土贼四起，据城为寇。贼遂陷处州，分兵寇徽州及江西诸州县。七月，贼兵数万犯衢州。时大兵分路拒贼，在衢者仅三千余人；公督战益力，无不一以当百。或曰：『封疆大臣，乃亲蹈不测之险耶』！公曰：『将军有死之心，壮士无生之气，然后可以破敌。我若贪生，谁不惜死』！闻者叹服。翌日，进兵压贼垒。贼气慑，不敢出；一夕，拔寨遁（「二林居集」「年谱」）。
军中获贼营间谍；公诘之曰：『吾军中有与尔营交通者乎』？曰：『有』。问为谁？言「刘姓」，不知名。公默意必某也，呼至讯之；果供有提塘刘君能与贼通，漏泄军情机密。立置君能于法，敌间遂绝（「年谱」）。
马九玉既遁，我兵搜获居民六十余人，军吏议置之法；公曰：『此是「守土勿去」之百姓，即不肯从贼之百姓；亟宜招徕完聚。朝廷用兵，救民水火，正救此等之民也』。尽释之（「年谱」）。
「请禁旗营抢掳给还难民子女启」言：『官兵伐罪救民，应将难民子女未掳带者，启请禁止；已掳带者，查给还民；远携贩卖者，稽察杜绝。今查真正贼寇，始而用兵负固，既则投戈乞降；其妻子乃安然无悉。而所抢掳者，皆贼至不能自脱、贼去不肯相随，穷苦难民之妻子也。是地方虽复，有土无人；不但朝廷财赋无出，即见在粮糈乏人供运，亦恐有误军机。且百姓既遭抢掳，无家室系念，必致铤而走险，反得遂逆贼狡谋，煽诱愚民，以增贼寇；关系非浅。职思大兵进取，固须鼓励士气，尤须收拾人心。此被贼蹂躏之百姓，皆朝廷赤子——亦即亲王赤子；王急欲平贼，总为急欲安民。请颁令谕通行给还，并严禁各旗营官兵抢掳』（「文襄别录」）！
时陆地诸寇渐平，而海氛方炽；伪总督朱天贵等设五镇于各汛洋面，乘风入犯内地。公饬诸将分兵防御，败之庙岭湖，复败之温州。进剿江西余贼于玉山子午口，败之；复败之八仙洞，毁其巢。十九年，疏请练战船，与福建水师入海会剿。寻败贼于孝顺洋，斩二千余人，降伪官百八十人、兵二千余人（「二林居集」、「年谱」）。
贼平，论功加三级，进兵部侍郎，再加兵部尚书。……我师复温、台、处时，旗将多掠难民为奴婢。公屡启请给还，不能得；乃倡僚属并募诸富人各捐金赎之。至十八年春，地震求言；复上疏极论其事。言『户口者，朝廷之户口；民人者，国家之民人。岂可抢带归旗，没为奴婢，以致父失其子、夫失其妻；老弱唬号，骨肉离散，呼天饮泣，取赎无赀！诚足上干天和，致生灾异。请敕各旗营各还所掠，以回天变而顺人心』（「二林居集」）！
公自为「定乱记」云：『余统制两浙，不数月而西藩有矫制之变；次年春，耿竖复构乱。将士久不亲兵革，又以师单，惮于行阵；余毅然曰：「臣子以身许国，义无息偃：非膺危险以扞封疆，则设官何为也」！随饬将弁曰：「成败利钝，自有定数。处之安地，而未必不死；试之危地，而未必不生。汝等受朝廷豢养有年，奋绩正在此际；况将在谋不在战、兵在勇不在多，逞我军威，殄此乌合，直卷箨耶！彼众我寡，何畏也」！用是陈师江浒，驻节柯城；身亲甲胄、冒矢石，为将士先。每战俘戮甚多，贼乃怖威，退守河西以自固。衢为浙之西鄙，士马屯于郊而转饷千里，事机起于远而决策一心；因思行间擐甲枕戈、不辞冒镝冲锋之险，亲加慰劳，每念欷歔。故戮力疆场者，计功题叙，毋稍偏徇，惟一与将士推心置腹焉。盖予物以诚，物莫敢欺；示人以公，人莫敢私。此将弁无不精白乃心，矢怀克敌；从无自作不典，以千军纪者也。嗣将军与余商进取之策；余曰：「贼毒流于众、饷匮于中，内难交讧，其势自溃。为今日计者，不难制胜于未取之先，而难得心于既取之后。倘大军既入，玉石不分，肆其诛掠，是盗之虐也。兵贵威之以武，感之以仁。况禁掠，则民喜离汤火而携箪以迎；纵掠，则民欲保妻女而坚壁以守：得失之势了如也」。将军曰：「善」。余曰：「未也！夫禁人之取者，先在丰其所予；惩人之贪者，先在谋其不乏。故军前将士，当厚赉以周其困、溢格以济其艰。若陷身锋刃，于请恤之外，廉其家口，予之廪给」。余如犒赏诸费，月以千百计，悉取之家；虽拮据以应，弗惜也。迨亲王自婺临衢，余即面启漏夜进师，且请宏「不杀」之仁、严肆掠之禁、宽被胁之诛。于是遣军分道击剿，东由大溪入山，以断其饷道；西渡河入常山，以绝其应援。两日而复诸邑，夺三关；盖蓄之锐而用之神耳。但残疆初定，哀中榖而叹仳离者，在在见告；虽转粟赈济，羸瘵未可骤起。然民之所苦者，寇耳；寇退，则绥辑无难也。呜呼！寇之退，岂易言哉。方余孤军就道，贼焰方张，舆情未固，势非不危；则境可得安乎？及经营几务，日昃不食、漏尽