。闻其石井祖墓风水最险，舆论咸谓铲掘以破贼旺气，且快人心；亦惩恶之一端也』。梧又密牒李率泰，言『成功父芝龙虽经禁锢，尚未伏诛；天下人心以为朝廷欲留之，以抚其子。自海澄内隶以来，成功势力已绌，犹藉其父齎书下海，扬言抚局已成；致沿海人情摇惑，诸伪镇之欲投诚者反多观望，官军亦未敢尽力翦除。必速诛芝龙，则海上联翩投诚，而独夫坐擒矣』。李率泰先后以梧所建议疏闻；施琅得擢用，申严海禁，移兵驻防，增造战舰。梧偕施琅会同提督马得功、总兵苏明赴晋江县之大觉山、南安县之覆船山、橄榄山、金坑山，铲毁芝龙父祖及先世坟五。芝龙初得旨：流徙尚阳堡，寻伏诛；成功亦病死。伪都督万义、万禄、杨学皋、陈莽、伪戎政总督陈辉、伪平南将军颜立勳、伪总兵何义、林明、黄昌、黄义、余期英等先后就梧招抚，相率来降。
圣祖仁皇帝康熙二年十月，进剿厦门；靖南王耿继茂出浔尾、梧同李率泰出蒿屿，督水陆官兵击败贼众，斩获无算，遂克厦门、金门、浯屿三岛。十二月，耿继茂奏：贼遁铜山，时值隆冬，未便进兵；令梧统兵驻云霄，相机堵剿。三年二月，梧遣镇海生员陈克峻入铜山，招降伪伯周全斌、伪都督陈升。四月，招降伪侯黄廷、伪都督何政、许贞、李思忠等。随同耿继茂、李率泰、提督王进功乘夜渡海，拔铜山，焚其巢穴；成功子郑锦窜走台湾。六年三月，疏言：『臣自纳土归诚而后，窃计报恩，必先灭贼；而灭贼，必先用抚。故一面随征闽安，一面阴行间谍。十二年中，共招抚过伪官二百余员、兵数万余名，节经题报；有蒙赐封侯伯、且世袭者。惟臣之公爵，未知何等及承袭次数？乞敕部定议』。得旨下部议：以实心效力，着有劳绩：封一等公，袭十二次。七年四月，疏言：『臣标有给衔支俸者二百余人，铨授无期，投闲可惜。乞察其弓马、材技，敕部录用。有年老愿归农者，令地方官安插得所。其有愿终依臣标者，亦另立一册，于臣标遇缺充补』。事下部议行。寻廷议：裁汰各省额兵，列奏「梧投诚时，原带官六十余员、兵一千二百名；后续增归诚愿隶梧标下者官二百余员、兵三千八百名。今沿海俱有额兵防守，除梧自带兵一千二百名、酌留官三十员，其余自带官三十余员并归诚愿隶梧标官二百余员、兵三千八百名，俱令移驻河南』。
十三年三月，逆藩耿精忠叛应吴三桂，使人持逆书招梧；值梧方病疽，恚卒，年五十有七。子芳度，阳以梧命答精忠而阴募兵自守。凡两月余，得壮士六千；遂斩精忠所置伪都督刘豹等，誓师登陴。以蜡丸函疏，遣官黄蓝间道驰齎。是年八月，至京；得旨：『海澄公黄梧自海上归诚，殚竭忠荩，镇守岩疆，劳绩茂着。今闻溘逝，深用轸恻！应从优议恤。黄芳度设计全城，擒斩伪将，具见能继父志；即令承袭公爵。今大兵由浙江、江西、广东三路进闽，黄芳度侦何路先到，可与迎会合剿』。十一月，芳度疏言：『漳州介耿、郑两逆之间，独力难守，不得不百计图全。自八月以来，坚与耿拒、伪与郑和，因得阴行召募，以练成劲旅万人；分布漳城及龙溪等五县，自守之势颇成。九月间，耿逆遣兵来犯，臣率众迎击，擒斩无算。观二逆构怨已深，势必俱败；诚得粤省大兵克潮之后乘胜进取，臣当率师迎会，迅奏扫除之功』。十四年五月，疏言：『臣拒耿饵郑，设为固守万全之计，已历一载有余。近二逆通好，臣谋已泄，郑逆遂撤回各伪总兵，蜂聚海澄，备粮缮器。臣揣其狡谋不测，若南行，则不利于粤；拥兵留澄，则不利于漳：二者皆为封疆之患。臣乃于闰五月初三日，宣布皇上屡颁恩旨及平南亲王照会密劄，遣总兵杨壮猷等扼守平和；并令臣兄芳泰带兵赴粤，接引大兵。郑逆闻之，率众来围，昼夜攻击；臣连次出兵，斩贼将黄鼎新、卢英等。但臣孤城缺饷，百计难支。计粤路援师，旦夕可至。伏乞皇上密敕浙江、江西两路大兵迅速进发，俾二逆不能相顾，臣可会合奏功』。七月，疏言：『漳州自五月被围，日夜对垒。至七月，贼兵益集，攻城愈急；赖将士用命，奋力堵御。西、南、北三门尽竖贼梯，东门城堞炮毁三十余丈；郑逆亲督贼万余来攻，臣率将士死战，用火器歼贼无算。贼乃环围不退，城中兵单饷缺，恐日久变生。乞谕趣大兵速进』。三疏并得旨嘉奖，趣统兵大将军等速即应援，并拨近地钱粮接济。十月，漳州城中粮尽，芳度督众死守；叛将吴淑引贼陷城，芳度率兵巷战，力竭赴开元寺投井死，年二十有五，贼戕其尸。母赵氏、妻李氏自缢死，从父枢、从兄芳名、亲弟芳声、芳佑并遇害，期功男女从死者三十余人。贼又掘梧棺，毁尸。副将蔡隆、游击朱武、外委张琼、戴邻、陈谦，俱骂贼死。事闻，得旨：『海澄公黄芳度矢志忠贞，保守孤城；剿杀逆贼，屡建奇功。叛将通贼陷城，合家殉难以尽臣节，深可悯恻！可优赠王爵，諡以「忠勇」；照多罗郡王例，遣大臣致祭』。蔡隆、朱武、张琼、戴邻、陈谦，赠官有差。
梧兄子芳世，先于康熙元年齎梧疏入觐，留京授一等侍卫。及黄蓝齎芳度疏告急，芳世自陈『生长闽疆，深知道里情形；乞随大兵由广东进援』。诏以芳世为福建随征总兵官，谕曰：『尔在朕左右十有余年，凡事谙练