外洋，获林俊兴等十人，烧其船一；至旗头，获蔡牵帮盗首陈帖等二十二人，夺其船一；至东雀山，获李广及女犯等二十一人；至尽山，获盗首陈火烧等二十二人；至三盘，获高英等七人。十月，擢福建水师提督；奉旨：『李长庚于缉盗事务，尚属奋勉；是以加恩简用。此时蔡牵等逃窜闽洋，李长庚即往新任；倘盗船折回浙洋，当不分畛域，以副委任』。
寻以籍隶福建，例应回避；调任浙江。七年，至象山潭头，获张如茂等十四人；至闽南日、东沪洋，获徐逆等三十五人。八年，蔡牵窜渔山，长庚率舟师掩至，昼夜穷追，蔡牵仅以身免；复与黄岩镇总兵张成合兵击盗尤升等，生擒五十六人，获其船二；又获石塘钓艇盗二十余人。进击蔡牵于三沙，沈其船一，毙数十人；贼北窜，复追及南麂外洋，夺其船一、烧其船一，生擒八十七人。
九年六月，闽浙总督玉德等会奏：请以长庚总统闽、浙两省水师；得旨俞允。先是三月，蔡牵泊于闽洋之浮鹰，长庚率兵击之，擒其男女四十余人，歼毙十三名；烧其船一、夺其船二，并获红衣炮、刀械百余。八月，遇马迹盗船六十余，长庚督兵冲入，贼分两股东西窜；长庚分兵击之，沈其船二，歼毙无数。蔡牵所坐船篷索为官兵所断，及过尽山，风雨骤起，收兵入衢港，俘五十二，骈首五级；得旨嘉奖。
十年四月，兼署福建水师提督；奉旨：『李长庚调福建水师提督，镇将皆其统辖。着将擒捕蔡牵一事，责成专办；一切机宜，悉听调度』。闰六月，蔡牵闻长庚至，遂由台湾北窜入浙；长庚追击之青龙港，获其船一、沈其船二，擒彭求等二十八人。得旨：『李长庚自统舟师以来，具报剿贼均无虚饰；俟闽、浙洋面一律清平，必加懋赏』。又奉上谕：『李长庚总统水师，温州、海坛二镇总兵为左、右翼，听李长庚调遣，俾事权归一』。八月，长庚追蔡牵于台州大陈斗米洋，攻击三昼夜，烧其船一、沈其船一，生擒七十三人。
寻以浙江提督孙廷壁不谙水师，奉旨：『浙江提督，仍着李长庚调补』。十二月，蔡牵大小盗船百余肆扰台湾，长庚率师会剿，歼毙无数；亲驾杉板往勘鹿耳门外港口，同护温州镇总兵李景曾分帮把守。长庚截守新港，于水深处凿沈同安船以防窜逸；时东风甚急，同安船为巨浪所冲，蔡逆乘潮窜去。诏摘去翎顶立功。十一年四月，蔡牵与朱濆俱窜福宁外洋，长庚会兵往剿；贼东窜张坑洋，复追击之，沈其船一、夺其船三，生擒盗首陈溃、李阿七等七十余人，毙百七十余人，获刀炮、伪印、旗帜，救出商船及被劫难民。蔡逆北窜，又折回南；复追至台州之调班洋，生擒李按等五十一人、歼百五十余人，获铜铁炮十七门。
时新任闽淅总督阿林保密参李长庚因循怠玩，并钞李长庚致署总督温承惠书，请旨革职治罪；上谕：『阿林保密参李长庚因循怠玩二摺，览奏均悉。但如摺内所云「李长庚藉燂洗船只为名，收船进港，恐其私回衙署，亦未可定」等语；尚系该督揣度之词。又称「李长庚于七月初间在尽山等处洋面追剿贼船，扼住上风；旋又探听无纵，其跟剿竟属空虚」等语。但昨据李长庚奏称：「七月二十一日在大陈等处洋面击沈盗船一只，歼获盗犯一百五十余名，起获枪刀、铁炮等件，并拏获另船盗首李按」等语。阿林保发摺时，尚未得其咨报。如果属实，是李长庚兵船七月初间在尽山外洋一时未能了见贼踪，旋又追获得胜，尚非始终株守可比。又李长庚所称兵船缺乏口粮之处是否实情？抑系藉口引避？均须详查明确，方可治以应得之罪。该督远在闽省，仅据李长庚致温承惠信内之言，恐尚未确实。当剿贼吃紧之时，水师统领责任綦重，一时亦无可代之人；况临敌易将，亦不可草率。此时且毋庸革职逮问』。同日，又谕：『清安泰见在温、台一带，所有李长庚追贼情形，知之必悉。着即详细密查，据实回奏』。八月，李长庚率各镇舟师击贼渔山，身受多伤。事闻，得旨：『此次李长庚督兵围捕蔡逆，歼擒盗匪多名，身受多伤，实为奋勉。着加恩赏还顶带』。旋据浙江巡抚清安泰覆奏：『李长庚带领兵船经过海口，并未回署。至于海船若不勤加燂洗，则船底苔草、■〈族上虫下〉虫胶黏缠结，辄致驾驶不前。其生擒盗犯李按，委系蔡逆另船头目，余系李按同船伙犯；并无捏报。又兵船口粮，实有暂时缺乏；应采购之处，亦无藉词耽延情弊。复遵旨将李长庚在洋剿捕情形，密询黄飞鹏、何定江二人。据称：黄飞鹏为守备时，即同李长庚在洋捕盗，无不勇往向前；自蔡逆滋扰台湾，倍加感奋，誓不与贼俱生：实无松玩情事。何定江居官闽省时，即知李长庚身先士卒，奋勇直前；兹与连帮出洋，总以克除首逆为急务，实无怠玩』。奏到，奉上谕：『阿林保前此密奏李长庚因循怠玩种种贻误，请将伊革职治罪；朕披览该督所奏，即觉不惬。阿林保到任不过旬日，地方公事一切未办、海洋情形素未熟悉，而于李长庚从未谋面，辄行连次奏参，殊属冒昧！是以降旨令清安泰秉公详查。本日据清安泰覆奏，则称「李长庚带领兵船经过海口，并未回署」。又称「海船若不勤加燂洗，辄致驾驶不前」。又所获李按，实系蔡牵伙党，并无捏报斩获情弊。又转询黄飞鹏、何