月，陛见；调陕西兴汉镇总兵。四十二年十二月，调甘肃肃州镇总兵。四十六年十月，李侍尧劾都司福昆、守备臧应隆年力就衰，总兵粱朝桂不早揭报，至檄调考验始讲解任勒休；请交部严议。得旨：『降三级调用』。四十七年二月，谕：『粱朝桂前在肃州镇总兵任内，因不将年力之衰颓都司福昆等揭报，经李侍尧奏参，部议降调，总兵职司行伍，考察将弁是其专责。乃一任衰朽恋栈，不行揭报；予以降调，实属咎所应得。第念梁朝桂曾经出兵打仗，颇为奋勉，尚堪弃瑕录用。着加恩补授福建福宁镇总兵。其降级之案，带于新任；八年无过，方准开复』。四十八年十一月，调广东高廉镇总兵。
五十二年三月，台湾逆匪林爽文滋事，命带粤兵会剿。六月，抵军营。贼目庄大田伙匪焚劫茑松，督臣常青檄朝桂领二队兵往击，毙贼二百余。七月，贼众七、八千人围大营三面；朝桂督战，毙贼三百余。八月，贼复犯大营，朝桂击退之。常青恐南路贼潜往北路，合扰诸罗；檄朝桂带兵堵截，败贼于南潭、中洲。又往正南十三里庄巡哨，遇贼邀击，枪毙二、三百人。九月，常青派朝桂带兵二千，同道、府驻守郡城营盘；自与参赞恒瑞带兵五千，往北路剿铁线桥及附近盐水港等处。寻有贼三、四千来犯营，并分攻桶盘栈；击退之。十月，恒瑞在盐水港剿贼，常青檄朝桂带兵往援；十一月，抵盐水港，即日领兵剿捕，烧毁贼寮。谕曰：『总兵梁朝桂带兵前往盐水港一带剿捕贼匪，甚为奋勇。着赏给「奋勇」巴图鲁名号，并照例赏银一百两，以示奖励』。是月，恒瑞督同朝桂于新店等处剿贼，收复鹿仔草；开通沿海道路，则赴诸罗。福建提督柴大纪奏言：『接总兵梁朝桂咨称：恒瑞巳抵鹿仔港，统计征兵不过一千余；须再禀恒瑞于各营酌调，方能进援。并声明凡事皆恒瑞主见，事之能行与否，不敢自专』等语。奏入，谕曰：『据柴大纪奏：接总兵梁朝桂咨称「凡事皆由恒瑞主见」等语。是梁朝桂亦知柴大纪处望援甚切，急应前进；而语意之间，似不免有制肘之处。梁朝桂职系总兵，自不能不听参赞调度；其「不敢自专」之语，自非饰词。伊见恒瑞观望不前，即禀请抽调营兵，思欲攻打前进，尚属具有良心。何以恒瑞转若视同膜外？恐竟系心忌梁朝桂先往得功，故以是为制肘。且柴大纪所奏，惟以恒瑞、普吉保不即前往应援为言，而于梁朝桂禀请恒瑞拨兵之处，代为声叙。是柴大纪亦知梁朝桂实有赴援之心，而于恒瑞不能不举其「有心牵制」；设使粱朝桂亦属虚词，何以柴大纪不一并斥言其非！况梁朝桂并未与柴大纪共事一方，可见其言并非有所回护。看来恒瑞竟系按兵不举；或因不能亲自往援柴大纪，而梁朝桂禀请赴援，竟至有心阻止。着福康安即确切查明，并讯问梁朝桂及随营将弁；倘恒瑞果有此等情节，即据实严参，不得稍徇隐』。十二月，两广总督孙士毅驻劄潮州；奏『朝桂在正平庄剿贼，身受重创，犹力战得胜』。谕曰：『梁朝桂在盐水港带兵奋勇，曾经赏给巴图鲁名号。此次剿捕贼匪，又能奋勇出力，实为绿营镇将中出色之员。但前据柴大纪接到粱朝桂咨，内以所带征兵不敷攻剿，面禀恒瑞于各营盘酌量抽调，再行前进；并称凡事皆由恒瑞主持，事之能行与否，不能自专等语。已降旨令福康安查讯具奏。今看梁朝桂打仗受伤情形，是伊颇能勇往直前、身先士卒；前次禀请恒瑞抽拨官兵攻打前进之语，自系急欲应援柴大纪。而恒瑞不能用彼，或竟有心忌梁朝桂先往得功，故为掣肘之处。着再传谕福康安切实访查覆奏』。将军福康安抵鹿仔港，令梁朝桂带兵仍驻盐水港、鹿仔草两处防守。五十三年正月，以麻豆庄、大武陇等处系通郡城要道，南路贼尚屯踞；檄朝桂带兵堵剿。旋擢福建陆路提督。二月，贼目庄大田等据大武陇，负嵎死守；派朝桂驻劄茅港尾，带兵绕至阿里港一带迎截。寻赴打狗港、竹仔港海口，截拏逸匪；福康安由风港进剿，直至柴城。官兵分六队层层围偪，贼冲突不能出，庄大田及头目四十余名全数就擒。台湾平，上定为二十功臣，图像紫光阁；朝桂与焉。御制赞曰：『金川剿逆，又夺了口；盐水恒瑞，未免掣肘。及防麻豆，御贼坚守；受创力战，嘉哉鲜偶』！六月，赴本任。十月，陛见。五十四年五月，朝桂奏：『台湾水师、陆路原设戍兵一万二千一百七十六名，新添戍兵一千二百名。经福康安奏明，分四起更换；陆路与水师提督，互相稽查。臣于三月内赴厦门点验，并无老弱及技艺生疏丁卒；于四月配渡完竣。一面咨台湾镇总兵奎林将征戍各兵预行拟定，俟内地兵船到日，查照更换回营。再，闽省营伍，急应整顿。臣自厦门顺查汀州、漳州镇属，点验军装、器械、马匹。滨海之区，早晚气候清凉，兵可操演。至福宁、建宁二镇，俟秋间前往巡阅』。奏入，上嘉之。六月，奏『查阅营伍至郡武，据左营兵丁马云等禀：守备粮房字识符意串通参将衙门传号马成功，克扣领饷使费差银；右营兵丁陈文彩等禀：都同粮房徐助等克扣运硝脚费，并各兵出征借给里带银两。请将参将张潮、署都司守备余朝佐等革审』。得旨：『交伍拉纳严审定凝具奏』。是月，闽淅总督伍拉纳奏：『金门镇标巡洋兵船被劫，获犯彭庇等五十五名，审拟抵法』。