久可也』。五十二年二月，奏『侯官县驿夫郭世民递送奏摺迟延，请发往伊犁』。上以徐嗣曾办理错误，失之轻纵；交部处分。部议革任，得旨宽免。
时台湾逆匪林爽文滋事，调浙江兵赴闽，于延平府吉溪塘地方淹毙兵丁王荣等；徐嗣曾不能先事督察，部议降一级留任。五十三年正月，台湾改建城垣，命徐嗣曾速赴台湾悉心估勘。嗣奏『前赴台湾军营抚恤难民，筹估城工』。朱批：『好！一切勉为之』。三月，命同福康安、李侍尧审办柴大纪贪劣各款；谕曰：『徐嗣曾身任巡抚，台湾营伍虽非所辖，但伊在闽年久，于柴大纪纵令兵丁私回内地、贸易牟利及废弛营伍、不如训练种种酿成变乱之处，平日岂无闻见！乃竟视同膜外，缄默不言，自有应得之咎。并着明白回奏』。嗣奏『台湾地方官兵全无约束，兵房亦塌毁无存；并闻营弁缺出，不秉公考验，恣意受贿：是柴大纪废弛行伍、贪婪营私已属昭着』。报闻。又奏：『被难流民近渐安集，统计全郡彰化最重，台湾、嘉义、凤山次之，淡水为轻，应分别核实办理。见存米已无多，只可折给银两。查闽省从前折赈，每石银二两；今因粮贵，请酌给三两』。谕曰：『据李侍尧奏：各省协拨米石，仅可敷闽省军粮、民食之用。何以徐嗣曾又称台湾存米无多，办理赈务又须折给银两？殊不可解！且福康安奏：见在雨阳时若，可望丰收。即照向例二两折给，足敷籴买；又何必遽议加增？向来台湾地方官吏侵渔成习，福康安等不可不严行查察』。四月，谕曰：『台湾逆匪滋事，该处文武养痈贻患；徐嗣曾系该省巡抚，咎实难辞。着交部严加议处』。部议革任，得旨宽免。六月，同将军福康安、福州将军魁伦奏：『熟番募补屯兵，悉心酌议章程：一、屯兵人数按番社酌挑，就近防守。一、各屯番丁宜立屯弁，以资管辖。一、屯丁、屯弁毋庸酌给月饷，拨近山埔地以资养赡。一、清查已垦埔地，以定界址。一、屯丁习用器械，令自行制备，报官点验。一、屯丁徭役，酌与优免以纾番力』。得旨允行。又同福康安奏：『军兴以来，拨解兵米因海洋风信靡常，尚未运到；计所存米石仅可为军粮平粜之需，不敷散赈。又因米价未能平减，请每石折给银三两，未免过多。嗣又因三月下旬以后连次得雨，可望丰收；仍请每石给银二两』。报闻。又偕福康安奏：『清查台湾积弊，筹酌善后事宜：一、各营操演，宜设法稽查，以核勤惰。一、水师兵丁，宜按期出洋巡哨。一、严总兵巡查之例，以肃营制。一、兵丁贸易离营等弊，宜严行禁止。一、禁革旗牌、伴当、内丁、管班四项兵目名色，以杜包差之弊。一、换防各兵，宜分交水陆提督互相点验。一、海口城郭各炮位，宜清查安设，以资守御。一、严禁抢夺、械斗并私造器械旗帜，以靖地方。一、清查台湾户口，搜拏逸犯，以别奸良。一、赌博恶习，宜从严惩治。一、台湾文武各官，应责巡察大员随时核奏。一、台湾道员，准令具摺奏事，以专责成。一、请开八里坌海口，以便商民。一、沿海大小港口私渡船只，宜严加申禁稽查。一、台湾南北两路。宜安设铺递、修治道路船只，以肃邮政』。奏入，得旨允行。七月，奏『台湾府及嘉义县拟筑土城，彰化、凤山、淡水等处城围仍用莿竹栽插，加浚深濠，添设石卡。俱遵旨办理，即日兴工』。报闻。八月，奏『逆犯大半系罗汉脚匪数流寓在台湾，见密咨内地查其财产、亲属，毋稍疏纵。又，台湾吏治废弛，不能早行觉察，咎实难辞；请革职开缺』。谕曰：徐嗣曾于属员收受陋规，不能及早觉察，又不自请处分，是以降旨饬询。但于办理善后事宜及查缉犯属等事，尚能周到；伊所请革职开缺之处，着加恩宽免。徐嗣曾益当感激，以期毋负朕矜全委任至意』。又谕曰：『前因台湾贼匪剿捕完竣，特令建立福康安、海兰察生祠，俾民望而生惕。徐嗣曾前赴台湾帮办善后，一切亦为妥协；着准其一体列入』。九月，奏『惩治台地棍徒，拏获纠伙杀命匪犯及设馆殃民之蠹役、挟嫌捏害之义民、割用印册冒征补粮之征兵，分别从严办理』。谕曰：『台湾为五方杂处之区，民情刁悍；从前地方官因循废弛、遇事姑息，以致奸民无所忌惮，酿成逆案。今当贼匪甫经荡平之后，正应趁此兵威，随时严办；使匪徒敛迹，尽绝根株。徐嗣曾于拏获棍徒凡犯该死罪者，俱立置典刑；所有陈光侯、潘波二犯不复拘于成例，分别谋故，概从立决。其殃民之蠹役、舞弊之征兵、恃符藐法之义民，俱分别严行办理。徐嗣曾前于柴大纪玩法营私不行奏参一案，咎无可辞；是以将伊革职，从宽留任。不谓该抚自抵台湾后，帮办善后诸务尚为妥协；今于地方棍徒、蠹役等复能力加整顿，俾海疆刁悍之风渐知悛革，殊为不负任使。徐嗣曾着交部议叙，以示朕赏功罚罪各不相掩至意』。部议加一级，抵前降一级。又谕曰：『徐嗣曾于台湾诸事，亦俱办有条理。其军需报销等项，即有未经办竣者，亦可将稿案带至内地次第核销，无庸久驻该处。着传谕该抚：接奉此旨后，即料理起程内渡，管理巡抚』。十月，奏『先后拏获匪犯，内柴大纪所奏正法及戮尸许怀等三十五名尚在；原系柴大纪误拏，经前任嘉义县知县陈良翼审属良民，据保释放，复捏同诓报。臣细加查询，实属良民