亦属无益；但福康安既成大功，朕又不得不加以殊恩，转觉两难。兹如此竣事，诸臻完善；朕既免加恩后族之嫌，福康安亦无「盛满难居」之虑。较之荡平廓尔喀地方，倍为欣慰也。惟是福康安此次跋涉险阻、备尝艰苦，且调度有方，使廓尔喀震慑威棱，诚心向化，可期永靖边陲；仅予世职，尚不足以酬劳勩。已授为领侍卫内大臣，将来在总管任内仅有千总等官跟随，不足以示宠异；着照王公名下亲军校之例，赏给六品顶戴蓝翎三缺，令福康安于伊得力家人内酌量给戴，用昭格外加恩、优眷劳臣至意』。十二月，奏卫藏增汛练兵、铸钱通货、核商上收支、免番众纳赋。又奏：『驻藏大臣，每岁亲视边境。理事应与达赖喇嘛班禅额尔德尼等禁其族属不得与公事；有大小番目缺出，会同拣放。前、后藏应各置文员，以理钱粟；定听差兵额，以实操防』。五十八年正月，奏藏内善后十八事：一曰达赖喇嘛班禅额尔德尼与外番通信，应告驻藏大臣；二曰各边境设鄂博；三曰选边界营官，视内地边俸例推升；四曰禁袭充番目；五曰诸大寺坐床堪布，公同补放；六曰商上银钱出入，照新定数目画一收放；七曰济陇聂拉木边境收税，毋庸酌减；八曰禁私给免差照票；九曰僧、俗户口，造册清查；十曰蒙古延喇嘛诵经，由驻藏大臣给照往；十一曰禁私用乌拉；十二曰禁罚赎不公及私抄没家产之弊；十三曰官兵所需火药，就地配造；十四曰达赖喇嘛赏噶布伦戴琫田庐，不得私占；十五曰禁商上喇嘛预支钱粮；十六曰各寨租赋按年收交商上，逃亡绝户免；十七曰驻藏大臣署，设译廓尔喀番字吏；十八曰廓尔喀贡使往来，派文武官卫送。又奏：『外番商人来藏者，酌定次数；由驻藏大臣给照往来，由江孜、定日两汛官弁察之。寻常交易，随时稽验，毋得私越』。均得旨议行。
三月，安南国王阮光平卒；上虑该国人心反侧，命福康安速赴粤西。四月，幅康安母卒于家；谕曰：『福康安三月甫抵边坝，至成都尚需五十日；到京已在六月下旬，百日将满，已属无及。福康安为国家出力之人，屡着劳绩；见因奉差在外，以致伊母大事不获躬亲料理丧用，为之恻然！然福康安若到京，朕心转不忍与之相见；应在途成服办理。广西事竣，即赴广东在任守制；过一、二年，朕酌量降旨再行赴阙』。上又以福康安途中患病，令御医涂景云往视。五月，奏：『接广西巡抚陈用敷札，知安南人心悦附，四境平宁。臣到粤，不过遣员前往致祭，别无要务。臣母抚臣成立，以仰邀恩佑；今甫遭此事，竟不到京、即赴总督之任，不但心实不安，且恐瞀乱、治事未协，转负委任。且臣母每勖臣勉图报称，不得以定省远违，分心内顾。兹既不获侍汤药、亲身含敛。惟思于未卜窀穸之前居庐数日，臣悲慕之心已伸、郁结之怀亦释；犬马之疾，转得速痊。此臣迫切私情，不敢于圣主之前稍有讳饰』。寻诏许来京。六月，加封嘉勇忠锐公。
八月，调四川总督。是岁，金川土司年班入觐，命福康安领之。五十九年正月，吉林将军恒秀治亏务亏缺库项，勒派民户；命福康安往讯，拟罪从轻。谕曰：『福康安与恒秀谊属姑表弟兄，有心徇庇；从宽定拟，希图含混了事。福康安受朕厚恩，特加简派，自应秉公持正，方为无负任使。乃瞻顾亲谊、曲庇局员，本应治以应得之罪；因念其办理廓尔喀一事不辞艰险，着有劳积，是以姑从宽宥。但伊审办此案种种瞻徇，岂能于朕前调停混过！着严行申饬』。既至四川，亲至重庆获私铸奸民曾石保等。
七月，调云贵总督。九月，谕曰：『朕披阅「廓尔喀纪略」，福康安于人迹不到之处攀援登陟，殊为眷念！已调任云贵总督，此时至重庆前赴云南，时届冬令，天气渐寒；特将御服黑狐大骽褂赏给，俾资途中御寒，以示优眷』。六十年二月，贵州逆苗石柳邓聚众围正大营、嗅脑营、松桃厅三城，湖南逆苗石三保等围永绥，附首逆吴半生为乱；命福廉安督兵赴剿。败贼于铜仁之盘塘坳，正大营城围解。正大之东为新寨，通楚境，苗寨聚焉；即率兵进剿，焚大寨二十六，获粮万石以助民食。闰二月，绕出高垄坡，破贼栅数百。自高垄坡至嗅脑皆贼寨，其岩门寨地所坪尤险，纵火焚之，进克官舟营木城；分兵取倬山等寨百余，复合趋嗅脑，解其围。乘夜进兵，悉焚野牛山、白岩■〈屯上土下〉贼巢以清后路，向松桃厅。贼先于围城时环立寮寨，大兵至，尽毁之；城中兵亦出应，贼遁。上以福康安连解三围，迅速可嘉；赏戴三眼花翎。是时，福康安率黔兵既剿净后路老虎岩诸贼寨，侦知石柳邓据大塘汛大寨营；适和琳所领四川兵亦至，期于满华寨合兵力剿，焚贼寨四十，石柳邓渡河逸入楚匪石三保黄瓜寨中。三月，兵大临河，贼于对岸筑卡拒守；乃分兵潜从上流水田坝缚木筏候渡，岸上纵民牧牛，令降番屯练设伏以待。贼数百乘船渡河掠牛，伏兵起，夺船渡；木筏亦顺流下，遂尽济河，破木城；贼弃卡窜，遂取石花寨；进剿土空，从得拉大山下压，歼贼甚众。先一日，令总兵花连布间道援永绥；至是，复会剿。凡三日，永绥围解，进抵竹子山。贼多聚兰草坪西北崖板寨中，伪于东南山凹树旗示我兵出入路；因其计攻之。设伏对山，石间藏炮焉；仍督兵自凹入。