门工部拘泥旧例，不论水之大小，但按一定丈尺修搭，需料甚多。请嗣后仍令弁兵，不拘丈尺随时酌办，以省糜费。其围墙遇夏雨坍塌，定例年终汇奏，次年春间始派员修理；敞旷经年，大碍观瞻。嗣后请随时查办』。得旨如所议行。四十六年二月，奏『孝陵神路右边仪树一段，地势甚洼；请开泄水明沟一道，俾仪树不致淹浸。又西峰口天台山一带，向仅指山梁为内外界。迄今树株稠密，山前均属民地；打柴、捕牲，难免荒火延烧。应于周围开豁大道二十丈，并立红桩，明示禁限。其每年芟割，即用附近堆拨兵，毋庸另派』。四十七年三月，请将马兰镇属官弁养廉、名粮二百四十分挑补实兵，以济差防。围墙内外应添堆拨，地方照数添设』。上俱是之。是月，擢江南提督。
四十九年正月，授成都将军。五月，剿办甘肃石峰堡逆回，上命保宁挑选成都屯练番兵二千名带赴巩昌、安定协剿。七月，事定撤兵，回川。是月，偕总督李世杰、提督成德等疏称：『前奉谕旨，以鸟枪实军营利器，应令枪兵一体拔补马战及外委、把总等官，俾知上进有阶，争相鼓励。嗣经定议枪兵遇拔补马兵，准三缺后用一人；拔补外委、把总，准二缺后用一人。惟查定例：考马粮及挑选外委、把总，均须兼看弓马。是以枪兵未习弓箭者，多不能入选。嗣后轮应拔补时，即专阅鸟枪，无庸兼试弓箭；俾壹志凝神、悉心讲究，不致藉口兼营，稍有生疏之虑。至由鸟枪拔至千总后六年俸满，仍校阅弓箭，方准照例保送，以昭激励』。奉旨：『以实为之，毋为虚言』。十一月，奏请将沃克什土司改归懋功同知及懋功协副将管辖。又，请将懋功协专管新疆各营，不必令松潘镇兼辖；即照阜和、永宁等协营之例，归提督统制。其抚边营，应请添设额外外委二员，即于该营马兵内拔补。均得旨允行。五十一年三月，授四川总督。谕曰：『保宁平日办事尚能小心谨慎，操守亦尚可信；是以特加简用。但不免自满之见，稍涉高兴。川省外通金川、西藏内地，向有固匪滋事；保宁惟当实心任事，严加管束，庶不负简用之意』。六月，疏称：『上孟董、下孟董、九子寨等寨生齿日繁，定额员弁不敷委用；请照杂榖、干堡二寨之例各增守备一员，并于五寨内各寨增千把总各一员、外委二员，即于曾经出征着有劳绩之屯练内依次拔补。遇缺出，随时充选，毋庸顶袭』。下军机大臣议行。九月，奏『川省直隶州厅遇军流以上重案，向例先解本道，然后解送臬司。惟地方寥阔，有距本道数百里至千余里者，辗转解送，恐有疏虞。请嗣后径解臬司，以免稽迟脱逃』。从之。十二月，奏『请改修打箭炉城，仍照旧例建立东、南、北三门，各筑墙四十五丈；于内外扼要处酌筑卡房，驻兵扞卫』。得旨嘉奖。
五十二年六月，因平定台湾，先后奉旨采办川米五十万石运闽；缘川船不敷装载，请将湖广商船封雇备用。上以『商船尽行封雇，川米即不能转运，各省米价必致腾贵。保宁务须设法妥办，陆续拨运，期于要需无误，而商贩仍不致有妨碍，方为妥善』。九月，以川省秋审案犯误入缓决九起，奉谕申饬。是月，奏派松潘镇总兵穆克登阿率领屯练降番二千名赴台湾协剿；报闻。十一月，授伊犁将军。
五十三年，户部议：前任四川总督保宁奏新疆五屯请增给茶引一千张，又改黄梁、大定、白鸡、白鹿等八寨熟苗编入茂州民户管辖；皆得旨允行。五十四年五月，晋内大臣。是月，奏『伊犁地方极边，请增设委前锋参领』。从之。五十五年六月，来京陛见；命于途次驰赴四川署理总督。时潼绵营游击张世绅驻防察木多台站未及一载，捏病乞休；保宁奏请革职，枷号半年，再行释回。上以暂署督篆，不避嫌怨，嘉之。十一月，加太子少保衔。五十六年正月，授御前大臣。初，汗山察罕鸟苏以内游牧之鄂罗斯所属乌梁海等潜往哈屯河外汗山地方，上虑其滋生事端，谕保宁应否带兵驱逐？会同伊犁参赞大臣恒瑞详议。三月，保宁驰至乌里雅苏台、科布多等处查看情形；奏言：『乌梁海居住以来，甚属安静无事。并查看杜尔伯特罕、玛克苏尔札布亦属安静。乌里雅苏台、科布多所属边卡，暂且无庸添兵，惟暗中防范』。上韪其言。是月，请增天全州茶引二千五百张。五十八年三月，拏获偷窃哈萨克马匹之察哈尔兵丁拉克巴及土尔扈特噶绷，审明正法。奏入，谕曰：『新疆大臣等办事，往往袒护内地民人，致外藩心不悦服。保宁此举，足以服哈萨克之心。着交部议叙』。五十九年七月，奏伊犁效力原任理事官宗室蒙泰懈于职事，俟十年限满再留三年；上嘉其据实入奏，赏玉扳指、大小荷包，并交部议叙。八月，因请补放总管等缺仅止各保一人，并无拟陪人员；得旨严行申饬，交部议处。十二月，授吏部尚书；谕俟新任伊犁将军明亮到后来京。六十年正月，奏言：『土尔扈特和硕特等闲散台吉，例得补放协理台吉，惟向来俱照原衔顶带；请嗣后照内札萨克蒙古例，补放协理台吉时，即奏换二品顶带』。上允所请。闰二月，补镶黄旗汉军都统。五月，因发遣伊犁人犯例在铅厂交纳银两内有残废不能交纳者，请免治罪，原保官员亦免查议；上以其琐屑具奏，邀名市恩，交部严议。寻改革职留任。九月，仍授伊