赞曰：『西师参赞，经历多年。兹为巨擘，抡掌兵权。诚而有谋，英弗恃勇；集众出奇，成勳元巩』。五月，上幸避暑山庄，命留京办事。八月，阿桂六十生辰，赐「崇勳耆庆」扁额、联云「功冠紫光荣赐衮，筹添绦甲赞调梅」。御制诗云：『功高殊众赐冠衣，寿日充闾耀吉辉。谋勇奏平定玉垒，归来俾？？黄扉。六旬庆自今伊始，廿四考当逾古稀。不说保全最黾勉，名同郭令岂其非』！
四十二年正月，云贵总督图思德奏：『缅酋懵驳已故，其子赘角牙袭。头目得鲁蕴具禀：情愿送还内地人，输诚纳贡；恳请开关』。上以受降、通市及善后章程，必得晓事之重臣相度妥办；命阿桂前往经理。五月，授武英殿大学士，管理吏部兼正红旗满洲都统。是月，缅目送还苏尔相等至虎踞关；奏入，遵旨回京。六月，调镶白旗满洲都统，充玉牒馆国史馆四库全书总裁、文渊阁领阁事、经筵讲官。十月，调镶黄旗满洲都统，管理户部三库。四十三年四月，充殿试读卷官。闰六月，兼管理藩院事。七月，署兵部尚书。时上诣盛京，命留京办事。十一月，命在总谙达上行走。
四十四年正月，河决仪封、兰阳等处，命赴河南查办。阿桂至工，询访河状，开郭家庄引河，筑拦黄坝。嗣以下流淤殿、上流溃溢，且风水时作，屡筑屡开；因于王家庄筑挑水坝，顺黄坝兜蓄水，势必溜直入引河。至次年三月，堤工始集。四十五年正月，兼翰林院掌院学士。五月，留京办事。十二月，命勘浙江海塘。四十六年正月，奏劾杭嘉湖道王燧买部民女为妾、拆毁民居建造私宅及原任嘉兴府知府陈虞盛前与王燧同在差局浮冒侵蚀等罪。寻抵工次，悉心履勘，度潮势之缓急、沙性之坚软、工力之难易，请筑鱼鳞石塘与柴塘并修，以资巩固而垂永久；于是老盐仓、范公塘各堤一律修固。二月，命顺道往清江查勘陶庄河身情形并高堰石工。
是年，撒拉尔新教逆回滋事，进偪兰州；上命阿桂督师剿除。阿桂自磁州接旨，即驰赴军营。时贼已为官兵所败，退踞龙虎、华林等山；阿桂派弁兵分三路击之，毙贼数百人，贼势渐蹙。阿桂审看地形，我兵必由龙虎山过沟，再上华林山；而山涧经水冲刷，俱成横截立磡，仅容一人一骑，兵力不能施展。阿桂筹议：俟川兵及阿拉善兵到齐，以川兵攀踰险阻，直捣贼巢；以阿拉善兵防其窜逸，乘其追捕，可期一鼓剿洗净尽。而贼自创败以后，掘濠增卡，止留向南小路；尽力抵御，为死守计。是月，各路兵及屯练兵抵营，阿桂屡设伏诱战；贼出抗拒，皆歼戮之。五月，攻克华林山大卡，偪近贼营；阿桂派兵四面设围，绝其水道。六月，督兵进攻贼营，贼大溃；逆首苏四十三歼焉。寻奏甘肃应行抚恤事宜，得旨俞允。七月，搜剿逆回余匪始竣，奉旨议叙。时甘省监粮折色冒赈事觉，上命阿桂按之；尽得大小官吏通同舞弊状。谳定，奏请添设仓廒存贮，以济民食。又奏：安插各城回众；及添设循化参将、复设河州州判，以资抚驭。俱下军机议行。
是秋，河决青龙冈；命赴河南会同河道总督李奉翰督办。十月，抵工，督同员弁将东、西两坝先后下埽引河，流行渐畅。十二月，两坝甫合龙，而东坝旋又塌蛰；阿桂等自请治罪，求谙习河工大臣来豫筹办。谕曰：『近年诸臣中经理河务较有把握者，舍阿桂，岂复有人！惟当安心静镇，另筹妥办』。旋奏请将青龙冈迤下至孔家庄、荣华寺、杨家堂引河一律加宽，以期河流宣畅。四十七年四月，奏请另于青龙冈迤上自兰阳至商邱添筑大堤，挑扼引河；并于北岸建筑坝基，偪溜南趋，以期截溜全归新河。得旨允行。五月，诣热河行在复命；面奉指示，仍赴工所酌定章程、分派段落，委员承办。九月，浙江布政使盛住揭总督陈辉祖查抄王亶望赀产抽换金玉，上命阿桂莅浙按之。谳定，顺道勘南盐河等处宣泄机宜及东伊家河运各工。四十八年二月，命勘河南兰阳十二堡堤工，并酌建戴村坝迤上闸座。三月，工竣回京，命管理户部、刑部事。
四十九年，甘肃盐茶厅逆回田五等滋事；田五毙张阿浑等，纠其众踞石峰堡，扰及通渭、伏羌、静宁等境。上以总督李侍尧等办理失宜，遣尚书福康安领侍卫内大臣海兰察帅师往剿；旋命阿桂督办。六月，至军；与福康安等议安卡掘壕，聚兵围之，使不得他窜。凡贼匪滋扰之处，派兵搜剿，以次肃清。七月，进攻贼巢，歼其众八百余人，生擒七百余人；首逆张阿浑、大通阿浑、贼目杨慎四等悉数就擒，械送京师。叙功，予轻车都尉世职。八月，命督河南睢州堤工；三阅月工竣。
五十年，举千叟宴；命领班入晏齎如意寿杖、貂皮补服、蟒袍。八月，再勘微山、睢州工，并阅洪泽湖清口情形。十月，回京；赐「调元锡瑞」扁额。五十一年四月，再勘清口堤工。六月，查办浙江仓库亏缺弥补实数，并勘海塘石工。闰七月，勘江南桃源、安东黄河漫口情形及堵筑事宜。八月，再赴浙江，按平阳县重征案。是月，七十生辰，赐「平格延祺」扁额、联云「耆筵锡庆高千叟，云阁铭勳赞上台」，并如意红绒结顶冠、朝珠、补服、蟒袍、貂皮等件。九月，回京；总理兵部事务。五十二年四月，署正黄旗蒙古都统，充殿试读卷官。五月，留京办事，教习