候；后因该省折收监粮案发，是以赐令自尽，原不因苏四十三之事。今李侍尧玩误因循，其罪虽浮于勒尔谨，但念其历任总督多年，于地方事务尚属谙练通晓；至军旅本非其所嫺，着从宽改为应斩，监候秋后处决』。五十年十月，谕加恩释放。十二月，命署正黄旗汉军都统，赐紫禁城骑马。
五十一年三月，署户部尚书。五月，湖北江陵县民蒋鲁玉控知县孔毓檀侵蚀赈银；命侍尧前往查办。寻审明毓檀无侵蚀情弊，但上年领到银榖先放附近各处，其较远处所至本年正月始放，致灾民情急呈控；请革职，发往军台效力。谕革毓檀职，免治罪。是月，命署湖广总督。十月，参奏『前署孝感县知县秦朴任内有县民刘金立等向族姓借贷不遂，纠众抢劫；旋有并未被抢之革生梅调元因虑被累，邀同居民杨维智等殴毙金立，捉获帮抢之刘大么等二十三人活埋于查家山，地方官讳匿不报。请旨革职严审』。得旨：『褫秦朴职，拏交刑部治罪；前总督特成额等并逮问』。旋命实授湖广总督。是月，置调元等于法。又查奏黄安县知县陈玉、兴国州参革知州温有光办赈多侵渔；谕革陈玉职，同已革知州温有光一并严审定拟。寻审明论罪如律。
五十二年正月，入觐；时台湾奸匪林爽文事起，命侍尧为闽浙总督，抵闽后驻劄蚶江，前总督常青赴台湾督办军务。二月，奏『驰抵泉州，饬属碾米解贮厦门等处接应，并防范内地各隘口』。上嘉之。三月，奏『筹办军粮、器械，在厦门、澎湖者径解台湾府城，在泉州者由蚶江解鹿仔港。再，匪徒私立天地会既久，若将内地从教民人澈底究办，恐致惊扰；见豫为访察存记，俟逆匪办竣，与缘坐家属之在内地者一同办理』。又奏：『南路官兵克复凤山，北路贼自闻风震慑。如凤山无须重兵弹压，尽可专注北路』。均报闻。又疏劾提督黄仕简、任承恩分剿南北两路，各有牵制；谕常青渡台将黄仕简撤回厦门候旨，逮问任承恩。侍尧旋奏：『军营各提、镇彼此观望，南路黄仕简见请添兵，常青欲向北路会剿已无兵可带；若俟咨会到日，恐调集迟误。见飞咨粤省令派将弁兵丁克日起程』。得旨：『筹办甚为周到，动合机宜』。又奏：『台湾自贼匪滋事以来，大兵仅属困守；黄仕简等皆以兵单，难于远捕为辞』。命俟仕简抵厦门，饬粤省官兵趱程前进，并备船随到随渡。四月，奏『林爽文在大里杙筑堡拒守；难民附船入口者，兵役藉稽查勒索』。得旨：『事竣后，当严查处治，以示惩儆』。时常青咨调征兵七千，侍尧以海疆存兵未便再拨，请调浙兵；上韪其言。又奏：『粤省二起兵自海澄县水路赴厦门，行至屿仔尾被盗行劫。请将海澄县知县侯谨度等革职，留于地方协缉；总兵罗英岌等一并交部议』。得旨：『均革去顶带，暂行留任督缉』。侍尧奏：『臣由厦门回泉州，向蚶江料理配渡。据台湾道、府请发银米各十万，各路接济乡勇并赈恤难民；经臣驳饬』。命将该道、府请发银米速行照数运往，以备接济；并以「所见错谬」饬之。又奏：『漳浦、平和一带有械斗案，已咨提臣蓝元枚暂留漳浦办理」。得旨：『蓝元枚已授为参赞；其漳浦匪徒，即着李侍尧前赴该处督办』。时鹿仔港难民亟须抚恤，侍尧筹买番薯并拨米，委员解往』。谕曰：『李侍尧以鹿仔港难民嗷嗷待哺，酌筹调济事宜，是李侍尧知过能改，并不稍存回护；惟不及朕先见之速。所奏采买番薯一万斤并拨米二千石，为数恐不敷用；着该督酌量情形，多为豫备，陆续采运，以资口食』。五月，奏『闽省内地各营存兵无多，请将浙兵配渡进剿』。谕曰：『见在台湾额兵、征兵临阵伤亡者不少，所有缺额，何不趁此时即在内地召募充补，使兵数足额；巡捕既资充裕，而该处游手好闲之徒亦可收归卒伍，更为一举两得』。时漳浦械斗案应往审，谕侍尧『察看情形，如不必亲往查办，即在厦门、蚶江一带往来照料，接济军需』。又谕曰：『李侍尧驻劄厦门一带，照料官兵配渡迅速；办理军需粮饷，均能先事豫筹，源源接济。着交部议叙』。六月，奏『漳、泉会匪甚多，风闻逆首遣人勾结，须豫防范；拟再调浙兵二千到泉州厦门驻劄』。谕曰：『所虑甚是，自当如此办理。至漳、泉一带会匪甚多，贼首林爽文遣人勾结之说虽得自风闻，不可不留心防范；总以静镇为要。至该督拟调浙兵二千名到泉州厦门驻劄一节，浙兵向来怯懦无用，即调驻漳、泉亦不得力；徒劳跋涉，更致虚糜，且需时日。朕闻闽人素称犷悍，且游手无藉者更多；不若即在闽省就近召募，俾食钱粮以充营伍。伊等自必乐从，可以一呼而集。较之浙兵既属勇健可恃，且游手无藉之徒亦可收以为用，不致为匪；实属两有裨益』。又奏：『贼据笨港，解往粮饷、火药恐被邀截；见拨缯船二，令营员带领水师枪兵分驻鹿耳门、鹿仔港弹压防护』。谕曰：『此事最关紧要；朕未及降谕旨令该督加意防范，而李侍尧一闻笨港有失，即能虑及于此。若能沿海一带要隘保守无虞，将来大功告成时，此亦李侍尧之一功也』。七月，奏『前派缯船尚单薄，见饬海坛、金门二镇调缯船各一，拨沿海枪兵防范。至内地营伍，未查明缺额实数；应先约略募补』。命侍尧广行添募，毋庸拘定原额。
八月，奏『洋盗行劫官运米