黔省有拏白放黑之习：被人劫杀，力不能报，将无干之家夺其人畜，暗插冤单，令其转为报仇；否则索赎。请加应得罪一等。一、土司等贫困不支，往往以有粮田诡称无粮，与绅衿、商民、买主收无粮之田，土司纳无粮之赋；久之，完纳无资，派令属苗代完。请彻底清查，令执业者输纳。又，土司下设立权目人等，报明有司；后有事发，并惩。一、黔地潮湿，仓米易朽。请核计兵米，存二年之蓄；余于春秋减粜：着为例。一、黎平府与楚省五开卫同城，民苗杂处，分隶两省。请改五开卫为县，隶黎平；铜鼓卫亦归并五开，古州、八万等苗疆均属黔省，事权归一』。又言：『向来云、贵两省拔补千总、把总，皆以本营补本营之缺。伏思同为兵丁，一旦拔补，难以约束；即同辈千总，亦群非笑。其不肖者则又护庇兵丁，将备稽查不易为力。请嗣后拔补本营时，即于外营对调，不必仍留本营』。诏如所请。三年二月，加兵部尚书衔。五月，疏言：『近闻策妄阿喇布坦万里效顺，筹度经久之计，正在此时。臣以为兵宜酌减备御，未可全撤。西路形势，臣所不知；至阿尔台一路，臣曾运米二次。自杀虎口出经蒙古各部落约三、四千里，大兵驻劄极边，甚有关系。似宜兵数量减、米数微增，则远戍倍加踊跃』。上嘉纳之。六月，晋太子少傅。十月，调福建浙江总督。其倬以云南鹤庆府邓川、嵩明、腾越三州、太和、浪穹二县土军丁赋系明嘉靖、万历间因夷人作乱，暂拨民人协防，随立太和所、凤梧所名目，每丁征银一两；伊等既纳民赋于本籍，又输军赋于防所：相仍未革，疏请豁除。允之。
四年，抵闽浙总督任。疏言：『福、兴、漳、泉、汀五府地狭人稠，自平定台湾以来生齿日繁，山林斥卤之地悉成村落，多无田可耕；流为盗贼，势所不免。臣再四思维，惟广开其谋生之路。如开洋一途，前经严禁。但察富者为船主商人、贫者为头舵水手，一船几及百人；其本身既不食本地米粮，又得沾余利归养家属。若虑盗米出洋，则外洋皆产米地；虑透消息，则今广东船许出外国，岂福建独虑泄漏！虑私贩船料，则中国船小，不足资彼之用。以臣愚见，开洋似于地方有益；请弛其禁』！诏下怡亲王会同大学士、九卿议行。五年四月，疏言：『台湾水沙连等社凶番，自朱一贵作乱后，不纳饷赋，肆行焚劫。臣令台厦道吴昌祚、同知王汧、参将何勉等率弁兵、番壮分路裹粮进剿，擒首恶骨宗等二十名；各社相继归诚』。报闻。十月，以李卫为浙江总督，令其倬专管福建总督事。六年二月，条奏福建盐政事宜：『一、禁产地之收晒。闽省盐场，福清最大；请仿保甲法，添设团长、甲长，查报日晒之盐。设总仓封锁，以杜私卖，且免雨水之患；修砌莆田各团卤窟，以资防护。一、严销地之售卖。闽盐向系商行，后改官运，近用水客商贩。请暂令水客认销，而以官运接济；三年无误，报部充为商人，再发引以立成法。场盐多产之时，仍照官运例，动课收积。一、定盐课之额数。闽省盐课，有额征、公费二项；请照定数作正数，其溢行之盐所获银数作为盈余报查。除支给盐道各衙门公用外，余造册报销；解部水脚，即于长价等项内拨约。一、酌办理之人员。闽省旧设盐务各官，雍正二年裁汰；请嗣后于佐杂内遴办，毋庸另设』。下部议行。六月，以原任山西道御史萧震于康熙十三年遭耿逆之变，与原任邵武府知府张瑞午等合谋讨贼事泄殉身，妻妾、媳婢同时死节，瑞午业蒙恤典，而震独遗；疏请入乡贤祠致祭，旌其门。诏如所请。七年六月，因与台湾革职知县周钟瑄滥致书札、又未审出加征耗榖各实情部，议革职；命降三级留任。寻疏言：『闽省战船多系平台湾时所获，长阔不称；请酌定丈尺，随时更改。闽安协右营之船多铁板沙线，请改为平底，以适进哨之用』。又，请改福建同安、泉州、长福、邵武四营游击为参将，增设灌口、安海二汛守备各一；移泉州府粮捕通判驻安海汛、连江县守备驻东岱汛，移东岱汛千总驻笴门汛。部议从之。闰七月，来京陛见；御制诗赐之，有「操凛冰霜功带砺，匡时重镇眷良臣」之句。八年二月，晋太子太保。四月，回任。先是，上以其倬通晓堪舆术，命诣福陵恭视形势工程；其倬奏言：『陵前左畔水法，因夏口溢流，稍更故道；弓抱之势，微觉外张。必须顺导河流，方称尽善』。至是，大学士等议如所奏浚修。五月，调江西总督，复命来京。六月，疏参巡台御史李元直任性滋事状；下部察议，元直降三级调用。九月，以其倬随怡贤亲王允祥相度万年吉地于易州境内泰宁山太平峪，特授一等轻车都尉世职，并前所得骑都尉为三等男。谕曰：『高其倬历任封疆，其树绩建勳、扬名垂誉者，不可悉数；原不以此为宣力见长之地。乃能悉心筹度，务期万全，一毫无瞻顾推诿；实出于一片忠爱至诚之悃，不仅才识超群已也』。
是月，命署云贵广西总督。九年，疏言：『云南昭通府四面环山，请委员专办垦务；定为水、旱、生、熟四项，分给兵民、猓土各户垦种，按年收榖还本。后起科输米，以省兵米运费』。下部议行。十一年正月，命仍回两江总督任。会云南普洱府属思茅土把总刁国兴勾苦葱蛮煽元江夷攻普洱府城通关大寨，摆夷复附苦