意后，复推先致知一着，而实其功於格物者，诚恐抛却良知，单提诚意，必有诚非所诚者，涑水、元城，只作得九分人物，以此。”先生曰：“格致是诚意工夫，明善是诚身工夫，其旨一也。盖以诚意为主意，格致为工夫，工夫结在主意中，并无先后可言。若不提起主意，而漫言工夫，将必有知非所知之病矣。”
又疑“妙於有无之间，而不可以有无言者，心也，即道心惟微也。而以意当之，不啻霄壤矣。”先生曰：“心则是个浑然之体，就中指出端倪来，曰意，即惟微之体也。人心惟危，心也；而道心者，心之所以为心也。非以人欲为人心，天理为道心也。正心之心，人心也；而意者，心之所以为心也。非以所存为心，所发为意也。微之为言几也，几即意也。”
又疑“怵惕恻隐之心，未起是无意之时，既起是有意之时。纳交要誉恶声之心亦然。”先生曰：“怵惕恻隐之心，随感而见，非因感始有。当其未感之先，一团生意，原是活泼地，至三者之心初来，原不曾有，亦已见意之有善而无恶矣。不幸而夹带三者之心，正因此心无主，不免转念相生，全坐不诚之病耳。今以时起者为意，又以转念而起者为意，岂意有时而怵惕恻隐，有时而纳交要誉恶声？善恶无常，是不特无纳交要誉恶声之心，并无怵惕隐之心，宛转归到无善无恶之心体耶？”
又疑“复之所谓意者，盖言知也，心体浑然，说个知字，方见有定盘针。若以意充之，则适莫信果，无所不至矣。”先生曰：“心体只是一个光明藏，谓之明德，就光明藏中讨出个子午，见此一点光明，原不是荡而无归者。愚独以意字当之，子午是活适莫，适莫是死子午。其实活者是意，死者非意，总之一心也。贤以为知者，即是意中之知；而仆之以为意者，即是知中之意也。”
又疑“《说文》：‘意，志也。’《增韵》：‘心，所向也。’《说文》於志字下，‘志，意也。’又曰：‘心之所之也。’未有以意为心者。”先生曰：“心所向曰意，正是盘针之必向南也。只向南，非起身至南也。凡言向者，皆指定向而言，离定字，便无向字可下，可知意为心之主宰矣。心所之曰志，如志道，志学，皆言必为圣贤的心，仍以主宰言也。心所之与心所往异，若以往而行路时训之字，则抛却脚跟，立定一步矣。然《说文》之说，尚有可商者。按五脏，心藏神，脾藏意，贤藏志，肝藏魂，肺藏魄，合之皆心之神也。而惟脾肾一直上中下，通心为一体，故意志字，皆不离心字。意者心之中气，志者心之根气，故宅中而有主曰意，静深而有本曰志。今曰意志也，志意也，岂诚意之说，即是立志持志之说乎？夫志与意且不可相混，况心与意又相混乎？心自心，意自意，原不可以意为心，但不可离意求心耳。”
又疑“朱子以未发属性，已发属情，亦无甚谬。”先生曰：“古人言情者，曰‘利贞者性情也’，即性言情也；六爻发挥，旁通情也。乃若其情，无情者不得尽其辞。如得其情，皆指情蕴情实而言，即情即性也，并未尝以已发为情，与性字对也。乃若其情者，恻隐羞恶辞让是非之心是也。孟子言这恻隐心就是仁，非因恻隐之发而见所存之仁也。”
又疑“念无主，意有主，心有主而无主，固不可以念为意，尤不可以意为心。”先生曰：“心既有主而无主，正是主宰之妙处，决不是离却意之有主，又有个心之有主而无主，果有二主，是有二心也。”
又疑“《大学》诚意后，尚有正心工夫”。先生曰：“诚意一关，是学问立命灵符，虽其间工夫有生熟，然到头只了得诚意本分，故诚意之后，更无正心工夫。”
又疑“毋意解，恐当从朱子说”。先生曰：“圣人毋意，所谓有主而无主也。朱子曰：‘私意也，必下个私字，语意方完毕。’竟意中本非有私也，有意而无意，有主而无主也。”
又疑“观前后宗旨，总不出以意为心之主宰，然必舍良知而言意者，缘阳明以后诸儒，谈良知之妙，而考其至处，全不相掩，因疑良知终无凭据，不如意字确有可依耳。”先生曰：“鄙意则谓良知原有依据处，即是意，故提起诚意而用致知工夫，庶几所知不至荡而无归也。”（以上《商疑答史孝复》）
战国诸子纷纷言性，人置一喙，而孟子一言断之，曰：“性善”，岂徒曰“可以为善而已”乎？又曰：“天下之言性也，则故而已矣。”故者以利为本，可见此性见见成成，停停当当，不烦一毫安排造作，这便是天命流行，物与无妄之本体，这亦便是无声无臭，浑然至善之极则，非无善无恶也。告子专在无处立脚，与天命之性，尚隔几重公案，孟子姑不与之深言，而急急以恻隐羞恶辞让是非，指出个善字，犹然落在第二义耳。性既落于四端，则义理之外，便有气质，纷纭杂揉，时与物搆，而善不善之差数觏。故宋儒气质之说，亦义理之说有以启之也。要而论之，气质之性即义理之性，义理之性即天命之性，善则俱善。子思曰：“喜怒哀乐之未发谓之中。”非气质之粹然者乎？其有不善者，不过只是乐而淫，哀而伤，其间差之毫釐，与差之寻丈，同是一个过不及，则皆自善而流者也。惟是既有过不及之分数，则积此以往，容有十百千万，