定洋将军辛一根为中军、楼船将军林习为后军。诏晋公大学士。行有日矣，芝龙密疏止之（洙按：「海东逸史」张肯堂传记此事，谓芝龙密疏止肯堂行，而以私人郭必昌代为总制。按是年二月钱澄之自赣州与先生书有云：大札至，知改垣衔，从张大司马朱选君等由海道出募舟师，以图吴会，此固今日制胜之第一策。洙又按：钱氏此书又有云：已知朝廷失驾驭之策，郑氏决不肯出师，亦决不容上出闽。均见「藏山阁文存」）。
附隆武二年敕：皇帝敕谕兵科给事中徐孚远：时值多难，四方同仇。即今三吴起义如云，政宜乘风鼓枻，壮彼声援；故周宣六月兴师，良非得已。尔孚远夙负才名，兼饶经济，兹特晋科衔，仍舁敕命。尔监督楼船水师，尚念国难未除，各宜枕戈以待。督率将士，鼓锐奋剿，毋致刻懈隙疏，使虏或伺其便。其卫所官军，务须按籍稽察，悉汰老弱，严禁影冒虚糜。师过之处，申明纪律，不许擅取民间一草一木。楼橹东下，期会王师，则虏氛不足平，而澄清可立俟矣。论功行赏，自有殊恩。诏格具存，朕心如日。特敕。隆武二年六月□□日。（洙按：「王澐传」及「全氏碑」，均以先生升给事中载之六月，盖沿此敕而误。考钱澄之二月致先生书，已知先生晋垣衔。盖正月晋兵科，而六月付敕书。及六月再命肯堂督师，仍令先生从行耳。又按：明自万历以来，均以虏属之蒙古各族，而称建州为奴，其后或称为辽。其斥清太祖、太宗，无不曰奴酋。毛文龙之官衔，则为平辽总兵。俺答、黄台吉诸部始称曰虏。甚至封大炮为平辽、靖虏大将军。辽之与虏，截然为二。「皇明通纪」诸书可证者甚多。至宏光以后，乃并称清为虏者，盖江南及唐、桂二王之交涉仅有一清，而其时内外蒙几已全听满洲之命令，唐、桂二王之敕谕遂以虏氛、胡焰言之，而「奴」、「酋」二字乃绝迹于宏光以后之书矣。凡兹沿革，亦读史者所宜知者，今特附着于此）。
三月，黄道周殉节金陵，先生闻讣恸哭。钱澄之出为延平司李，与先生别，遂不复见。
澄之祭先生文：弟以次年始补延平，值吾师殉节赴闻，与吾兄相持大恸。临歧执手，勉以无负夙志，无忘师恩。呜呼！患难兄弟，天涯骨肉，离别之际，泪涕交横。孰意此别，竟成千古耶（洙按：石斋在金陵殉节为三月十五日，凡在金陵八旬，赋诗三百十一章。自为「书后」有云：武夷天姥，系于维桑，大涤焦桐，为吾讲舍。寤寐相绻，未之辞焉。其在徽州被执，乃为清婺源令给约内应所致；盖令故公门下士，其执公之清将张天禄，本史忠正部将，闻亦公武闱所录士也。同为公之门人，而闇公、田间乃有无忘师恩之言，人之贤不肖诚非可一概论。在婺源令等虽曰各为其主，而一观于子濯孺子之事，不能无慨然矣。又按：「婺源县志」：顺治三年之知县为曹士琦，沈阳人。至为公门下士之言，则出于「东南纪事」，未知何据）！
是月，闽中赠松江死事夏允彝、沈犹龙、章简、李待问等官有差。授吴易右副都御史、陈子龙佥都御史。以张名振为捧日将军，副黄斌卿屯舟山（「东南纪事」）。
洙按：大德「昌国州志」：舟山在州之南，有山翼如，枕海之湄；以舟之所聚，故名舟山。明时所谓定海，即今之镇海。故明人谓定邑为宁郡咽喉，舟山为定邑门户。自江宁张庄节公可大始以副将衔久驻舟山。康熙二十五年展复舟山，二十六年五月御书「定海山」三字，二十七年建县，因名定海县，而以旧定海为镇海。朱述之「昌国典咏」所谓「帆樯不动龙蛇护，日月高悬定海山」者是也。
六月，再命肯堂督师。
全祖望「张公神道碑」：六月，复下督师之命。军资器械并饷三万，巳为芝龙所取。公自募得若干人。
八月，清兵破仙霞关，连下建宁、延平等府。隆武殉国汀州，芝龙降清北去。成功奔金门，仍奉隆武正朔。永胜伯郑彩以舟师迎鲁王监国于舟山。先生自闽至浙，止于嘉兴吴佩远（祖锡）家；清提督冯原淮缉之，遂亡入海。
徐枋「吴佩远墓志」：酉、戌之际，江南初下，势岌岌。涿州之子冯源淮提督浙西，驻镇嘉兴，吴子与之游相善。冯某之戚董生者，即为提督部将，尝诇察民间，亦与吴子交。吴子以意厚之，尝与抵掌论时事。董生感激，若以人不我知者。余同年生徐闇公负天下重望，初毁家举义，兵败，遂浮海去，望益重，天下争慕之。至是复浮海而来，欲于内地有所建立。闇公故全发，巍然汉官威仪也。既至，无所容。吴子密迎之，馆于家中。吴子家故在城市，久之，声藉藉。冯某乃遣董生来物色。董生至，吴子与相见，未及有言；吴子握其手曰：吾有一言，惟子可语，欲成子慷慨之志。董色动。吴子曰：徐闇公先生至此，若欲一见否？董惊怛绝倒，且惊且喜曰：徐先生果在此，而吴子肯令我见之乎？吴子即笑引之，以见闇公，董生一见，叩首泣下曰：闻公名二十年，今日始得见公。然非吴子，则我岂得见公？愿效死！三人即共为盟誓，乃以讹言复冯某，而于提督麾下拨戈船出汛，即卫闇公全发以出，复浮海而去。