忽，直隶一带空虚。僧格林沁兵行，后路尚形单薄；胜保所部，多未经行阵。抚局既定而未敢遽撤者，一以弹压土匪、一以防东省之匪阑入直境，藉此为僧格林沁后路策应也。夫僧格林沁与士卒同甘苦，并能调度一切机宜；然其势亦孤立无援。胜保勇敢有余，而审慎不足；且同为统兵大臣，未肯相下。是僧格林沁军必得良将劲卒赞助援应，方无意外之失。良将一时难得；窃忆前任副都统富明阿、西宁镇总兵成明从军江北，素号得力，因养伤回旗；如病痊，请特旨录用，或发僧格林沁军营领队击贼、或留京师训练旗兵。并请命各统兵大臣选带队得力者保奏存记，酌量调遣，用资御侮。再，湖南巡抚骆秉章近因石逆回窜，暂缓赴川；而川省贼势益张，文武皆不知兵。伏思前任云贵总督张亮基谋略素优，以病开缺；因滇事棘手，托词引退。若移之川省，或能展其才猷；且川省安，滇省亦易就理。又前任江西九江道沈葆桢、湖北候补知县刘蓉，均才堪大用；请敕胡林翼察其能任何任，奏恳破格录用』。上嘉纳焉。
十一年二月，授右翼前锋统领。三月，署镶黄旗满洲都统；寻充总理各国事务大臣。七月，充崇文门副监督。文宗显皇帝升遐、穆宗毅皇帝御极，文祥请解枢务；命仍在军机大臣上行走。十月，偕王大臣等奏请两宫皇太后垂帘听政，并议章程、礼节；寻充实录馆副总裁。十二月，充经筵讲官，管理神机营事务。同治元年正月，迁都察院左都御史、正白旗蒙古都统。二月，管理国子监事务。三月，署工部尚书，管理火药局；命恭理丧仪。四月，充总管内务府大臣。五月，署镶白旗满洲都统。六月，署兵部尚书，充拔贡朝考阅卷大臣。七月，管理向导处事务。闰八月，授工部尚书，兼署兵部尚书。九月，恭送文宗显皇帝、孝德显皇后梓宫奉移山陵礼成，赏加三级。二年四月，充朝考阅卷大臣。十二月，管理理藩院事务。初，江苏、浙江省城克复，上屡欲加恩枢臣，均再三辞；上重违其意。三年六月，江宁复，首逆就殄；七月，捷至，谕「枢臣同心辅治，宜予优奖」；文祥仍固辞。上鉴其诚，赏太子太保衔、侄凯肇员外郎。寻署正黄旗汉军都统。十月，充阅兵大臣。
四年三月，署户部尚书。四月，辞总管内务府大臣；允之。六月，调镶白旗满洲都统。八月，马贼入直隶喜峰口，窜遵化、蓟州；命文祥统神机营兵驰赴东陵防护，并督诸军追剿。贼窜滦阳，经铁门关循；乃留兵屯遵化、迁安边隘，因疏陈地方豢贼酿患，请除积弊、清盗源。又奏言：『马贼巢穴多在口外－－如奉天之昌图厅、八面城、热河之八沟、哈达等处，五方杂处，回民为多；出则抢掠、归而聚博，入冬弥甚。宜悬重赏购眼线伏口外侦听；调兵掩捕，庶净绝根株，一劳永逸』。旋回京。九月，上谒东陵，命留京办事。文宗显皇帝、孝德显皇后梓宫永远奉安定陵礼成，赏加二级、子熙联员外郎。十月，以督率神机营操练有方，下部议叙。寻以老母多病，请回旗迎养；赏假三月，颁赐内府人参六两俾赍归，因令统神机营出关剿马贼。时贼分扰关外，伏莽应之，势甚炽；文祥行至山海关，以所部兵力单，增调直隶步队五百、洋枪队一千，并请敕东三盟蒙古王公等由北夹击。十一月，贼入朝阳县；军夜进抵锦州，贼东窜，败之北井子。十二月，谍知贼劫奉天狱，约期攻城；兼程驰至。贼退踞城东南肆掠，并围抚顺；檄总兵刘景芳率骑夜击破之，贼悉出边。于是吉林告警；文祥遣军赴援。五年正月，解长春厅围，追贼及于昌图朝阳坡。二月，军分三路进，贼悉众抗；士勇争奋，十数战皆大捷，擒斩贼目王洪义等、馘三千余级，擒三百余名。寻调吏部尚书。四月，贼首马傻子势蹙乞降；砾之，解其党；留兵饷授将军都兴阿，俾清余孽。遂请蠲奉天地丁银米，停铺捐。五月，回京；仍管理火药局，充崇文门监督。十二月，「文宗显皇帝实录」、「圣训」庆成，赏文绮、鞍马，加三级；子熙治员外郎。
六年八月，署翰林院掌院学士。九月，文祥五十生辰，御书「宣猷笃祜」扁额、「福」「寿」字并诸珍物赐之。七年三月，充会试副考官。闰四月，署神机营印钥。七月，以捻逆平，加军功二级。十一月，纂修「剿平粤捻方略」，充总裁。八年，因病三疏请假；十月，上遣御医诊视，给人参八两。十一月，请开缺；予假二月。十二月，丁母忧，回旗穿孝；上嘉文祥母教子有方，赐祭一坛、治丧银二千两。九年四月，百日服满，因病乞假；予两月，并给人参五两。六月，续假一月。会天津民教滋事，文祥力疾回京。九月，以病未痊，请开紧要差使；得旨：毋庸管理理藩院、国子监、向导处，并开对引大臣、阅兵大臣。十年，以吏部尚书协办大学士。十一年四月，稽察钦奉上谕事件处。六月，授大学士，管理工部事务，充武英殿总裁。七月，授体仁阁大学士。八月，「方略」告成，赏加二级。九月，大婚礼成，加恩在紫禁城内乘二人肩舆。十二月，充文渊阁领阁事。十二年，以明年慈禧端佑康颐皇大后四旬万寿并上亲政后初届元旦，特恩优叙。
十三年，因病请开缺，赏假凡六次。六月，日本窥台湾，文祥强出，筹战守。因上疏曰：『