；起元并革之。巡抚有家奴守关，阻二十余船，欲浮收糖税。起元立督收税如额，放船行，而白其事；常安召家奴，切责之。常安去，代者询常奴赃状；起元不对。强之，则曰：『但悉常抚任内革除浮税四千，他非所知也』。总督高其倬奏开南洋，已贴黄晓示；有旨禁内地商人羁留外国，其倬犹豫，命商人戚里具「原船往回」结。起元曰：『此法立，将一船不得行』。其倬问故；起元曰：『出洋者，生死疾病无常数，货物利钝无常期；岂内地戚里所能逆料者！苟无出洋之示，商无怨也；今商造船者费若干、制货者费若干，忽以结状相嬲，商必怨。且走南洋者须北风，今立春已半月，倘结状来、北风不来，彼失业商聚集厦门，或为盗贼，害将何已』！其倬曰：『然则如何』？起元曰：『但令出洋商自具状，以三年为期；过期，不听回籍。即以此状咨部，足矣』。故事：验放商船为兴泉永道及泉防同知；洋船人数多寡，视梁头大小。民惧纳税，大辄报小；及出口，船不得行，乃求增船夫。同知启督、抚；起元摄道篆，曰：『此启误矣！船夫，工部所定；督、抚不能增，势必咨请部示。从此驳诘不已，奈何』！俄而众商具牒，愿自掉船，免增船夫。同知不可；起元曰：『南风起矣，众商惧不得行，故为此请。再固执，必生他变』。同知不得已，验放之。船中商果已集无赖，袖瓦石，将堵公门；当是时，微起元，几不测。督、抚闻之，嘉奖者再。
时史贻直奉使至闽，以牧守第一，荐摄台湾府。台湾赋重：上则一甲收榖八石，中六石，下四石，视内地加数倍。然向多隐占，不甚困。时丈量法行，占者不得匿。高其倬语起元曰：『欲使台田悉按同安下则起赋，但恐不及故额，致部驳；奈何』？起元曰：『此事筹之熟矣；宜令着籍田且仍旧额，重者均于新额之上，赋不亏而民不病』。其倬以为然。及至台，会大风坏海船，庐舍、人民多漂溺。起元单骑按视，振济流民，多所全活。而按察使潘体丰中以他事，部议降四级用。盖同安县民有冤狱，潘不能察；狱成，起元直其冤：故衔之也。旋引疾，归。
高宗纯皇帝御极，召入京，授江西驿盐道。乾隆二年，授河南按察使。河南多盗，半由流丐；起元檄州、县递送回籍，盗案顿减。夏大水，灾被四十六县，饥民四走，布政使欲阑之；起元曰：『民饥且死，奈何禁他徙！惟州、县有被水者，安插流民，给以口粮，俾勿出境可矣』。属吏报盐枭拒捕伤人，已而获二十余人，法皆当斩；讯之，自四、五人外，余皆饥民。起元请于巡抚雅尔图，斩三人而戍其二，余杖遣而已。旧例：命案凶犯未获，令州、县于三月内结报是仇、是盗。有司欲避处分，辄含混具结；得凶后，则牵合附会，以符前结。起元详巡抚，具折请免；得旨允行。雅尔图令府、州各立书院，属起元总其事。起元以教士当先实行，颁乡贤陈瑚「敬怠日程」，自大梁书院始。进诸生，示以省身克己之学，核其程而差等焉。又请立章善坊，令诸州县举孝子、悌弟、义夫、贞妇，登其名；并采访事实，着「章善录」刊行之。
七年，迁直隶布政使。直隶政烦吏猾，号难治；起元至，事无巨细，悉由手定。又绝盐纲之例馈，却库封之羡余；省州县解项之苛驳，宽盗案三月之率结。八年夏，旱。时总督高斌方自江南视河工还，起元迎于途，议赈事；斌欲迟至仲冬，起元曰：『饥民朝不谋夕，岂能久待！请先普赈一月；再查户口，分别加赈』。斌愠曰：『必如此，尔自奏之』！起元出语清河道方观承曰：『普赈，万不可缓；时之安危、民之生死，于此决矣』！观承入言于斌，卒从起元请。所属有倡言赈户、不赈口者，严斥之；灾民俱得实惠。时户部尚书海望奏清查直隶旗地，有司违限，奉旨严饬；高斌命起元劾数州、县以自解。起元不可，曰：『旗地非旦夕可清；州、县方灾，何暇了此！必欲劾官，请自藩司始』。
九年，转光禄寺卿，并稽察右翼宗学。京职事较简，暇则键户著书，于「周易」尤邃。其说以彖象文言系辞，乃孔子所作；离孔子而别有推阐，均失其宗也。十一年，上幸五台；十二年，幸木兰；十三年，巡狩山东：起元皆扈从。旋以事，干部议，降一级调用。十四年，乞假归。二十二年，上南巡；起元接驾，赐缎匹、墨刻。二十七年，上南巡，再赐缎匹；谕曰：『尔年老，在家休养，不必常来伺候』。二十八年九月，卒；年七十九。着有「周易孔义集说」二十卷，「敬亭文稿」九卷、「诗稿」八卷、「唐诗钥」一卷、「古学录」四卷、「古文」八卷、「诗」四卷。
起元自少覃心理学，谓学须知行合一，从五伦起。张伯行、李绂，皆其座主也；张主朱，李主陆、王。起元则谓『孔门弟子自颜、曾外，入门各异，同归于「闻道」。今但守定经书，实实做人；不必高言做圣』。尤严义利之辨；自为诸生，不妄取一非义之物。及由郡守、历藩司十五年，未尝置屋一椽、田一亩。所至深求利弊，次第酌行之。心切爱民，而以宁静不扰为主。归田后，授徒自给。晚岁杜门，日诵先儒书；病中，犹手钞「明道语录」。临终，语人曰：『生平学力无住手处；年来日夕检点身心，仰