梧为海澄公，驻漳州。梧乃悉发郑氏墓，斩成功所置五官商之为漳民害者。
是冬，济度班师；成功陷闽安镇、犯福州，转扰浙江温、台等郡。
十四年二月，梧荐降将施琅，同击之。琅，晋江人；初为成功部将，后投诚，父及弟侄均被杀。梧知琅智勇，故荐之；于是擢琅副将。三月，梧具揭兵部，请速翦芝龙以绝盗根；诏流芝龙及其家属于宁古塔。梧等谓：『不杀芝龙，成功之心不死，海上诸伪将投诚之意不决』。总督李率泰以闻，上嘉纳之。
是年，鸿逵病死，成功陷台州。十五年，陷温州；由榔遣使封成功延平王。
十六年五月，成功连艘北犯，踰崇明，陷镇江；顺流犯江宁。八月，舟至观音门；值贵州凯旋大军浮江下，败其前锋。成功率水陆众数万围江宁，列巨舰，阻江南北要路；江苏巡抚蒋国柱、总兵梁化凤赴援夹攻，敌大败，阵斩伪总统余新，生擒伪提督甘辉等，俘斩甚众。余党退犯崇明，游击刘国玉等复击败之；成功南遁。十月，命将军达素、总督李率泰分军一出漳州、一出同安，捣厦门；寻以战舰未修，引还。
十七年，命靖南王耿继茂由广东移镇福建；都统宗室罗托为安南将军，督剿。十八年，谕迁濒海民入内界，增兵守边。
成功既自江南败归，又接济路绝；由榔已走缅，少声援：势日蹙，乃觊取台湾以自保。台湾旧为荷兰国红毛番所有，芝龙与颜思齐等骚扰时屯于此，后仍归荷兰。至是，成功舟抵鹿耳门，阻风涛不得入；潮骤涨丈余，遂登岸。荷兰人拒之，成功绐曰：『此地我先人故物，珍宝听尔载归；地仍还我』。荷兰引去，成功入据之。其留守铜山伪都督万仪、万禄等赴梧军降。是冬，芝龙及子世恩、世荫、世默等俱伏诛。
康熙元年，潮州总兵许龙擒成功从弟成赐于厦门。成功之入台湾也，长子锦留厦门；与乳媪通，生子。成功怒，遣伪刑都事洪卯、礼都事黄副杀锦及锦母董氏，且遣伪总兵周全斌尽杀诸伪将留者。于是诸伪将拥立锦为平国公，以兵拒；杀卯、副，囚全斌。成功闻之，恚甚，发狂，啮指死。台湾诸伪将亦以成功弟世袭为招讨大将军；寻为锦所逼，奔泉州降，授左都督。继茂、率泰以成功既死，谕锦降；不从。会锦杀其从伯父郑泰于金门，泰弟伪同安伯鸣骏及泰子赓、伪永城伯缵绪均赴泉州降；鸣骏授遵义侯、缵绪慕恩伯、赓左都督，诸来归者各授爵。
二年六月，诏檄荷兰夹板船同剿厦门、金门两岛。于是，继茂、率泰简投诚军及荷兰船出泉州、提督马得功出同安、梧及提督施琅出漳州。十月，大军克厦门，敌溃；琅以水师同荷兰众进击，斩千余级，乘胜克金门及浯屿。锦与伪忠明伯周全斌宵遁；寻犯云霄镇，总兵王进功击破之。
三年正月，伪都督杜辉献南澳，授左都督：全斌亦降，授承恩伯。锦与伪永安侯黄廷等拥众保铜山。三月，继茂、率泰进攻，梧、琅先后以兵出八尺门，黄廷及伪将军翁求多等率众三万降；遂拔铜山焚之，获仗、战舰无算。锦载其拏渡海入台湾，海上诸岛悉平。七月，上以琅谙海疆军务，特授靖海将军；以承恩伯周全斌及降将左都督杨富为副将，进击台湾。荷兰复以夹板船至，约期攻澎湖。会阻风，不得进。
四年，廷议撤兵，琅乃还。率泰遣知府慕天颜赍诏至台湾谕降，锦请「称臣入贡如朝鲜例」，上弗许。嗣锦阴遣人往来岛上，与沿海民互市，颇接济为奸利；琅密奏「若恣锦生聚，是养痈也；宜速击』。六年，召琅来京，又陈台湾可取状；下部议。以风涛险，制胜难必；寝其事。
十三年，耿精忠叛应吴三桂，据福建，结锦为援；锦乃仍称由榔年号，纠众渡海而西，陷泉州。事闻，上谕总督郎廷佐：以耿逆宜剿、海患宜抚。会潮州总兵刘进忠叛降于锦，锦遂入潮州，执续顺公沈瑞及其孥；精忠复结锦围漳州，梧恚卒，子芳度婴城守，以计佯与锦和，拒精忠。命平南王尚可喜发兵援之。
十四年，芳度计泄，精忠围益急。总兵吴淑等叛，献城；芳度督家丁巷战，力尽赴井死，全家遇害。
十五年，康亲王杰书奉命定福建，精忠降；锦遣伪总统许耀以众二万犯福州，连营乌龙江。康亲王遣都统喇哈达等渡江奋击，克其营；追奔四十里，进兵规复兴、泉、汀、漳四郡。
十六年，副都统穆赫林等克泰宁、建宁、宁化、长汀、清流、归化、连城、上杭、武平、永定十县。喇哈达等克泉州，斩许耀；锦弃漳州遁。
十七年春，康亲王遣知府张仲举招谕，锦不纳；其党复由海澄据玉洲等寨，分犯石码、江东桥，漳、泉复告警。伪总督林英犯泉州，提督段应举击败之于日湖，生擒伪总兵林耀等。叛党吴淑复由石码登岸，海澄公黄芳世同都统孟安击败之，沈其船；副将汪国祥亦败锦子克塽于庙岭。上以余党盘踞厦门诸处，勾结山贼煽惑地方，由濒海民为之接济；诏如顺治十八年例，迁界守边。四月，穆赫林、黄芳世会师湾腰树，御其帅刘国轩，失利；敌遂陷平和、漳平及海澄，段应举、穆赫