克广德州，追毙逆首黄文金；江、浙肃清。
四年正月，饬郭松林、杨鼎勋率军航海赴闽；从闽浙总督左宗棠军，迭克漳浦等城。四月，科尔沁亲王僧格林沁战殁曹州，曾国藩为钦差大臣，督其军；鸿章暂署两江总督。五月，奏遣潘鼎新一军由海道赴天津，屏卫畿辅。九月，谕鸿章统率所部各军赴豫西防剿，兼顾山、陕。鸿章历陈兵势不能远分、饷源不能专恃、军火不能接济；遂寝前议。
五年七月，河漫高邮汛，掣卸清水潭坝；命会同漕运总督吴棠勘修。工成，予优叙。九月，命鸿章驰往徐州，妥筹淮、徐以东各路防务。十月，曾国藩因病乞假；鸿章署钦差大臣、节制各军，专办剿匪事。捻匪时分股为二，张总愚窜陕西，为西捻；任柱、赖汶洸窜山东，为东捻。鸿章甫视事，东捻即南趋金乡、鱼台、丰、沛诸县，谋犯清淮；既挫于官军，反走山东、越河南，窜湖北。鸿章饬刘铭传、刘秉璋、周盛波、张树珊等蹑剿入鄂，败之。六年正月，授湖广总督。二月，贼由湖北窜扰河南，直趋山东；五月，渡运河，济南戒严。淮、豫、东、皖各军虽屡胜，而贼瞬息千里，不能制；鸿章以督办军务日久疲师，奉旨「戴罪立功，迅赴山东会剿」。始，曾国藩督师时，议于运河东岸沿堤筑墙，杜贼窜越；鸿章守其策而注重运西，饬豫军提督宋庆、张曜两军分守山东东平以上－－自靳口至黄河沈家口，周盛波分守开河至靳口，刘秉璋分守济宁至开河，杨鼎勋分守赵村、石佛至南阳湖，李昭庆分守滩上、黄林庄至韩庄、八闸，皖军黄秉均等分守宿迁，运河上下游声息相通、互为策应，使贼不得出运。六月，抵济宁，贼又由潍县趋窜登、莱。鸿章谓贼踪飘忽，当偪入海隅以图聚歼；乃创胶莱河防之策，令刘铭传、潘鼎新于胶莱河南北二百八十余里筑长墙，会合豫军、东军分汛设守。奏言：『衡量利害之轻重，与其驰逐终年流毒江、皖、东、豫、楚各省，不如弃一隅以诱之；与其往复运东济、泰、兖、沂、青及苏之淮、徐、海各地均受其害，不如专弃登、莱以扼之。胶莱河之防不密，则登、莱无可扼；运河之守不密，则胶、莱仍不足恃。贼已进窥胶东，拟俟运堤与胶莱河防次第布置，即当抽兵进剿，庶灭一贼、少一贼；贼智自困，而兵力不疲矣』。时任、赖诸贼麇集莱阳、即墨间，恐胶莱河防断其窜路，伺隙反扑，堤墙数败。七月，贼果潜由海神庙扑渡潍河，东军不及御，胶莱防溃；下部议处。鸿章亟饬淮、豫各军严扼运防，而令刘铭传、郭松林、杨鼎动三军往来蹑击。十月，追至赣榆，降酋潘贵升枪毙任柱于阵；赖汶洸窜山东。十一月，刘铭传等追败之诸城、潍县、胶州；贼穷蹙，遁入海滨洋河、弥河之交。官军围击，赖汶洸率骑数百走而南。十二月，复纠集千余骑突至沭阳，冲渡六塘河，窜杨州；道员吴毓兰驻守运河，击擒之，余匪悉降；东捻平，赏加一骑都尉世职。七年正月，西捻张总愚由山西吉州踹冰北窜，迭谕鸿章迅饬刘铭传各军入援；未至，贼已分窜直隶东北平乡、鸡泽、南和诸县，下部严议，兼命鸿章亲督所部自临清、德州克日入直，相机剿办。又以贼踪阑入衡水、定州，奉旨拔去双眼花翎、褫黄马褂、革骑都尉世职。鸿章奏言：『办流寇，以坚壁清野为上策，嘉庆间川、楚教匪赖此成功。即东捻流窜豫东、淮北，所至民筑圩寨、深沟高垒以御之，贼往往不得一饱。故其畏圩寨，甚于畏兵。河北平原千里，无险可守，民又不知筑寨自保；张总愚本极狡猾，遂得肆意蹂躏，无处不流。且自渡黄入晋，沿途掳获骡马甚众，步贼多改为骑；趋避既捷，肆扰尤易。自古治贼，必以彼此强弱、饥饱为定衡；贼未必强于官军，但彼骑多而我骑少，自有不相及之势。彼可随地掳粮，我须随地购粮；贼常饱而我常饥，又有不能及之理。今欲绝贼粮、断贼骑，惟有劝谕直隶、山西河北绅民坚筑圩寨；如果十里一寨，贼至无所掠食、兵至转得买食，贼虽流而其技渐穷』。二月，鸿章督军进德州，败贼安平、饶阳。三月，贼窜晋州，渡滹沱河；南入豫，折窜直隶，扑山东东昌。四月，趋荏平、德州，西奔吴桥、东光，偪天津；下部议处，命总统北路军务，限一月殄灭。鸿章以捻骑久成流寇，非就地圈围，终不足制贼之命。是时，三口通商大臣崇厚及左宗棠皆以为言；而且直隶地平旷，无可圈围。欲就东海南河形势，必须先扼西北运河；尤以东北至津沽，西南至东昌、张秋为锁钥。乃饬援津之郭松林、潘鼎新两军掘开沧州迤南捷地坝，泄运水入减河；于河东筑长墙，断贼窜津之路。东昌运防，则淮军自城南守至张秋，东、皖诸军自城北守至临清，并集民团协守。贼自盐山南窜，扑东昌运河；无可乘，复散走。闰四月，以剿贼逾限，予严议。时贼为官军所偪，奔突不常，北谋越减河、南谋越运河；以北路军势重，锐意南行，回翔陵县，临邑间，旁扰荏平、德平，犯临清运防。鸿章虑久晴河涸，民团不可恃；且昼夜追奔，疲士卒。欲乘黄河伏汛，缩地圈扎：以运河为外圈，思县、夏津、高唐之马颊河截长补短为里圈，号召民团即马颊河南联墙筑卡；第余临邑南至济阳滨河百里，冀就西南一隅以制贼。其时官军大败贼于德州杨丁庄，又追败之商河。张总