北田家镇。镇东有半壁山，绝险；昌浚鼓勇先登，克之；并复广济、黄梅。积功，奖训导。九年，以办理团防出力，擢教授。十年，随剿粤逆于江西，败贼于枫树岭，复德兴；又败之高沙，复婺源。擢知县，并加同知衔，赏戴花翎。
同治元年正月，浙江巡抚左宗棠率师入浙，昌浚随营出力；诏以同知留浙江补用。九月，擢衢州府知府。二年，贼渠刘政宏等踞金华府城，分党据汤溪、龙游、兰溪三城为犄角；昌浚攻汤溪，诱擒贼酋李尚扬等八名，复其城，龙游、兰溪及金华府城亦相继收复。捷入，诏开缺，以道员留于浙江补用。九月，授浙江粮储道。三年二月，复杭州省城及余杭，赏加按察使衔。十二月，授浙江盐运使；旋升浙江按察使。五年二月，升浙江布政使。八年十二月，署浙江巡抚；九年八月，实授。时外患渐殷；十年三月，昌浚亲往宁波镇海巡视海口，筹办防务。奏谓：『自强之计，宜用外人之器，师外人之长。先就抚标、杭协选精兵五百，教练洋枪、开花炮；其余各营，亦次第番练，期成劲旅。至沿海炮台，旧用砖石，恐难适用；俟经费稍充，当更筹改筑』。上以为政首在得人，各省藩、臬两司有用人、理财、察吏，安民之责，关系甚重；乃通饬督、抚于运司、道、府中察访保荐，以备简擢。昌浚遵举浙江督粮道如山等四员，而以甘肃文县知县陶模附列剡章，谓其「品学纯在，心在利济，实为远大之器」。后模洊历封疆，克如所言。浙江象山、宁海二县滨海有岛曰南田者，向系封禁之地；而土性沃饶，两县民多潜往垦种。光绪元年，昌溶乃为奏垦弛禁。会余杭县民葛品连急病身死，其母疑品连妻与举人杨乃武有奸，辄以「身死不明」控县；县令刘锡彤误认尸毒，鍜练成狱。给事中王书瑞劾奏，命浙江学政侍郎胡瑞澜提讯，仍未得实。于是绅士汪树屏等联名呈控都察院，御史王昕亦劾奏「大员瞻徇」；奉旨提交刑部会鞫，检验尸身无毒。狱白，谕曰：『巡抚杨昌浚据详具题，既不能据实平反；且于奉旨交胡瑞澜提讯后，复以「问官并无戾刑偪供」等词哓哓置辨，意存回护，尤属非是。杨昌浚着即行革职，余着照所议完结。人命重案，罪名出入攸关；全在承审各员尽心研鞫，期无枉纵。此次葛品连身死一案，该巡抚等讯办不实，始终回护，几至二命惨罹重辟；殊出情理之外！嗣后各直省督、抚于审办案件，务当督率属员悉心研究，期于情真罪当，不得稍涉轻率』。
四年，命帮办甘肃、新疆善后事宜，赏给四品顶戴。五年，陕甘总督左宗棠请援前任帮办刘典成案，准昌浚专折奏事；奉旨俞允。九月，赏给二品顶戴，署理甘肃布政使。六年正月，叙筹解西饷功，赏加头品顶戴。十一月，护理陕甘总督，仍会办新疆善后事宜。七年八月，授甘肃布政使。寻因据甘绅呈请，奏为前陕甘总督琦善建立专祠，为言官所劾；奉上谕：『琦善在甘，有罪无功，不宜祠祀。杨昌浚率行具奏，着传旨申饬』。
九年二月，授漕运总督。十年，法人扰海疆；七月，命帮办福建军务，旋授闽浙总督。时言官劾翰林院侍讲学士张佩纶「弃师潜逃」，命左宗棠暨昌浚查办。覆奏入，上责其「语多含混，依违两可」，传旨申饬。十一年六月，兼署福建巡抚。十月，上谕：『台湾南北地舆，袤延甚远。以形势而论，台北各海口尤为紧要。原设台湾道一员远驻台南，深虑难以兼顾；且巡抚常川驻札，一切钱榖、刑名事宜，必须分员管理，各专责成。应否于台湾道之外，添设台北道一员？着杨昌浚、刘铭传悉心会商，妥议具奏』。昌浚奏「添设台北道，不如添设藩司」；上从之。十二年三月，上谕：『刘铭传奏：「澎湖为闽、台门户，非特设重镇，不足以资控制。杨昌浚与该抚意见相同：「拟将澎湖副将与海坛镇对调，仍归总督管辖」等语。即着杨昌浚会同筹议具奏。闽、台防务关系紧要，该督等商办一切，务当和衷共济，不分畛域，力顾大局。上年谕令该督等会议台湾改设各事宜，并着一并妥议，毋稍迟延』。昌浚等疏言：『台湾为南洋门户，七省藩篱；奉旨改设巡抚以资控制，实为保固海疆远大之谋。惟沿海数县之地，其余番地尚系化外，气局未成；孤悬海外，与新疆情形不同。闽、台本系一省，今分为二，尤须唇齿相依，以收指臂之助。诚应遵旨「内外相维、不分畛域」，乃可于事有成。兹就省局司道及署台湾道陈鸣志、总理粮台前贵州藩司沈应奎筹议各条，覆加酌核；谨缮清单，恭呈御览。现在整顿海防，百废待举；加以改设行省，经费浩繁－－如澎湖一岛办防需银八十万两，业经臣等先后奏请敕部指拨。此外办防、制械、设电、添官、分治、招垦、抚番，均关紧要。至建立省城衙署、坛庙各项工程，虽不妨稍缓；既已分省，亦不能不次第举办。台地防营，除裁撤外，尚存三十五营；分布沿海一千余里，势难再减。臣等悉心筹划，拟由闽海关本年照旧协银二十万两；经臣铭传咨请福州将军古尼音布，嗣后由厦关径拨解台。其闽省各库局，无论如何为难，每年按限协银二十四万两，陆续筹解。并请旨敕下粤海、江海、浙海、九江、汉〔口〕五关每年协银三十六万两：共成八十万两，以五年为度。统计闽省及闽海关