少动。贼砌垒与城齐，架炮轰击；坚守两昼夜。诇知贼穴城，令小西门至北门每二丈穴一洞，横出城根下，选壮士持短兵昼夜蹲伏，眠食悉更代。众莫喻其意，元度晓之曰：『贼穴城，必横长十余丈；我先伏隧以待其至，是隧十丈而与吾值者五。贼至接以短兵，可立毙也』。隧穿及洞，伏兵殪二贼，隧隘为尸所壅；余贼不能出，灌以水，歼焉。贼知术败，西窜德兴。寻福建浦城大股贼北窜广丰，元度派兵力却之。时曾国藩奉旨援浙，疏陈元度获胜情形；谓「能以孤军支持东路、力保两城，有裨大局」。得旨：加按察使衔，赏「色尔固楞」巴图鲁勇号。九月，命以浙江道员缺出，请旨简放。十年闰三月，敕元度赴浙江，交巡抚王有龄差委。六月，授温处道。会曾国藩移驻祁门，疏调元度会剿；改元度徽宁池太广道。八月，至祁门。时伪侍王李世贤陷宁国，守将周天受战死；元度至徽州未十日，徽城继陷，革职拏问。十一年十二月，杭州将军瑞昌、浙江巡抚王有龄合疏调元度援浙，诏如所请；其应得失守罪名，仍着曾国藩查办。时元度已回籍募勇名，曰「安越军」。三月，伪忠王李秀成扰江西、湖北，元度驻军浏阳以保湘境。五月，贼逼湖北省城，总督官文、巡抚胡林翼檄元度进剿。元度称『连复通城、崇阳、蒲圻、通山，自驻崇阳，以七营留通山，分军进克义宁』；官文据以入奏，命赏还按察使原衔。元度又称『克江西新昌、奉新、瑞州等城』；再加布政使衔。九月，元度始入浙江。李世贤纠众扑江山、瞰衢州，元度率九营会左宗棠分兵肃清江山、常山。同治元年正月，授浙江盐运使兼署布政使；二月，擢按察使。以道梗，均未抵任。三月，两江总督曾国藩疏劾元度获咎后擅自回籍，在义宁、瑞州并无打仗克城之事，又节节逗遛、援浙不力；有旨「即行革职，免其治罪，仍交左宗棠差遣委用」。十一月，浙江省城陷，以御史刘庆论劾，谕左宗棠查办；寻疏言：『杭州失陷，非元度逗遛所致。惟元度由平江、通城尾贼而来，并未与贼接仗；贼去后，辄饰报胜仗，克复城池。迨经曾国藩奏劾落职后，悻悻求去，逼索欠饷，失人臣体』。得旨：下部议罪，发往军台效力。旋以前功，免其发遣。
五年，贵州逆苗及黄号、白号等匪构乱，蹂躏思南、石阡、思州、遵义、铜仁五府；巡抚张亮基疏调元度入黔。时贼已扰及湖南沅州，而老巢在荆竹园，大、小■〈屯上土下〉居其前；白号贼踞秦家寨，黄号贼踞觉林寺。四月，元度率十二营以往。六月，攻大■〈屯上土下〉，破之；小■〈屯上土下〉贼乞降。元度以大、小■〈屯上土下〉河道上通石阡，由两江口入牂牁江；遂造战船，创立水师，扼江西以拊荆竹园之背。又立贵新营以处降众，分军剿平大园子、广家山、马鞍营三寨；命赏辽原衔、顶戴。九月，荆竹园贼窜石阡；元度破之于石灰坡，连克铙钹顶等六寨。六年四月，白号贼安雷钵以五十一寨降、覃德征以二十寨降。五月，贼攻尖山■〈屯上土下〉，以千余人犯三道水、以三千人犯枣子坪及大顶寨；元度分兵夹击，贼败走入园。时疠疫流行，弁兵病亡相继；巡抚刘琨以顿兵日久奏劾，元度降三品顶戴。十一月，克官塘。十二月，克八宝营。七年正月，克荆竹园老巢，斩首逆萧桂盛等，乘胜平罗家岩；赏复原官并顶翎。嗣分军进薄秦家寨，毁高固岩、安家坨、班鸠顶、七星关各垒，擒秦崽崽正法。先后克三十六寨、招降百十一寨，安抚万八千余户。四月，遣将攻觉林寺克之，诛伪英烈侯田修德；金堡庙二十五寨、牛头滩五十三寨悉降。又克偏刀水，伪黔王何继述伏诛，出难民八千余人；贵东肃清。旋授云南按察使，以终养开缺回籍。
光绪八年，丁母忧。十年，法、越构乱，彭玉麟以兵部尚书督办广东海防，延元度赞理营务；乃建议堵塞虎门海口，又定沙基洋行案，遂归籍终制。
十一年六月，授贵州按察使；疏陈筹饷之策十、筹防之策十。其「减漕运略」曰：『唐初，漕运岁不过二十万石。其后兵日多，漕米亦日多。裴耀卿、刘晏所讲求，半为养兵计也。宋都汴京去江、淮不远，劳费尚轻。元行海运，初止四万石，后至二百余万，亦无甚劳费；劳费自明始。永乐九年，会通河成，引黄河以济运；劳民伤财，几竭天下之全力。圣朝定鼎北京，仍沿明代旧制，岁漕南米四百万石；二百四十余年，帑项之耗于漕与河者，不可以数计。设官既众，丁役且繁；其给漕费也，非四十金不能运米一石－－入京仓，视秦之三十锺、汉之十余锺，古今一辙。而米在京城，每石不过值二千余文；其余皆成虚掷。况漕之利病在河，河不治则漕不能治。国家经费，以黄、运两河为漏卮；而又无十年不决之河，故漕与河尝交受其敝。今黄河北徙，天意既析河与漕为二，应请敕议改章。除直隶之通州、天津二所、山东之济宁、东昌、临清、任城、德州五卫、濮洲、东平二所密迩京畿，无虞阻隔，照常运米径解通仓计共六十五万三千二百二十九石，其余江南、江西、浙江、湖广岁额三百三十余万石并随漕耗米概行折色，照见定折价每石一两四钱－－或酌加数钱共折银五、六百万，责成各粮道征收解部，由仓场总督酌设招商局，奏定时