请假便宜，俾无遗种』。十一月，宗棠进驻大埔；十二月，督军围嘉应，毙海洋于阵、复州城，余贼悉平。
五年正月，赏戴双眼花翎。五月，奏请设立船厂试造轮船；略云：『东南大利，在水而不在陆。自广东、福建而浙江、江南、山东、直隶、盛京以迄东北，大海环其三面；江河以外，万水朝宗。欲固海防，非轮船不可。无事之时，筹转漕则千里犹在户庭，筹懋迁则百货萃诸廛肆；有事之时，筹调发则百粤之旅可集三韩，筹转输则七省之储可通一水。匪特巡洋缉盗有必设之防、用兵出奇有必争之道也。况我国家建都于燕，津、沽实为要镇。自海上用兵以来，泰西各国火轮兵船直达天津，藩篱竟成虚设，星驰飙举，无足当之；非急造轮船不为功。船厂之地，臣以择定福建罗星塔一带地方；开漕浚渠，水清土实。先购机器一具，巨细必备；觅雇西洋师匠，与之俱来。先以机器造机器，积微成巨，化一为百。机器既备，成一具轮机，即成一船；成一船，即练一船之兵。比及五年，成船稍多，可以布置沿海各省，遥卫津、沽。由此更添机器，触类旁通；凡制造枪炮炸弹、铸铁、治水有益民生日用者，均可次第为之。计五年内，约费不过三百余万两。如办理得人，以后必多获益』。得旨「试行」。八月，调陕甘总督。九月，奏陈闽、浙兵制，请减兵加饷、就饷练兵；下部议行。十月，奏陈台湾吏事、兵事宜早绸缪；略言：『台湾设郡之始，由内地各标营调兵更番戍守，三载为期；用意深远。自班戍之制不行，有册无兵，战船无一存者。自道标裁撤，遇有剿捕事宜，文员不得不借重武营；一任其虚冒侵欺，莫敢究诘。吏事则官索陋规，民好械斗。宜复班兵旧章，三年更戍。仍设道标，俾有凭借；申明镇兵归道察看之例，互相维制。移修船之费，制船巡洋，募练水兵。永革镇、道以下陋规，别筹办公津贴。生番有心内附，宜弛垦荒之令，齿于编氓』。上悉嘉纳。又奏荐丁忧在籍前江西巡抚沈葆桢接办船厂事宜；诏嘉宗常「于轮船船厂事在必行，不以去闽阁置；沈毅有为，能见其大」。
寻奏报交卸西征，请命前浙江按察使刘典帮办陕甘军务；十一月，请各省协饷，由部议拨定实款：并允之。六年正月，奏陈筹办情形；略言：『臣旧部得力将领，除已授实缺外，均署要缺镇将。若檄调随征，闽省空虚可虑。故携以同行者仅三千余人，刘典亦仅令选募旧部三千人。初意南人用之西北，本非所宜；祇可多挑营官、哨长之才入秦后，再将陕、甘见存兵勇分别汰留，而匀拨胆技稍优弁勇充当亲兵护哨，编列成营，以倡其勇敢之气，庶臣粮可资节省，陕甘饥军渐有位置。以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，先清腹地：然后客军无后顾之忧，饷道免中梗之患。谨一面采买口马，练习马队；俟所调各军取齐，由襄、樊出荆子关，经商州赴陕，沿途遇贼即击。抵陕后，增练马队。设屯田总局，相度秦陇要隘，有水草可田牧者开设屯田。汰陕西各营疲冗，愿留屯田者编入册籍，指地屯牧；不愿留者资遣。然后军制明而内讧可免，屯事兴而军食渐裕。甘省回多于汉；兰州省会，形势孑然孤立，非驻重兵不能守。驻重兵则由东分剿，各路兵分见单，不克挟全力与俱，一气扫荡。将来臣军入甘，应先分两大枝。由东路廓清各路，分别剿抚；俟大局戡定，然后入驻省垣，方合机局。是故进兵陕西，必先清关外之贼；进兵甘肃，必先清陕西之贼；进驻兰州，必先清各路之贼：然后饷路常通，师行无梗。至兵事利锐、进止久速，则非熟审彼己长短之形、饥饱劳逸之势，随机立断不能，未可臆度而遥决也。臣于西北兵事，未曾经历；所部均南方健卒，捻回技俩并无闻见。若不慎之几先，加以迫切，诚恐所事无成。伏愿皇上假臣便宜，宽以岁月；臣惟勉竭驽钝，次第规画，以要其成。剿捻、剿回，均惟事机所在』。奏入，上嘉其洞中窾要；授为钦差大臣，督办陕、甘军务。四月，击鄂捻任柱、赖汶洸于随州、樊城，与刘典军两道入关。诏以捻逆张总愚一股屡为陕军痛剿，逆焰已衰；宗棠入关后，务与提督刘松山等军会合夹击，就地殄除。时捻逆张总愚窜渭此，屡为官军所败；宗棠虑其回窜鄂、豫，檄诸军营渭上以扼之，并檄山西按察使陈湜防河。八月，捻逆渡泾而东，官军蹙之。十月，捻逆入北山，陷陕西延川、绥德，回逆同时披猖；宗棠自请严议，坐降二级留任。十一月，捻逆自宜川渡河而南，宗棠督所部入晋，请敕刘典暂行督办陕省剿回事务；并以调度无方，坐革职留任。十二月，捻逆窜卫辉，宗棠自翼城东趋入直；檄刘松山等出贼北，转战而南。七年正月，捻逆窜衡永、定州、坐降二级留任。旋以刘松山军追贼至保定，宗棠亦抵获鹿；复得旨奖叙，并敕直隶见到各军均归宗棠调度。寻破贼献县、深州、东鹿、博野、深泽、饶阳、肃宁等处。二月，捻逆渡滹沱，复破之封邱、滑县、卫辉、延津、临清。四月，捻逆回窜东光、吴桥，宗棠军落贼后，坐降三级留任。闰四月，以黄、运两河增涨，与钦差大臣李鸿章会筹沿运筑墙，且防且剿；贼不得遁。七月，蹙之徒骇河，张总愚投水死；捻逆平。诏开复迭