得强兵二十余万；设屯卫之官综理而训练之，以资镇守备征调。不费一饷而坐收富强之效，万世之利、中原之福也。一、宜整顿两淮盐务，以济兵勇粮饷，为屯田经费。一、近日勇多兵少，兵粮轻而勇粮重。兵有定额、勇无定额，宜裁勇增兵。一勇之费可养二兵，即兵额倍平时犹较养勇为省。将领滑软，则尽拔带勇之得力者破格而补营官；老弱不齐，则尽拔练勇精壮者随时而补额兵。况事定后，兵可归伍而勇难遣散；此尤不可不深虑而豫为之地也。一、河南归德镇距省会及徐州镇皆三百余里，而距寿春镇独远，寿春距南阳镇尤远，非所以资控制也。宜于临淮添设一镇，而移寿春镇于颍、霍以控淮河上游，使稍近南阳；再移归德镇于蒙、亳之间，以制其要害。更设提督统辖之，使毋分畛域』。时江苏巡抚李鸿章借外兵克复苏州省城，保恒因奏言：『外人贪而无亲，垂涎财赋之区，欲坐收其利；非真能敌忾效顺也。请密饬诸臣筹处置之法，严夷、夏之防』。又密陈提督李世忠骄恣难制，请寄谕僧格林沁、曾国藩等谋裁抑之。三年，保恒以前所条屯田议未即行，再疏力言「兴屯不可缓，请躬诣京师与廷臣面议」。上以不候督、抚覆奏，辄以「未见施行」为词，责其自信过深，不谙体制；下部议处。四年正月，部议降一级，以鸿胪寺少卿补。寻服阕。
先是，前任顺天府尹蒋琦龄上「中兴十二策」，称保恒娴武备；十一月，户部尚书罗惇衍疏论人材，亦以保恒「在军久，武事谙练；请擢用」。七年正月，捻匪窜畿辅；四月，诏责湖广总督李鸿章等灭贼。保恒以皖、豫各军半甲三旧部，习同甘苦，自请效力戎行，以竟父志；得旨：发往李鸿章军营差遣委用。六月，大军败贼于商河，贼首张总愚率众东走；保恒带小队出德平义渡口，擒骑贼数十。诸军毕会，偪贼于徒骇河，尽歼其众；捻匪平。捷入，上以保恒冒暑督队，追念甲三功，嘉保恒能勉承父志，开复降调处分，仍以翰林院侍讲学士补用，予三品衔。八月，命赴陕甘总督左宗棠军营听候委用。九月，补官。八年，命筦西征粮台，得专折奏事。十一年五月，擢詹事府少詹事。十二年，请假省亲；旋因肃州克复，赏头品顶戴。
十三年二月，升内阁学士兼礼部侍郎衔。八月，大军出关，诏左宗棠督转饷，以保恒为帮办；进驻肃州。九月，擢户部左侍郎兼管三库事务。十月，慈禧端佑康颐皇太后四旬万寿，赐保恒祖母郭氏扁额、如意、文绮。
光绪元年三月，奉召回京。八月，兼署吏部右侍郎。二年四月，调刑部左侍郎。九月，充顺天武乡试正考官。十二月，疏言：『台湾僻处海澨，物产丰饶、民番偪处，非专驻大臣，镇以兵威、孚以德意，举民风、吏治、营制、乡团事事整顿，未易为功。若以福建巡抚半岁驻台，恐闽中全省之政务，道里县隔而转就抛荒；台湾甫定之规模，去住无常而终为具文。请改福建巡抚驻台湾，而以总督办福建全省事，各专责成』。疏入，下部议行。
三年五月，请假归葬祖母郭氏。八月，回京。是岁河南旱饥，人相食；上以赈荒迟延，褫巡抚李庆翱职，命河东河道总督李鹤年权代之。十一月，遣保恒帮办赈务。保恒因奏『河南被灾至广，需款至急。拟借各直省存公闲款及富商银钱，俟岁稔开征提还』。下户部议。既至，疏陈沿途流民状。四年正月，偕李鹤年奏请截留江安漕粮九万余石，不许；请借直隶平粜余米三万石，许之。又借用江苏义仓积榖及台湾捐修铁路洋银五十万圆，下所司议奏。保恒复疏言：『赈款迟到一日，即多毙无数穷黎；乞特诏允所请』。并自陈筹措无方，请治罪谢灾民。报闻。寻以户部议覆保恒借款疏，饬河南布政司权岁征出入，除河工、兵饷及京饷、协饷能划若干还借项；保恒偕鹤年疏言：『豫省田赋，岁收仅二百余万两；拨解京、协各饷，在常年已不支。今蒙特恩蠲缓，除本省用款，所余无几；非停解京、协各饷十年，不足补因灾少入之正供、清因赈多出之借项。但各饷既难久停，而又无指定可望之的款，则归还不能豫必；恐疆臣踌躇而不敢轻诺，富商亦观望而不能勉从。数百万生灵，何能以空言果其枵腹！救荒如救焚拯溺，失今不救，将有不胜救、不及救者。当此财力艰难，求无碍全局、又于还款能见信者，惟有缓禁川盐行楚、加抽盐厘备抵赈需，为两全之计』。时川、淮盐商争营销楚岸，疆吏相持不能决。川盐本轻运便，获利三倍于淮；保恒故请重取川厘，俾资本过淮商，为渐复淮盐之地。疏入，下户部速议。保恒自至河南，通饬各属查灾筹恤，委员履勘收成、被害分数，详查逃亡户口、取结造册，饬民间公举绅耆办赈，刊发章程二十二则；以饥民过众，就孔道添设粥厂。复以书抵邻省督、抚，请戒所属收养豫民流入境者。因东南境得雪，颂补种春麦法，劝殷户出种以贷；复遣员四出导民开土井，行区田。春久不雨，步祷各祠庙累月。四月，得雨，将俶装周历灾区，疾作；三日，卒。鹤年上其状，谕曰：『刑部左侍郎袁保恒，由翰林洊擢卿贰。前在江苏、安徽等省随剿捻匪，迭着战功；嗣赴陕西办理转运事宜，俱臻妥协。此次派往河南帮办赈务，尤能任怨任劳，悉心经画。遽闻溘