月，懿德奏闽省营务废弛。上谕：闽省水陆各营，除每年赴台换防外，内地存兵尚逾四万，何至盗贼窃发，还当咨请邻省协剿？时江、浙、粤皆派水陆会剿。此后著该抚会同署总督有凤，认真整顿！方内地会匪之窃发也，其时台湾土匪亦围攻府城，贼目有林、许为渠魁，吴、王二姓为主谋。在京御史侯官蔡徵藩详奏缘由，又奏保台湾在籍前任礼部员外郎郑用锡等堪办理团练劝捐事宜，报可，且谕令王懿德照该御史所奏，迅速解散贼党，掩捕贼踪，无任蔓延。旋，台民踊跃捐饷，以备军需，知府裕铎又自出家财助之。团练成立，地方渐肃清，遂于五年冬间获其伪元帅陈子仲等九名，逆首林房、王办等四十四名。经台湾总兵邵连科奏报，南北两路并洋面一律肃清焉。
分剿发匪
闽省会匪于咸丰四年肃清后，五年秋，复有顺昌土匪勾结江西叛寇为乱。未几，亦平定。于是闽中军务渐松，独派兵援应江南、浙、粤而已。十年夏，江西大股粤匪窜入闽疆，邵武、光泽失守，分陷汀洲，围建宁府，下游亦骚动。总督王懿德驰驻延平，居中调度。然兵力单薄，乃飞咨邻省请援。旋建宁府刘翊宸剿贼大胜，建郡解围，提督钟宝三督兵收复被陷郡县。凡三月，尽平之。八年三月，江西逆匪多由铅山等处分扑，浦城、崇安陷焉。道员赵印川阵亡，上游各属又复危急，王懿德请假，庆端署闽督，仍移驻延平。七月，浦城、崇安收复，邵武诸处贼势穷蹙。八月，懿德销假，即赴延平，庆端回驻省城。九年正月，顺昌汀州诸贼剃发投诚，惟连城未复，寻亦于二月收复，闽省既平。客军皆凯旋焉。十月，庆端补闽督，时浙江吃紧，福鼎亦为贼据。诏庆端驻闽浙交界督兵，畏葸不敢行。十一年秋，始奏报，福鼎克复，移驻建宁。其年十月，杭州陷，庆端以救援不力，革职暂留。同治元年三月，庆端抵浦城进剿浙逆，接仗失利。温州、平阳会匪阑入福鼎，县北路紧急，福州戒严。六月，以广抚耆龄为闽督，接统庆端全军，仍驻浦城。二年三月，以浙江巡抚左宗堂补授闽督，改耆龄福州将军。宗棠在淅⑵督剿，派员管带浦城闽军，以为援应。三年，杭州克复。江西新城亦收复，余贼悉趋闽界，窜陷建宁，虽旋收复，而贼踪已阑入将乐县境，复陷宁化县。伪侍王李世贤等股由徽州开化窜至上饶铅山，逼近崇安、浦城、闽防紧急。巡抚徐宗干会商宗棠，分路防堵。八月，臬司张运兰到闽接印后，即出省赴邵武府，择要驻絷。⑶十月，江西瑞金逆贼败挫，绕窜广东镇平，大埔等处，突入闽境，窥伺龙岩，直逼漳郡。漳属南靖等县复有匪起与勾结，张运兰转战失利阵亡。漳州、龙岩失陷，汀州所属皆贼，焚杀惨虐。徐宗干派林文察由同安一路进兵，左宗棠檄派黄少春、刘典等分路剿办。宗干又檄催由台内渡之总兵曾玉明统领水师，宗棠亦由衢州入闽。十二月，宗棠师抵浦城，署陆路提督林文察已阵亡，幸高连升一军急趋同安，以保泉、厦。宗棠先饬四营驰赴延平扼守，寻亲抵其地调度。时粤军方耀已收复武平等县，进札上杭。然下游贼势尤狓猖，复上谕苏抚派兵协剿。四年正月，宗棠派遣各军俱获胜仗。二月，臬司王德榜等遂大破李世贤，收复龙岩诸县，惟漳郡尚为贼踞，且有下海之志。幸李鸿章已饬提督郭松林率兵八千人航海至闽，宗棠檄会同粤军由海澄进漳浦，以攻漳郡，断其入海，兼杜其窜粤。四月二十一日，遂将漳州府城收复，余匪尚分据旁县。五月，高连升、黄小春等次第克复闽境，一律肃清，客军均凯旋原省。
甲子平台
咸丰五年，邵连科肃清台匪后，台地稍安。未几，彰化县辖境会匪复滋事。同治元年，台湾道孔昭慈督兵剿捕，勇丁哗变，县城失陷。总兵曾玉明夙为台人信服，驰赴剿办。上谕徐宗干久任台湾，情形熟悉，着在省就近调度。九月，耆龄任总督，添派金、厦、兴化等营弁兵渡台助剿。二年七月，署提督吴鸿源革职拿问，即命总兵林文察本台人。署理。时台湾道洪毓琛病故，丁日健补授，与林文察等会商剿办。寻于三年六月收复彰化，林文察、曾玉明内渡剿贼，台之余匪先后就擒，其年冬，遂告肃清焉。
甲戌台防
同治甲戌，日本以台湾生番戕琉球难夷事肇衅，驶兵舰进瑯峤，入牡丹社，示将战，闽海戒严。朝命船政大臣侯官沈葆桢为钦差大臣，渡海察办，葆桢严密设防，旋因廷议，小偿日人兵费，事乃寝。
甲申筹援
光绪甲申，法人既败我师于马江，旋出口分扰台湾、浙江，皆闽督所辖地，筹兵筹饷，福州殆疲于奔命焉。其时基隆久陷，防台者为刘铭传，屡失利。朝议以左宗棠督师守闽，穆图善、杨昌濬、杨岳斌皆为帮办大臣。冬，岳斌及吴鸿源、沈应奎、王诗正先后乘间入台，军报络绎。越年夏，和议成，于是移闽抚为台抚，常镇海东，以铭传首任之。
甲午防海
光绪甲午，日本缘朝鲜开衅，和议不就，言者虑其南下，沿海戒严。福州亦按乡筹办联甲焉。明年和成，日本入台，台人拒之，累月始定。然福州晏然。
庚子北援
光绪庚子，联军犯京师，下诏勤王，闽督许应骙以曹志忠为统带，率敖天印等由浙北援。属衢州各