署右、至水仔尾北厂入台江，注于海。
福安坑源出小南门内，经宁南坊府文庙前，西流至涂墼埕入台江。
石头沟在县治东北三里许。无水源，受众流之水经海会寺前西下，由县治北大桥港出柴头港西入台江。
新港溪在县治北二十里。源从木冈山西北过诸罗之马鞍山，受卓猴溪水（源出卓猴山）。西至新化里新港社，又至武定里洲仔尾盐埕之西，汇洋仔港入台江注海（溪北诸罗县界）。
大目降二溪一曰南溪。从木冈山之西南出，西过大目降营盘，逶迤数里，经广储东里之北，又西北至广储西里大目降草地。一曰中溪。从马鞍山之南过大目降营盘之北，西至广储西里大目降草地。二溪合流西下，汇咬狗溪水为洋仔港；至洲仔尾盐埕西，合新港溪入台江。
咬狗溪源发湖仔内山。从香洋仔出永丰里为旧社溪，北过新丰里，又北过保大东里，至保大西里为许宽溪。西北抵广储东里，经广储西里西下，受大目降溪水汇为洋仔港，与新港同入台江。
茑松溪在县治北十五里，为鲫仔潭之下流。西至武定里、洲仔尾、盐埕之南，入于台江（鲫仔潭见下）。
二赞行溪在县治南二十一里。上流为冈山溪，合红毛寮溪、分水溪诸水西下，经依仁里至文贤里，由喜树港入台江，注于海（溪南凤山县界）。
举人陈辉诗
竹桥平野路，春水涨清溪。风静寒沙阔，烟浓远树低。青芜喧海燕，碧岸叫村鸡。为语南游客，应知慎马蹄。
分水溪源出县治东北分水山，经水蛙潭南流，至罗汉门，受石门坑水汇为长潭，清莹可监。西下受角带围、内山、深坑仔、红毛寮溪水，至下中洲合冈山溪，经二赞行溪，由喜树港入台江，注于海。
淡水溪源出内山，其来极远。由北而南至罗汉门之东方木山，受小溪水，经旗尾山西下，入凤山县界，绕凤山县东南至东港，西入于海。
台江在县治西门外。汪洋浩瀚，可泊千艘。南至七鲲身，北至诸罗之萧壠、茅港尾，内受各山溪之水，外连大海。
鹿耳门港在台江西北。水底沙线若铁板，纵横布列，舟误犯之，则文碎。港路窄狭，仅容两艘。其浅处若户限，然潮长时，水可丈四、五尺，潮退不能一丈。进港须悬后舵，以防抵触。其纡折处，必探视深浅，盘辟而行。最险者曰南北二嶕，插竹立标，南白北黑，名为荡缨。原设五杆，比岁沙线消长变易，乾隆十三年添设为十三杆，以便出入趋避。每风日晴和，众舟鱼贯而进，云帆连缀，邑治望之，如秋雁之排远空。
巡台御史张湄诗
铁板交横鹿耳排，路穿沙线几纡回；浪花堆里双缨在，更遣渔舟向道来。
加老湾港在鹿耳门北。有沙线一条，颇弯曲，但不堪泊巨舟，其西南即大洋（纱线亦作沙汕）。
隙仔港在鹿耳门外之北。甚浅狭，巨舟不得入。沙线绵延，直抵北路，数百里出没隐见，名海翁汕港口。大澳曰海翁窟，亦名月眉湾，可泊百艘。宜北风，不宜南风。
举人陈辉诗
鹿耳门前几溯洄，月眉湾作避风台；舵师不畏南流急，唤得渔翁载酒来。
安平镇大港在台江西南，镇城之西。红毛时，巨舟悉从此入泊于台江。自郑成功由鹿耳门入台后，遂淤浅。今惟往来南路贸易之船经此，巨舟不得入矣。
鲫仔潭在永康、长兴、广储西三里之界。汇纳众流，修而不广，计长可二十余里。多生鲫鱼，年有征税。三里之田，资以灌溉。一名龙潭，旱时祷雨于此。又名东湖，最宜霁月，为邑治八景之一（诗见「艺文」）。
菅林潭在长兴里。地势洿下，泉流所归。里众筑堤障之以灌田，屡有争竞。康熙五十七年，知府王珍勘明，勒石定界，即嵌下陂是也。
举人陈辉诗
溶溶潭水碧无垠，两岸苍烟锁白苹。山影远涵波色翠，云光斜映浪花新。一肩行李临流客，半棹歌声唤渡人。欲向前村暂栖息，酒帘风起绿杨津。
无源潭在永丰里。潦水所钟，足资灌溉。
草潭、白衣潭俱在新丰里。伪时所凿，蓄雨水以灌田者。
荷兰陂红毛所筑。公爷陂伪时筑。俱在新丰里。
甘棠潭在保大东里。筑堤瀦水，频年不涸，地多甘棠，故名。
王有潭在仁和里。里民王有所筑。
莲花潭在文贤里。其源甚深，多产红白芙蕖，腊月长开。
鸳鸯潭两潭体偶颈交，因名。
水漆潭多生水漆树。
参若陂红毛时，佃民王姓名参若筑。
十嫂陂王门寡妇十嫂募佃筑。
陴仔头陂伪时筑，大旱则涸。
月眉池形如半月（俱在文贤里）。
鼎济洼在新港社，产鱼虾。
新港东陂在新化里。
西陂在新港社。
澳屿
鹿耳门屿距县治西北二十五里。内为台江，外为大海，水中浮沙突起。右有加老湾，左为北线尾。形似鹿耳，锁钥全台。
巡台御史范咸诗
遥见青山似画屏，铁嶕捩柁费丁宁。荡缨有路分沙线，浮海何人续水经。乌鬼渡寒遮鹿耳，荷兰城坼扫