七座、笨港汛一座、海丰港一座、三林港一座、鹿子港一座）；右营游击一员（驻防安平镇汛）、守备一员（分巡本汛洋面）、千总二员（一员驻防安平镇汛，一员分防打鼓、岐后、西溪、东港、淡水港汛洋面）、把总四员（内一员，雍正十一年添设。一员随防安平镇城，一员轮防鹿耳门汛；一员分防外海打鼓汛，兼辖岐后、万丹、西溪、东港、淡水港、茄藤港、放■〈纟索〉、大昆麓等汛），步战、守兵八百五十名（内地按班拨戍。内以一百名，驻防安平镇汛；以七十名，随防安平镇城；以一百五十名，轮防内海鹿耳门汛；以一百三十名，分防外海打鼓汛，兼辖岐后、万丹、西溪、东港、淡水港、茄藤港、放■〈纟索〉、大昆麓等汛；以一百二十名，分防打鼓、岐后、西溪、东港、淡水港汛洋面；以五十名，拨随本标左营游击出洋总巡；以一百八十名，分巡本汛海面；以五十名，贴防北路营半线汛）。战船一十八只（安平镇汛六只，鹿耳门汛三只，打鼓汛二只，分防打鼓、岐后、西溪、东港、淡水港汛洋面三只，拨随本标左营游击出洋总巡一只，分巡本汛洋面四只；澄一、澄二、澄三、澄四、澄五、澄六、澄七、澄八、澄九、澄十、澄十一、澄十二、澄十三、澄十四、澄十五、澄十六、澄十七、澄十八）、炮架十四座（鹿耳门汛七座、安平镇汛七座）、炮台五座（打鼓汛）、烟墩二十一座（安平镇汛十座、打鼓汛十一座）。
澎湖水师协标左、右二营：副将一员（驻札澎湖）。左营游击一员（驻防内海妈宫汛）、守备一员（分巡八罩洋面）、千总二员（一员驻防妈宫汛；一员分防外海嵵里汛，兼辖双头跨、风柜尾、文良港、龟鼊港等汛）、把总四员（二员驻防妈宫汛，一员轮防妈宫澳、新城内海港口；一员分防外海八罩汛，兼辖外海八罩、挽门、水埯、将军澳等汛并将军澳炮台），步战、守兵一千名（内地按班拨戍。内以二百二十七名，驻防内海妈宫汛；以二十八名，轮防内海妈宫澳、新城内海港口；以七十八名，拨防内海妈宫澳、新城、东港并港口；以二百八十四名，分防外海八罩汛，兼辖外海八罩、挽门、水埯、将军澳等汛并将军澳炮台；以一百三十五名，分防外海嵵里汛，兼辖双头跨、风柜尾、文良港、龟鼊港等汛；以一百一名，拨随副将出洋总巡；以一百四十七名，分巡八罩洋面）。战船一十七只（妈宫汛七只，拨防内海妈宫澳、新城、东港并港口一只，分防外海八罩汛二只，分防外海嵵里汛二只，拨随副将出洋总巡二只，分巡八罩洋面四只（乾隆二十五年内裁一只）；绥一、绥二、绥三、绥四、绥五、绥六、绥七、绥八、绥九、绥十、绥十一、绥十二、绥十三、绥十四、绥十五、绥十六、绥十七）、炮台六座（妈宫澳一座、八罩汛三座、嵵里汛二座）、烟墩六座（八罩汛三座、嵵里汛三座）；右击一员（驻防内海妈宫汛）、守备一员（分巡西屿头洋面）、千总二员（一员驻营游防妈宫汛；一员分巡外海大北山、瓦硐港、赤嵌澳、通梁港等汛）、把总四员（二员驻防妈宫汛，一员分防妈祖湾港口；一员分巡外海西屿头、内外堑，兼辖竹篙湾、缉马湾、小门等汛），步战、守兵一千名（内地按班拨戍。内以三百三十三名，驻防内海妈宫汛；以五十六名，拨防妈祖澳、新城并内海新城西港；以五十名，分防内海妈祖澳港口；以一百七十三名，分巡外海西屿头、内外堑，兼辖竹篙湾、缉马湾、小门等汛；以一百名，分巡外海大北山、瓦硐港、赤嵌澳、通梁港等汛；以九十名，拨随副将出洋总巡；以一百九十八名，分巡西屿头洋面）。战船一十六只（妈宫汛九只，妈祖澳港口一只，分巡外海西屿头、内外堑等汛一只，分巡外海大北山、瓦硐港等汛一只，随副将出洋总巡二只，分巡西屿头洋面四只（乾隆二十五年内裁二只）；宁一、宁二、宁三、宁四、宁五、宁六、宁七、宁八、宁九、宁十、宁十一、宁十二、宁十四、宁十五、宁十六、绥十八）、炮台三座（外海西屿头）、烟墩六座（外海西屿头五座，大北山、瓦硐港一座）。
武职共一百一十四员，战、守兵一万二千六百七十名。战船八十九只。
附考
康熙二十二年，上谕吏、兵二部：『向来海寇窜踞台湾，出没岛屿、窥伺内地，扰害生民。虽屡经剿抚，余孽犹存；沿海地方，烽烟时警。迩者滇、黔底定，逆贼削平；惟海外一隅，尚梗王化。爰以进剿方略咨询廷议，咸谓海洋险远、风涛莫测，长驱制胜，难计万全。朕念海氛不靖，则沿海兵民弗获休息；特简施琅为福建水师提督，前往相度机宜，整兵进征。该提督忠勇性成、韬钤夙裕，兼能洞悉海外形势，力任克期可奏荡平。遂训练水师、整顿战舰，扬帆冒险，直抵澎湖鏖战力攻，大败贼众、克取要地，立奏肤功，余众溃遁。台湾慑服兵威，乞降请命，已经纳土听候安插。自明朝以来，逋诛贼寇，始克殄除；濒海远疆，自兹宁谧。此皆该提督矢心报国，大展壮猷，筹划周详、布置允当，建兹伟伐，宜沛殊恩。施琅着加授靖海将军，封为靖海侯，世袭罔替；以示酬庸。前进剿云南官员各加一级，兵丁赏赍一次；顷因该提督所统官兵出海进剿，勤劳堪念，已经照云南例加