归顺，使庄允持书告之。允以书示庄子才。时子才馆于道役，巡道永福廉知之，使杨廷理讯问，得其实，乃使赍札谕之降。及锡舍攻大南门，先夕遣来告，遂乘间入诣投诚。常将军使建功自赎。时贼四面攻击，日夕将退，锡舍倒戈相向，呼声动地，杨廷理与游击蔡攀龙乘势追杀，贼败去。锡舍南驻大湖，愿立功自赎。自是贼中有谋，锡舍皆泄于我。夏四月乙巳，广东肇庆协副将官福，领兵二千五百人，香山协副将谢延选领兵一千五百人，至郡北二十里。麻豆等三十八庄，守庄民乞兵告急，常将军以三百人应之。庄陷，千总庐思聪阵亡。五月丁丑，常将军克南潭庄，锡舍擒伪女军师金娘及其众，获南路伪元帅王坑郎及贼党林洪。乙酉，福州将军授参赞恒瑞与侍卫八人，领兵一千人，温州镇总兵魏大斌、副将詹田擢，以兵一千五百人往诸罗，困于鹿仔草。复令游击蓝田玉以千人由海道往。贼集如蚁，方攻诸罗。柴大纪发大炮击之，毙贼叶省，大斌不能进。秋七月庚辰，大斌自鹿仔草请济师。癸酉，以侍卫二人及参将特克什布、游击张万魁领兵一千四百人，往大斌军，复进战不利，不能达诸罗。丙戌，广东游击马文龙领兵一千人至。八月庚子，按察使李永祺来，奉廷寄饬令进兵诸罗，擢柴大纪为水师提督，授参赞。丙午，广东副都督博清额、江宁将军永庆领兵至。辛亥，常将军遵旨北征。时霪雨连旬，水平四野，我军自内地来者，十病五、六，郡城以外，尽为贼踞。署知府杨廷理与众会议，谓大兵一动，贼必乘虚攻郡，轻重得失，不可不审，遂以白于将军。已而城外之贼，已侦知我兵将行，分三路直犯大营。将军亲统大兵出战，贼退，乃不果行。癸丑，提督蓝元枚卒于鹿港。甲寅，贼攻大营。于是遣兵将相继援诸罗，霖雨中田水阻深，军装尽湿，鎗炮不施。副将贵林辈军陷于正音庄。贵林及诸将皆战死，惟副将蔡攀龙、参将孙全谋溃围入于诸罗。语在攀龙传。北路贼前后陷乡庄，不可胜计。贼党分踞牛稠山、大埔林、打猫、斗六门、水沙连、庵古坑诸处。诸罗困围日久，民食草根荳■〈艹〈黑告〉〉，而贼营米榖堆积。诸罗民有夜出偷米者，贼众获见，爽文必杀之，无有释者。募获偷米民者有重赏。由是诸罗民甘于死守。九月，擢同知杨廷理为台湾府知府。
先是，八月中有旨以大学士陕甘总督嘉勇侯福康安为将军，超勇侯海兰察领队大臣普尔普、舒亮、四川将军鄂辉为参赞，统领巴图鲁侍卫一百二十余员，调湖南兵二千人、贵州兵二千人、广西兵三千人、四川屯练番兵二千人，赴台湾剿贼。冬十月二十有九日癸亥，至于鹿港。先使驰檄招徕，凡不从贼者，给与盛世良民旗一杆，领归守庄，得无罪。于是侯定计先清北路。十有一月丁卯，贼败于八卦山。已巳解诸罗围，癸酉搜剿诸罗近山贼庄，皆破之。癸未攻复斗六门，乙酉，进兵水沙连，尽破山内贼庄。丁亥，灭大里杙。十有二月丁酉，破集集埔，缚爽文父林劝、母曾氏，妻黄氏及其弟垒。辛亥剿小半天，擒贼林追、林二、林添、孙东海、王若敬等。爽文遁入番社。福侯使通事领番兵守阿里山，将军恒瑞、总兵许世亨守小半天山下，总兵普吉保守科仔坑口，领队普尔普守科仔坑，将军鄂辉、总兵穆克登阿守小半天，副将格绷额守清水沟。又使参将张奉廷防淹水庄，参赞舒亮防归仔头，参将琢灵阿防集集埔，游击叶有光防卢厝庄，翼长六十七、游击吴琇分防大里杙，守备潘国材分防东大墩，都司敏禄防军功寮，副将徐鼎士防沙里巴来，游击裴起鳌防犁头店，同知徐梦麟由三貂横截蛤仔难。知府杨廷理督运各路粮饷。福侯自与参赞海兰察遍搜山谷番社。数日间擒杀六千余贼，获鎗炮刀矛数千。余匪四散。五十有三年春正月
四日丁卯，获北路贼首林爽文于老衢崎及其弟跃兴、贼党何有志。癸酉，巡抚徐嗣曾抵台湾。丁丑，嘉勇侯进兵剿南路。丁亥复凤山城。二月戊戌，获南路贼首庄大田于琅■〈王乔〉及其弟大韭、母黄氏，贼党简天德、许光来、许尚辈四十余人。大田囚至郡，病亟，即磔之。其养子天仪、天养，孙阿若，妻卢氏，媳陈氏，与北路贼党蔡福、谢桧、叶省辈各家属，及爽文弟林勇，又贼党陈宁、陈秀英、陈泮等凡数百人。至传会之严烟，首陷大墩之刘升，皆缉获，槛致京师。余咸斩于市。是役也，台南北千余里，贼众不下百万，自福侯至，凡三阅月，兵无停机，奸无漏网。深山穷谷，搜剔靡遗。过郡城不入，马无息足。其所经略措置，具详福侯传，不复载。南北路悉平。庚戌，嘉勇侯福康安班师，入台湾郡城。超勇侯海兰察、领队普尔普及侍卫巴图鲁，俱领兵内渡。将军常青、恒瑞奉旨入京。柴大纪贻误军机，革职拿问。按察使李永祺、巡道永福，俱被议。以蔡攀龙为水师提督，梁朝桂为陆路提督，张芝元为建昌总兵，普吉保补台、澎镇总兵。以新授福州将军魁伦渡台协理善后事宜，以台湾府知府杨廷理护理台湾道，以淡水同知徐梦麟署台湾府知府。其余官将，各升赏有差。义民首有功者，俱得擢用。其它奏办事宜，悉见福侯传。
嘉庆十年（乙丑）冬十一月二十四日，海逆蔡牵由沪尾入踞鹿耳门。十二月二十四日，浙、闽水师提督李长