波涛震惊，滨海居民鱼盐、蚕织、耕获之利，咸失其业，朕心恒悯恻焉。迩者滇、黔、陇、蜀、湖、湘、百粤，悉底敉寗；蕞尔台湾，险阻负固。尔施琅奉命徂征，决策进取，楼船所指，将士一心，遂克岛门，逼其营窟；勇以夺其气，诚以致其归。捷音到阙，时值中秋；对此佳辰，欣闻凯奏，瀛壖赤子获登袵席，用纾南顾之忧，惟尔丕绩。即解是日所御之衣驰赐，载褒以诗：『岛屿全军入，沧溟一战收。降帆来蜃市，露布彻龙楼。上将能宣力，奇功本伐谋。伏波名共美，南纪尽安流』。
二十三年四月，上谕户部、兵部：台湾僻处海外，新入版图，应设立郡县营伍，俾善良宁宇，奸宄消萌。教化既行，风俗自美；着于赤嵌设台湾府，附郭为台湾县，凤山为凤山县，诸罗为诸罗县；设一道员分辖。又设总兵一员、副将二员、兵八千名，分为水陆八营。澎湖设副将一员、兵二千名，分二营，设游击、千、把等官。
二十三年，御祭护国庇民妙灵昭应宏仁普济天后圣母文：『国家茂膺景命，怀柔百神，祀典具陈，罔不祗肃。若乃天休滋至，地纪为之效灵；国威用张，海若于焉助顺。属三军之奏凯，当专译之安澜。神所凭依，礼宜昭报。惟神钟灵海表，绥奠闽疆，昔籍明威，克襄伟绩，业隆显号，禋享有加。比者虑穷岛之未平，命大师之致讨；时方忧旱，光泽为枯，神实降祥，泉源骤涌；因之军声雷动，直捣荒陬，舰阵风行，竟趋巨险。灵旗下台，助成破竹之功；阴甲排空，遂壮横戈之势。至于中山殊域，册使遥临，伏波不兴，片帆飞渡。凡兹冥佑，岂日人谋？是用遣官，敬修祀事。溪毛可荐，黍稷惟馨。神其佑我家邦，永着朝宗之戴；眷兹亿兆，益宏利赖之功。惟神有灵，尚克监之』！
二十四年三月，福建提督侯施琅奏请恤赏进剿澎湖伤亡兵丁，部覆：毋庸议。上谕大学士等：凡军功议叙、恤赏，俱关紧要。如迟延日期，往返咨查，恐奸宄之徒舞文作巧，易生弊端。朕思此等贫兵，早给一日恤赏，使得早受一日实惠。此后着一概速行议恤。
五十一年十一月，上谕大学士李光地曰：张鹏翮疏奏，福建水师甚紧要。朕思台湾、澎湖之地，关系甚大；海坛、南澳，不甚紧要。
六十年十月，上谕大学士等曰：福建总督、巡抚、提督俱奏请台湾添兵。朕意添兵无用也。台湾地方，水师着副将一名、兵三千名驻扎；陆路营着副将一员、兵二千名驻劄。水师有事，陆路可以照应；陆路有事，水师亦可照应。其台湾总兵官移于澎湖，亦着兵二千名驻扎，令其管辖，均有裨益。至驻扎之兵，不可令台湾人顶补，俱将内地人顶补。兵之妻子，毋令带往；三年一换。
乾隆二年上谕：朕查闽省澎湖，地系海中孤岛，并无田地可耕。附岛居民，咸置小艇，捕鱼以餬其口。昔年提臣施琅倚势霸占，立为独行，每年得规礼一千二百两；及许良彬到任后，遂将此项奏请归公，以为提督衙门公事之用，每年交纳，率以为常。行家任意苛求，鱼人多受剥削，颇为沿海穷民之苦累。着总督郝玉麟，宣朕谕旨，永行禁革。其现在捕鱼船只，饬令该地方官，照例编号稽查办理。此项陋规，既经裁除，若水师提督衙门有公用必不可少之处，着郝玉麟将他项银两酌拨数百金补之。
十九年上谕：喀尔吉善等奏，台湾、澎湖等处，飓风顿作，沉失商渔船只、坍塌民房，田禾间有刮损，诸罗、彰化二县被灾较重等语。台湾地居海外，贫民猝被风灾，殊堪悯恻。着该督抚查明被灾户口，加以抚绥。所有本年应征地丁钱粮，照例分别蠲缓。食贫民，酌借口粮，妥筹接济。其坍塌房间、击沈船只，查明给与修费及掩埋之资。仍乏督饬属员，安心查办，务使灾黎均沾实惠。至应行拨运内地补仓米榖，并着暂停运，留备赈恤之用。该部即遵谕行。钦此！
嘉庆十七年二月上谕：据武隆阿等奏，澎湖地方偶被风灾，捐赀购买薯丝前往接济一摺。澎湖地方，上年雨泽愆期，小米、膏粱收成歉薄；自八月二十一日以后，飓风连作，花生又多被吹毁。该处孤悬海岛，闾阎向鲜盖藏，贫民口食维艰。前据汪志伊等奏到时，业经批交该督等，将被灾情形、又应如何酌量抚恤之处，查明速奏。着汪志伊、张师诚，即遵照前旨，据实查明，妥速办理。其武隆阿先行捐办之薯丝二千七百石，即着作正开销，毋庸该镇道捐廉归补。钦此！
道光十二年奉上谕：上年澎湖地方早稻歉收，又飓风，晚收更减；业经该通判借给义仓钱文以资餬口，并兴、泉、永道带银同台湾府解往薯丝银钱。除该道平庆等捐廉归补银二千两外，其实在动用若干，同给过丁口名数，着照例造册，咨部核实，拨项归补。所借义仓钱文，应俟本年秋收缴还。至捐输民人陈均哲等，着照例奖励。所有澎湖厅应征道光十二年分地种、舡网、沪缯等项钱粮，又上年未完下忙民欠银两，着加恩准其旧粮缓至本年秋获后征收；本年钱粮着缓俟道光十三、四两年带征，以纾民力。钦此！
二十三年三月，上谕军机大臣等：据达洪阿等奏，通筹经费，分别撤留兵勇一摺。现在台湾南北两路地方平靖，■〈口英〉夷亦经受抚，虽沿海未便撤防，而帑项不可虚縻，自当随时撙节