既无及时可补之船，则船厂委官亦为虚设。即今漕运狼狈已极，最要者莫先于船只。除将节次取到芜湖、杭州二抽分厂拖久木价并扬州府人匠，共银二万九千二十三两九钱四分，给还上年赊借木客银一万三千四百八十三两，余银一万五千五百四十两，择委管厂把总指挥王端，会同守备仪真等处署都指挥蔡霖、扬州府同知常会，于仪真地方，两平收买楠木二千一十四根，约彀造船三百三十三只，每只给见银四十五两，共享价银一万四千九百八十五两，外船一百九十九只八分，扣该用楠木一千二百根，共该银八千九百九十一两。今止有余银五百五十五两，外少银八千四百三十六两。又差指挥等官陈章等，前去芜湖抽分厂支取，就于湖广地方收买未到，即今江北把总杨仁总下高邮、扬州等卫粮船，已于十二月二十五等日陆续过淮。其余梁端等总下卫所船粮，臣等差官分投催攒。其酆良等十二总缺船二千四十四只，该运正耗本色粮米实是缺船装运，未免仍前雇觅民船装运。其所雇船价必于粮耗轻赍银内取用，倘有不敷，借倩累军，诚为漕运大害。况各官军该得俸月等粮，连年未支，十分疲敝。加之船只缺少，负累逃亡数多，管运官员束手无策，漕规废坏，至此已极。臣等伏睹正德十六年四月二十二日诏书内开，荆州、杭州、芜湖三处抽分厂，专为打造粮船成造供应器皿而设，以省科派小民之计。近来南京各监局相沿具奏，差人赴芜湖厂支取杉、篙等木数多，又有内官监差官中半抽分二年有余，致将造船银料不敷支给，累及运军，出利揭债，缺船运粮，耽误国计。今后南京各监局合用竹木，听于本处龙江瓦屑神木厂并真定、芦沟桥等抽分厂支取，其内官监原差抽分太监李文等，诏书到日即便回京，以后不许援例奏差，钦此钦遵。臣等有以见皇上洞察运船缺少之害，明诏复其旧例，清江、卫河二提举司造船料银不患拖欠之弊，漕运之幸，朝廷之幸也。为照该部所议，如或工料不敷，查照旧例。如该军办，径呈漕运衙门；如该官给，径呈本部，各另催派足数应用。隶江南、江西、浙江、湖广等总浅船，备行各处巡抚都御史督同守巡、知府等官，责限各该军卫有司，查照旧例，军办若干，官给若干，出办补造。如是工料不敷，径呈巡抚、巡按衙门设法拨补，足数应用。通限一年之内补造完足，备细造册奏缴，固为明白。臣等查得卫河提举司造船料价递年不缺，其清江提举司额该浅船五千三百二十八只，十年一次打造。每年该造浅船五百三十二只八分，每船一只，该大料银五十九两八钱，小料银五两二钱，共银六十五两，通该共银三万四千六百三十二两。年例取芜湖抽分厂银一万四千五百四十两，杭州抽分厂银一万三千二百四十两，共该银二万七千七百八十两。全数解到，止彀造船四百六十四只五分，大料尚欠船六十八只三分，不敷料价银四千八百余两。原无坐派，及查各卫军办料银，每船该银三十五两，以船五百三十二只八分算，该银一万八千六百四十八两，年例止派银九千五百八十两五钱，不敷银九千六十七两五钱，俱因不彀一分打造之数，连年赊借木料，亦由于此。其节年事故船二千四十四只，系无底船下落，每年额造以外之数，亦无料价。纵行各巡抚等官，不过催完年例军三民七料银，止彀打造见年一分之数，前项船只终无银两，难以成造完足。臣等猥以凡庸，受兹重托，急欲完补运船，以复漕运。但今缺船数多，料价动以万计，委的无从区画，夙夜忧惶，偶有管见，不容缄嘿。如蒙伏望圣恩，轸念漕运兵食军国大计，运船不足，粮运攸系。乞敕户、工二部会议，转行巡按南直隶并浙江监察御史，会同各该监兑主事，将芜、杭二抽分厂并苏、淮、扬三府各年拖欠银两，逐一清查，将已收在官者，并见年征完银两，尽数解淮，转发清江提举司，两平买木督匠打造。其拖欠无征银两，遇蒙恩宥宽免，似难再征，所司无从完报。合无将两淮运司见收没官引盐内，准给三十万引，招商纳银，每引一道，赴两淮运司收银伍钱，共凑银一十五万两，分发各提举司及江西、湖广等都司买料，上紧打造，庶得补足节年漂流、烧毁、损失、盗卖缺少之数。船无缺欠，不误领运，而京储重务，免致延迟，漕司旧规亦有修举之望矣。
嘉靖元年，运军许带土宜，附搭客货者参问。户部题：查得旧例，每粮船一只，许带土宜二十石。又见行事例内一条，漕运船只，除运军自带土宜货物外，若附搭客商势要人等酒曲、糯米、花草、竹木、板片、器皿、货物者，将本船运军并附带人员参问发落，货物入官。其把总等官有犯，降一级回卫，带俸差操。合行漕运衙门，并攒运郎中，及巡河御史，管仓、管洪、管闸郎中、主事，每季终将修理过河道工程，采办过桩草钱粮，催攒过轻重粮船数目，与夫水程深浅缘由，造册奏缴，仍报户、工二部并漕运衙门查考，以为各官任内政迹。若有仍图安逸废政者，听科道官访察举劾。
二年，不许变卖拆毁坏船。户部题：成化九年，工部题准，总督、总兵等官转行各处卫所，将运粮官民料造船只，每只出印信文凭一纸，开写原编字号、料力、打造缘由，付与驾船旗军收执运粮。如遇粮完，某船损坏，不堪驾使，明白告