，令其与福州府分修，议于部价津贴运费外，每船捐贴百五十金，续交盐粮，厅代修其半，道镇协营厅县共襄厥事。迨后专责知府，并将道船亦归于府。雍正三年，两江总督查弼纳题准设立总厂于通达江湖之所，百货聚集，鸠工办料，均属省便，每年派道员监督领银修造，再派副将或参将一员，公同监视，务节浮费，均归实用。部价不敷银两，历来州县协贴，仍应如旧。复经总督满保会题，将台、澎战船九十八只，于台湾设厂，委令台湾道协监督修造。于是各政尽归台厂，而道协责任独重矣（旧「郡志」）。
每船载杉板船一只，以便登岸，出入悉于舟侧，名水仙。门碇凡三，正碇、副碇、三碇（正碇一名将军碇，不轻下）入水数十丈，棕藤草三緪，约值五十金。奇碇先用铅锤试水深浅，绳六、七十丈，绳尽犹不至底，则不敢寄。铅锤之末，涂以牛油，沾起沙泥，桅师辄能辨至某处。有占风望向者，缘篷桅绳而上，登眺盘旋，了无怖畏，名曰亚班（「赤嵌笔谈」）。
南北通商，每船出海一名，即船主。柁工一名，亚班一名，大缭一名，头碇一名，司杉板船一名，总铺一名、水手二十余名、或十余名。通贩外国，船主一名，财副一名，司货物钱财。总捍一名，分理事件。火长一正一副，掌船中更漏及驶船针路。亚班柁工各一正一副。大缭二缭各一，管船中缭■〈纟索〉。一碇二碇各一，司碇。一迁二迁三迁各一，司柁■〈纟索〉。杉板船一正一副，司杉板及头缭。押工一名，修理船中器物。择库一名，清理船舱。香公一名，朝夕焚香楮祀神。总铺一名，司火食。水手数十名（「赤嵌笔谈」）。
海船按十二支命名：船头边板曰鼠桥，后两边栏曰牛栏，柁绳曰虎尾，系碇绳木曰兔耳，船底大木曰龙骨，两边另钉弯杉木曰水蛇，篷系绳板曰马脸，船头横覆板插两角曰羊角，镶龙骨木曰猴楦，抱桅篷绳曰鸡冠，抱碇绳木曰狗牙，拄桅脚杉木段曰桅猪（「赤嵌笔谈」）。
旧制艋舺营，额设战船分防艋舺渡头大鸡笼等汛。嘉庆十五年，就台协水师裁拨战船到淡添防。道光四年，艋舺游击改为水师参将，暨噶玛兰营都司、守备，皆归参将统辖。水师额设战船六只，添设守港战船八只。同治六年改配龙艚四只。凡哨船，例限六年一大修，三年一小修。满限之时，驾赴兵备道军工厂修造。每年参将守备驾船分巡所辖洋面，上至苏澳，下及南嵌等处，常川梭巡，查缉洋匪。噶玛兰乌石港沙汕之外，即系大洋，港道窄小，不能安设水师营哨。惟每届春夏之交，南风盛发，着艋舺营水师守备因巡哨之便，驾驶本营哨船，在港口常川巡哨，遇盗兜擒。地方有事，准噶玛兰通判侈会艋舺营拨带兵船前往策应。
雍正六年奉上谕：『台湾总兵王郡奏称：「台湾换班兵丁，例由内地派拨；而其中有字识、柁工、缭手、斗手、碇手等人，向来多系雇募本地之人，冒顶姓名，并非实有兵丁更换。至字识、柁缭、斗碇，等务换班兵丁不能通晓，请照随丁之例，就地招募，给以粮饷」等语。此事从前总兵俱未经陈明，王郡能据实奏明，甚为可嘉。但朕思海洋操练，水师惟柁缭、斗碇，关系最为紧要。凡在兵丁之身命皆操于数十人之手。若不更换内地兵丁，而常令彼地之人执司其事，似有未便。朕意柁缭、斗碇等务，兵丁虽未能骤熟，但未尝不可学习而能，应于换班之内，挑选兵丁，随现今雇募之人学习。如雇募有三十名，即于兵丁内挑选三十名，随彼学习三年。换班之时，将雇募之人裁省，留此习熟之三十名兵丁，教习后班之兵丁。此所留兵丁，至六年然后换班，后班兵丁皆照此例留换；则新旧更番迭相传习，皆可熟知柁缭斗碇诸务矣。此事着史贻直会同高其倬、刘世明妥议具奏。又王郡奏称：「赴台兵丁，向例俱将一营之数十人，分散数处戍守，难以训练。嗣后请匀拨一处」等语。所奏甚是。但从前何以分散防守，或有别故，亦未可定。亦着史贻直会同高其倬等明奏闻，钦此』遵旨议准，嗣后台湾各水师营碇、缭、斗三项，拣选兵丁，学习更换，以六年为期，着为定例。如各营将弁不勤加查管训练，以致操驾生疏，及仍有隐瞒不换者，一经察出，将该管将备千把，照溺职例革职；总督、提督、总兵官、交部严加议处。其柁工又关紧要，各船正碇准以九年为满，令其更换。再有杉板工一项，专管驾驶杉板小船，亦照碇缭斗一例，教习更换。其字识仍照旧例三年为满。但内地各营送往更换时，令水师提督亲加考验。如各营将不能书写之人充数，即会同总督将该管将备参处。其旧时字识总兵副将衙门暂留二人，参游以下暨留一人。再限六个月，令将各项旧案粮册，详细交代明白，方令各回内地。至台湾十一营兵丁，俱从内地五十二营派拨。其更换之时，必令一营之兵丁分散防御，不令彼此私相联络。立法之初，实有深意，应仍照旧例遵行。台湾环海依山。欲内安必先守山，欲外宁必重守水。守山之法劳而易，守海之法逸而难。盖陆地之防，惟在严斥堠慎盘诘，实心卫民，勿以扰民。不过得其人以任之而已。水地之防，必资于船。多设船，则有篷桅缆碇修葺之工费，岁需不赀。是在主计