，克之（「通志」。台湾县「旧志」：『居益上言夷势愈炽，非用兵不可；因列上调兵足饷方略，部议从之。正月，遣将城镇海，且战且筑。夷退风柜城，居益攻击数月，犹不退；乃大发兵，命谢隆仪、俞咨皋、王梦熊三路齐进。夷窘，两遣使求缓兵，容运米入船即退去。诸将以穷寇莫追，许之；逐扬帆去。独渠帅高文律等十二人据高楼自守，破之，献俘于朝；余寇遁归台湾，澎湖之警以息』）。
六年春，海寇郑芝龙犯厦门（「县志」：『芝龙小名一官，字飞黄；南安石井人。亡命日本，取倭妇生子成功。复去为盗，与颜思齐等辟台湾。思齐死，众推为魁；劫掠闽、广间。至袭漳浦、旧镇，泊金、厦树旗招兵；旬日之间，从者数千。勒富民助饷，谓之「报水」』）。五月，游击卢毓英攻郑芝龙不克，败入厦门（「东平纪略」：『二月，都司洪先春战败，巡抚朱一冯檄毓英会剿。芝龙分遣诸弟芝虎、芝豹扮商船散泊岛美、浯屿、东椗各澳，及战，毓英轻敌被擒；芝龙不杀，且露就抚意，纵之归。毓英白其情，俞咨皋不听，被劾下狱』）。
七年夏六月，芝龙自旧镇犯中左所；总兵俞咨皋战败，芝龙入据之（「通鉴」。「东平记略」：『咨皋之劾毓英也，巡抚朱一冯责其坐视。咨皋檄千户冯胜、百户杨世爵与芝龙战，败绩，胜、世爵赴水死。九月，复檄副总兵陈希范出师，阵方交，希范遽遁；把总洪应斗、张选举战死。十月，咨皋大征各卫所军赴厦会剿，战于将军澳，互相攻击；芝豹从东椗突至，咨皋传令游击商世禄分御。方转舵间，诸将误为退师，全■〈舟宗〉哄乱不能制，遂败走。芝龙追至浯屿，日暮收泊；明朝乘潮入厦，指挥傅珪御战南山，失利，咨皋走海门。中左人开门求不杀，遂入据之。芝龙约束麾下，竟不侵扰』）。
崇祯元年春，芝龙由中左所攻铜山（「漳州府志」）。秋七月，芝龙降于巡抚熊文灿（「通鉴」。「南疆绎史」：『芝龙先尝受抚于泉州知府蔡善继，以不厌所望，叛去。是年部议招抚，泉州守王猷请出卢毓英于狱，往谕降之；授游击，累迁至都督。时海盗蜂起，洋舶非郑氏令不行；上自吴淞、下至闽广，富民「报水」如故。岁入例金千万，自筑城安平寨，拥重兵专制滨海』）。
二年夏四月，寇夜薄中左所（「纪事本末」：『广东总兵陈廷对约芝龙剿盗，芝龙战不利，归闽。不数日，寇大至，犯中左所近港；芝龙又败，寇夜薄中左所』）。
三年，红毛犯中左所，游击郑芝龙焚走之（台湾县「旧志」：『芝龙募龙溪人郭任功率十余人，夜浮荷兰船尾，潜入焚之；余悉遁去，不敢窥内地数年』）。
六年，红毛突入中左所，巡抚邹维琏击走之（「东林传」：『红夷攻闽霜山，巡抚佥都御史邹维琏檄芝龙急击之。芝龙以粤寇未靖，后期不至；自引兵至福宁与战，红毛突入中左所，焚战舰、伤官军。维琏乃还福州，趣发檄漳、泉募战士、犒有功，授诸将方略，水路并进，复乘小舟出奇击贼，诸将皆奋；芝龙自福宁来，亦誓死战，斩获无算，贼遁入大洋。维琏上疏，以霜山之役，芝龙纵夷罪；芝龙方有内援，维琏复以党东林为政府所忌，下部议罪。亡何，贼复犯石湾、海澄、同安诸处，维琏皆击走之。先后捷上，复自劾不能平贼，为芝龙所误；而吏议已下，竟夺维琏官。是时维琏方大集舟师，自漳州调发诸军至铜山，与贼遇，苦战凡八昼夜，大败之；生擒酋长数十人，焚其舟舰、器械略尽。捷闻，上命只论将士功。维琏破贼班师还福州，始知罢官；上疏自明，不报。遂归』）。七月，海澄知县梁兆阳夜袭红毛于浯屿；破之（「漳州府志」：『红毛入料罗进窥海澄；兆阳率兵夜渡浯屿，袭破之，焚其舟三、获舟九』）。
国朝顺治三年秋，郑彩、郑联踞厦门（「府、县志」作元年，误。「南疆绎史」：『彩，南安人。福王时，为水师副将；唐王驻福州，进永胜伯，加副元师。寻为右先锋，出江西以援抚州围；军溃，弃广信，削职。时芝龙密彻关兵，彩遁踞厦门；北迎鲁监国于舟山，监国进彩建威侯及弟联定远伯。冬十一月，奉王次厦门。芝龙方降附，密令执王归命，彩不可。明年，奉王改次长垣；进彩建国公，诸镇皆恶其专横。及王次健跳，彩竟弃王去。后卒于岛』）。
四年，郑成功屯兵鼓浪屿（「南疆绎史」及各志：『成功，芝龙娶倭女所生；有异表。本名森，字大木。七岁归自倭，十五饩于庠。唐王入闽，谒见，王奇之，抚其背曰：「惜无一女配卿」！赐姓朱，改名成功；故曰国姓。命典禁旅，日侍左右，辄以驸马都尉体制尊宠之；封忠孝伯，佩招讨大将军印。福州破，母死于兵。芝龙议降，持裾泣谏，不听。携所著儒巾，赴文庙焚之；与所厚陈辉等九十余人，带一旅遁入金门。随往南澳收集余众，得数千，移屯鼓浪屿。苦无资，适有日本舶来，询之郑仆也；命出资佐军。仆辞以未得主母命，成功立斩之；招兵制械。屡犯泉、漳属邑，遥奉粤中朱由榔年号。六年秋七月，由榔遣使诣岛，封漳国公。寻进延平郡王』）。
七年秋八月，成功并彩、联军