自立于江南；诏至，良玉时在汉阳，有异言。腾蛟赴良玉军争之，而良玉参军卢鼎亦言于良玉，乃开读如礼。八月，王加腾蛟兵部侍郎兼抚湖南，寻以故官总督湖南、四川、云南、贵州、广西军务。乙酉，南京有北来太子事，良玉遂带兵东下。邀腾蛟与俱，不可；则尽杀城中人以劫之。腾蛟急解印付家人速走，将自刎，为良玉部将拥去；舟至汉阳，腾蛟乘间跃入水中，漂十余里遇渔舟，救之起，则关壮缪庙也。而所遣家人怀印者亦在，相视大惊；遍觅渔舟已不见，盖有神佑之。腾蛟乃从宁州转浏阳，抵长沙，集属吏，痛哭盟誓；权令堵胤锡摄湖北巡抚，傅上瑞摄湖南巡抚，章旷为总督监军，周大启提督学政；严起恒衡永道，督二郡军食。吴晋锡以长沙推官摄柳桂道。
随遣旷调黄朝宣、张先璧、刘承胤等兵先后俱至，而良玉已死。
五月，唐王自立于福州；王素知腾蛟贤，委任益至。李自成死，其将刘体仁、郝摇旗等观望无所归，腾蛟遣部将万大鹏招之。摇旗等大悦，与大鹏俱至长沙，腾蛟开诚抚慰；于是蔺养成、王进才、牛有勇皆来归，骤增兵二十余万，军声大振。既而，自成都将李锦、高必正率众逼常德，腾蛟命胤锡抚之，亦来降。于是，自成余党悉归腾蛟，一时诧异事。而腾蛟上疏言：元凶已除，宜告郊庙；不言己功。唐王大喜，拜腾蛟东阁大学士兼兵部尚书，封定兴伯，仍督师规取两江。于是，腾蛟部署降卒，参以旧军，乃题授黄朝宣、张先璧为总兵官，刘承胤、李赤心（即李锦改名）、郝永忠（即郝摇旗改名）、袁宗弟、王进才及董英、马尽忠、马士秀、曹志建、王允成、卢鼎并开镇湖北：时所谓十三镇者也。丙戌正月，腾蛟拜表出师，李赤心败于湖北；腾蛟威望自此损。
已而，唐王死于汀州；腾蛟闻之，大恸。永明王立，以腾蛟为武英殿大学士，加太子太保。
丁亥，大兵逼长沙，腾蛟不能守；单骑走衡州，长沙、湘阴尽失。时，守衡州者卢鼎；而张先璧率兵突至，鼎不能抗，走永州。先璧遂挟腾蛟走祁阳，趋辰州。腾蛟脱还，赴永州；甫至，而鼎部将复大掠；鼎光道州，腾蛟与侍郎严起恒走白牙市，大兵遂平衡、永。于是，前所置十三镇者，皆起而为盗。
未几，部将周金汤复永州。六月，腾蛟在白牙市，诸将皆不用命。刘承胤由小校，腾蛟荐至大帅，封定蛮伯；尤忌腾蛟。于是，腾蛟与为姻；奏王，进安国公勋上柱国。而承胤益骄，忌腾蛟出己上，欲夺其权；腾蛟固无如承胤何也。于是，腾蛟无兵，王命云南援将赵印选、胡一青兵隶之。
八月，大兵破武冈，常德、宝庆尽失，永安亦再失。王由柳州将返桂，而城中唯焦琏一军，兵孱甚；腾蛟率印选、一青入助，会卢鼎亦以兵至，桂林乃安。
戊子正月，加腾蛟太帅，爵世侯。二月，郝永忠、赵印选兵大掠桂林。大兵侦知，直抵桂北门；腾蛟与琏、一青分门拒守，大兵乃还。
三月，李成栋以广东叛归于王，大兵暂回。于是，腾蛟复全州，保昌侯曹志建、宜章侯卢鼎、新兴侯焦琏、新宁侯赵印选复永州，职方主事李甲春复宝庆，诸将复衡州，马进忠复常德。腾蛟议进兵长沙，适李赤心自夔州至，督师堵胤锡令进忠以常德让赤心；进忠大怒，尽驱居民出城，焚庐舍，走武冈。诸将皆空城走，腾蛟闻之大骇。己丑正月，携吏卒三十人邀赤心；赤心至湘潭，见空城也，不守去，腾蛟入湘潭。大兵见腾蛟入空城，遣徐勇入之。勇故腾蛟部将，劝腾蛟降，腾蛟不从，乃拥之去，绝粒七日不死，乃杀之。腾蛟所居有神鱼井，井故无鱼也；腾蛟生，鱼忽满井，皆五色。腾蛟既遇害，井鱼亦空。
瞿式耜殉粤
顺治二年（乙酉）八月，福王起原任户科给事中瞿式耜为应天府丞；旋擢右佥都御史，代方震孺巡抚广西。时，靖江王亨嘉据桂林，式耜与焦琏定计，令思恩参将陈邦傅以兵攻桂林，破之；王被擒，杀于福州。
九月，唐王死于汀州；式耜与魁楚奉永明王由榔监国肇庆。王拜式耜吏部右侍郎、东阁大学士，兼掌兵部事。十月，王闻赣州破，将趋梧州；式耜争之，不能得。十一月，唐王弟聿■〈金粤〉据广州，总督林佳鼎败殁；式耜视师峡口。
四年（丁亥），王师破广州、入肇庆，遂逼梧州，巡抚曹晔降；遂袭平乐。王将奔全州，式耜疏言：留粤则粤在、去粤则粤危，我进一步人亦能进一步，我去速一日人来亦速一日；去而不守，则拱手送矣。言甚切至。王不听，遂奔全州；而进式耜文渊阁大学士兼吏、兵两部尚书，守桂林。
三月，大兵薄桂，突入文昌门登城楼，以瞰式耜署；援将焦琏拒战甚力，式耜亦身立矢石中与士卒同甘苦。援兵索饷而哗，式耜括库不足，妻邵捐簪珥助之；故人无叛志。既而，主客兵不和，琏兵噪而去，城几破矣；会陈邦彦攻广州，大兵引而东，桂林获全。于是，焦琏复阳朔、平乐，陈邦傅复浔，合兵复梧州。王闻捷，封式耜临桂伯、琏新兴伯，余进秩有差。十一月，大兵自湖南逼桂林，式耜与何腾蛟拒却之。