，欲俟大兵回日，复招募散卒反叛。其亲弟耿昭忠、聚忠所参之疏及伊属官兵徐宏弼、吕应旸等首告之处，逐款真确。况当日既投诚，复将总督范承谟杀害；揆此，蓄怀反叛之心明矣。应将耿精忠革去王爵、伊子耿显祚革去散秩大臣，即斩耿精忠首级枭示。徐文耀、王世瑜、白显中、江元勋、曾养性、王振邦、蒋得■〈车宏〉、易明、陈昉俱革职，凌迟处死。王国瑞、廖廷云、李似桂、夏季旺、吕应斗、武灏、司定猷、沈伟、郭汾、罗万里、祖宏勋、陈仪、陈斌、吕八俱革职，即斩。刘秉政、席式已死，田起蛟、李学诗给本主为奴，妻子家口均人官，祖孙、父子、兄弟照律。和硕额驸耿昭忠、聚忠既将恶迹出首，均免照律。耿继美、田养民均革职免死，鞭示。各犯俱于是月二十一日绑赴顺城门外处决讫。又，广东夏国相、李本深亦于是日凌迟处死。
是年，大将军贝子章、勇略将军云贵总督赵良栋、绥远将军湖广总督蔡毓荣，奉命引师讨吴世璠。十月初八日，满、汉大兵齐到云南。二十五夜，连破新桥、土桥、双塔东寺、西寺、三市街等营，夺取得胜桥，逼城安营。二十八夜二更，城内火起，伪将军线緎、内府左将军吴国柱、金吾、龙威、右将军吴世基、黄明、原任都统何进忠、原任巡抚林天擎密谋内应，吴世璠、郭壮图并其子郭宗芬俱自刎死。二十九日，线緎等开城出降。贝子进城，将伪大学士方光琛、子方学潜、侄方学范俱凌迟处死。降伪将军以下武弁一千五百余员、文官八十余员、兵丁五千一百三十余名。伪威远大将军胡国柱、李匡、王绪自四川带兵来援，参赞都统希福、云南提督桑格中途杀，势穷，将奔金沙江中甸住居；蒙古扼守江边，断贼奔路。
二十一年壬戌正月初七日，胡国柱、李匡、王绪相继缢死。云南全平。川贼谭宏、彭时亨、谭天秘等投诚，解京正法。江西伪将军杨一豹、江机、葛如箑等投诚，解京并家口安插于乌喇宁古塔。
十二月，云南投诚伪将军线緎、张足法、李芳春、杨宏德、吴国柱等共一百六十七名，俱到京。原任云南知府高显辰、神木道杨三知、富川知县刘邻钦、浮梁知县王临元，俱抗节不屈被杀，并福建、温州死难文武各官，均赠荫有差；祭葬优恤，典溢常例。当日曾受伪官、后归正投诚授职者，毋论文武大小，概行革职为民，以励臣节。
二十二年癸亥，各路出师大将军、将军陆续旋京，在廷九卿詹事科道同上疏曰：三藩初建，原属一时权宜；睿虑深远，恐致尾大不掉，毅然撤去。及逆藩倡乱，反侧群起；皇上不动声色，恩威并济，命将出师：使功使过，兼合其宜；用智用勇，毕尽其力。天下莫不叹知人善任，措饷不派田亩，师行严禁扰民。八年以来，平秦、平楚、平闽、平粤、平蜀、平黔以及平滇南余孽，庙谟素定，某将应如何进兵、某官应如何运饷，莫不指示方略；万里之机宜，无遁于九重之成算。文武诸臣，不过恪遵成命、勉尽职守而已。功德巍巍，比隆尧、舜；宜特崇尊号，宣扬休美：俾薄海知中国之有圣人、万世知守成之有令主。且年来用兵，皇上宵衣旰食，而敬奉两宫晨昏靡间。今天下底定，请太皇太后、皇太后俱宜崇上徽号，以展皇上孝思于无斁也。天子曰：朕自御极以来，夙夜孜孜，勤求化理，期于海宇乂安，生民乐业。不意逆贼吴三桂背恩反叛，煽乱地方。数年之中，士卒疲于征调、闾阎困于转输。幸荷天地祖宗眷佑，渐次削平，四方底定。但逆贼虽已剿除，海内元气未复：兵民之疮痍未起，官方之廉洁鲜闻；教化未孚，风俗未厚。今惟欲与尔等诸臣实图治效，无复崇尚虚文。其加太皇太后、皇太后徽号，已经有旨；其所议崇朕尊号，不必行。鸣呼！大哉王言，真万世圣人，犹病如伤之心也。夫三藩之设，当日因地方未靖，暂资弹压；原非分茅建土，俾彼父子代禅为也。事定自当归旗，以省息东南财力。虽当日一时并撤，廷臣稍乏建明；在圣天子为生民计，深远意岂异哉！奈之何叛逆之！夫在地既久，家口蕃息，招纳匪类，簧鼓反侧，一时不过为安土重迁之故；卒之累累若若縻致阙下，名隶刑章、伏锧都市，身首异处、宗祀灭亡，又何益乎！要之，国家所以胜此者危矣，亦幸矣。夫天下困穷，已非一日；一旦戈矛丛起，民志遑遑。而况八年之久，三方用兵，百万之师日费不亿。幸赖天子圣明，不闻加赋之书，时下停征之诏。且被兵地方，犹发帑金以恤残赏亡。自古及今，未之常闻。虽国家数十年恭俭之储，亦安能无竭。然取之则有道焉：不派田亩而派间架，损有余也；不增正税而增杂租，抑末也。乡绅粮额宜加，分难逃也。予功名之路、启开复之门，则莫大于损纳。夫青矜至细也，江南三百万两、山左四十一万一千有余，而他可知矣。虽事定之后，诸例渐停；然曳白者藉衣顶以武断乎乡曲、拖朱者操券以课子母于沟渠之夫妇。睿怀所谓元气未复、风俗未厚，真圣人明见万里乎！且民者食上者也，兵者食于上者也；当逆藩发难之初，向所为设提、设镇，高牙大纛星罗碁布，曾不闻有藩篱之隔而反戈时闻，则当日纷更兵制之效，已见于此矣。谋国者，将何以建万年不拔之策，仰答圣明天子也哉！