分路四发，暂驻阳朔。召焦琏于平乐入援，湖南将周金汤、熊朝佐亦至，檄简讨蔡之俊先入城，宣式耜令；佥事邵之骅部署琏兵，人情始定。何腾蛟自永宁驰回，集胡一清、赵应选等数千人入守。三月，大清兵至桂林。式耜及腾蛟出御退之。加少师，赐精忠贯日金章。琏等皆进爵。式耜念南宁蛮乡，非驻驆所，日为迎驾计，以大清兵尚在兴安，与腾蛟且战且守，谋复全州，以恢湖南。式耜为相，持大体，虽际丧乱，动引古义，如立治朝，多所匡正。广西巡抚鲁可藻，自署两广；故例，东抚称制兼广西，西抚称抚。式耜曰：方今武人多自署抚军，帅一面帝，制辄自命，贻远人笑。予代疏请，御遏不可。周鼎瀚以阁部擅窃，式耜疏正之。武冈之乱，言官弹鼎瀚，以附承允入直。式耜票拟独不苛。曰：王沂公言，进贤退不肖，皆有体。瀚系大臣，应听自免。陈邦传据浔梧，自称世守，不止供。式耜疏驳之曰：今日功晋五等，尚未裂土，且海宇浚剥，假粤西一隅为郊畿；百官六师，于是取给；辄曰世守，岂老成忧国之心哉？式耜虽在外，朝廷之事，未尝不极言力请。疏曰：臣与陛下，患难相随，休戚与共；原自不同于诸臣。一切大政，自得与闻。庙议可否，国势所关，本乱而求末治，不可得也。又念行在久无讲官，经筵不御，石室尘封，何由闻得失。因手书八箴于扇，进之。是年春，金声桓以南昌归。孔有德等退军武昌。夏腾蛟复全州，李成栋亦以广东来归。奉表迎乘舆。江南响应。式耜上疏言：行在大政，履端谨始，不可不慎。臣谓广东军功爵赏，文武署置，一归成栋，不宜更易。且楚黔雄师百万，腾蛟翘首威灵，如望云霓，大驾遽东，军中将吏必谓朝廷乐新复之土，成栋亦有邀驾之嫌，号令既遥，事机便异。请一见东诸侯，俾共瞻至尊音容，面为慰劳指属，然后责其尽意于东，揣势量情，柔远能迩，道无过此。王欲东，式耜再请还桂林，以图出楚。不报。会闻吴贞毓劝王幸广州，式耜急使刘远生入见阻之。成栋自岭还，修行宫，且邀驾。远生奉使至广，谓成栋曰：今爵驻此，爵赏征伐，人疑有私，不可不嫌。成栋乃止。八月，王至肇庆。成栋陛见，首言式耜拥戴元臣，不宜久劳疆场，请召还纶扉，以资启沃。王遣官三四辈，召式耜。式耜念身在西省，则东朝重，且时事遽难逆睹，安危之机在外不在内，辞不赴。时，五岭道通，朝士辐至。李元胤、袁彭年新自东来，与刘湘客、金堡等一见辄契，期以肃清纲纪，培植善类相励，权幸多不便。陈邦傅与成栋争宠。未几，又召何吾驺、黄士俊入阁，祖用敝政，更置台谏，行朝嚣然，水火日深。而式耜以度量包容，公忠调护，旧人新附，皆倚为重。成栋战亦不利。
顺治六年正月，何腾蛟、李成栋、金声桓俱败死。王命式耜代腾蛟，总督川湖滇广军马，赐敕有曰：得卿在桂，朕无西顾，湖南进止，惟任便宜。未几，衡永皆破，赵应选、胡一清溃入广西。式耜请以兵科给事中吴其靁监诸营军，再出屡疏劝王，以岁月稍暇，财力优裕，宜一心并力修内治以自固，严外备以自强，且积弊之后，易致振兴也。一才一艺之士，靡不收罗幕府，每慨人才凋零。殆尽，凡趼足而至者，非怀忠抱义之人，亦乱世取功名之士；人之精神，岁月不用之于正，则用之于邪；安可驱为人用？故人咸以桂林为稷下。七月，式耜遣胡一清出屯全州。顺治七年正月，尚可喜入南雄，韶州、肇庆大震。王欲出奔，式耜驰奏，言粤东水多于山，不利骑战。自成栋归顺，始有宁宇，财赋繁盛，十倍粤西，骑士材官，南北相杂，中兴根本，杂得易失。且韶去肇数百里，强弩乘城，亦可坚守，以待勤王。今遂弃之，悔可及乎？不听。如梧州。可喜遂围广州。二月，党人狱起，金堡、丁时魁、蒙正发、刘湘客下锦衣卫。式耜奏言：俶扰之时，宜保元气，勿滥刑。诏狱追赃，乃熹庙朝魏忠贤窃权锻练杨、左事，何可祖而行之？敕班四人罪状，示式耜。式耜封还敕书，言法者天下之至公，不可以蜚语横加考案。且四人得罪，各有本末，臣在政府不言，恐失远近人望。其何辞于后世。凡七疏，始改命三法司，久乃论戍。秋，孙可望袭据贵州。十月，孔有德破镇峡，曹志建溃。式耜遗起恒书曰：今东疆危迫，天下事大都不可为，吾与公身为重臣，遭时板荡，不能拯救，徒以一死塞责，何面目以见天下士？起恒奉书而泣。十一月二日，广州陷。五日，孔有德入严关，桂林城中大乱，溃兵四掠，式耜衣冠危坐署中。时张居正曾孙同敞，为兵部侍郎，监一清军于灵川，闻变南奔曰：安可使留守独殉社稷？自江东泅水至，直入式耜寓。曰：事迫矣，公将奈何？曰：今日是式耜死日，但陷封疆，负国死，悔恨耳。同敞曰：君恩师谊，敞当共之。诘旦城陷，被执；有德谕使降。式耜不应。同敞大骂，白梧击，两臂折，牵出共幽一所。大清军壮其义，间馈酒食，同敞纵饮，和诗歌，题墙壁俱满。闰十一月十七日，遇害。桂人哀号载道。
初，金堡戍清浪，阻兵止于桂林为僧。至是，遣僧义持书上有德，请收葬式耜、同敞。略曰：故督师大学士瞿公、总督学士张公，皆山僧之友也。已为王所杀，可谓得死所矣。敌国之人，势不并存，忠臣义士，杀之