陆符、张煌言、姚宗昌，罗名选、官生冯恺章等，皆钦赐进士，署行人、部曹等职。国维、大典及旧辅方逢年，具疏迎驾，令函辉、文光留守上台，王于七月自台至蠡城，以守道署为行宫，各官奉表劝进，即监国位，痛念先雠，流涕被面，臣民莫不感动。以逢年为首揆，专票拟。国维、大典东阁大学士，兼兵部尚书督师。封方国安镇东侯、王之仁武宁候，郑遵谦义兴伯，晋孙嘉绩、熊汝霖兵部尚书，兼副都御史。章正宸、于颕兵部侍郎，兼佥都御史。钱肃乐、沈宸荃、冯元■〈风劦〉俱为佥都御史。画江而守，分汛防遏，联■〈舟宗〉会哨，昼夜巡逻，柝声相闻。在廷设六曹，以朱兆柏为吏部尚书，李白春为户部尚书，余煌为礼部尚书，兼筦枢政。李之椿为左都御史，王思任为侍读学士，余既承乏兵垣，以庄元辰掌吏科，陈相才掌户科，王玉藻掌礼科，来集之、祁熊隹、邵秉节为兵科，何弘仁、沈履祥、翁明英、刘明孝、陈潜夫、徐殿臣，何纶、李挺、刘襄、王绍美、李长祥、朱常淁、任孔当、沈彩、庄恒等为各道御史，张文烶为吏部文选司郎中，姜垓、杨鹏翼、陶履卓、孙荣旭为四司主政，秦祖襄为礼部仪制郎中，举人马晋允兵部职方郎中，邵之谵为户部理饷郎中。而各省航海至者，聂慎行为大理卿，荆本彻为佥都御史，曹广为太仆少卿，沈泓为翰林编修，包尔庚、孙鼎俱为给事中，顾朱、谭贞良、李大年俱为御史。其三吴联结义寨，遥为声援，密奏通款者，吴易、陈子龙、张采等各授副都御史。方相国又揭叙协赞功，以余及庄元宸、来集之、王玉藻、邵秉节，各加太常寺少卿，仍管科事。故辅宋之普觊入直，两具疏缴有温纶，余同吏垣庄君纠之。奉令旨，宋之普林居将母，原未希图复召，不必苛求。之普自是裹足矣。冬初，晋国安爵荆国公，之仁爵兴国公。又封张鹏翼永丰伯，吴凯开远伯，方元科威远伯，方任龙靖南伯，俞玉定南伯，陈谦镇威伯，陈可立平南伯，张世凤永京伯，王鸣谦镇夷伯。张名振挂定西将军，姚志卓挂平原将军，裘尚奭挂宣义将军，潘茂斌挂镇江将军，陈万良挂平夷将军，李士琏挂开原将军。而以都督张慎为锦衣指挥使，都督张国俊辖禁旅，黄明辅提督东司房官旗办事，王之任提督九门禁捕，忠卫将军杨汝庆，勇卫将军池凤鸣为都督同知，总统护驾。又命兵科王玉藻、御史任孔当，巡视京营。刘愚、涂文辅、客光先协理司礼监。十二月，驾幸西兴，临江酾奠，分路进剿，各营俱扬帆前进，而王之仁独观望，维楫中流，不敢登岸，以致诸军深入无功而还。
丙戌，又以田仰、陈盟、柯夏卿、谢三宾，同入纶扉秉政。晋孙嘉绩、熊汝林、章正宸为阁部；正宸辞不受。李之椿疏请西征，加衔大学士，而以李白春摄冢宰，王梦锡为司农。春仲，辽将张国柱航海至蛟关，随路焚劫，直抵姚江，人心岌岌；而江干饷匮、兵饥，咸无固志。贝勒至钱塘曰：『此涧水耳，何名江』？分兵五路，一从闸口，一从西兴，一从观音堂，一从余家埠，一从山舋，联舰编筏，运输驾炮，隔江连放，碎方营厨灶。又凿天开河故道，放舟入江，而姜家嘴、吴家■〈氵义〉、牛头湾、翁家埠、岩门等处，密剳数营垒，皮帐相望，风鹤震惊。五月望后，国安兵一时瓦解，于是，王之仁从鳖子门出海。孙、熊、钱、沈诸营及郑遵谦继之，江上无寸版片帆，而东兵策马竟渡矣。监国先令靖夷将军毛有伦护宫眷世子往上台，有伦改从蛟关，为张国柱所得，赴省投降。监国率骑于二十五日至宁海，余司马煌，尽启九门，于士民出城避兵，乃从容肃衣冠自投东渡桥。陈太仆夫，偕妻妾联臂沈河。御史何弘仁，沈彩自缢。章公正宸披缁，于公颕、黄冠为方外之游。田雄奉贝勒命直抵台州，谷文光迎降。陈学士函辉、翁侍御明英俱缢死。沈侍郎履祥不薙发，被害。监国至新河所，侯文光同发，司礼李国辅奏曰：文光反复难信，不如登舟侯之。如言催进艇，而文光果引田雄兵急追，仅乃获免。出洋督师汝霖驾海舶至，遂护跸往福唐鹭门。孙师至翁洲，疽发背卒，殡芦花岙。监国至鹭门，以汝霖为首揆，钱肃乐为司马，封郑彩建国公。丁亥秋，舟次琅江，汝霖合家被彩沈于海。晋肃乐同马思理为大学士，赞密勿。沈宸荃筦枢柄，汤芬为总督。漳泉守巡道彭遇颽、于华玉俱返正，闽中郡县多恢复，惟福州省城为布政周亮工所守，未能克定。汀、邵群盗并起，据延、建，奉德化王慈烨为帅，踞将军寨，破大田、尤溪，攻顺昌、将乐，闽邮为阻。
戊子冬，北兵再入闽，破建宁，屠之。德化王被获，督师刘中藻守福宁州，援绝服毒死。肃乐劳瘁，病呕血卒。宸荃舣舟南日山，一夜飓风发失缆，同将卒皆覆于海。北兵抵漳州，郑兵遁入粤岛，遇颽、华玉复投顺被杀。
己丑，监国同阮进再扬帆入浙，时黄斌卿从隆封肃虏伯，据舟山，定西侯张名振据石浦，平西将军王朝先，据鹿径窦，各不相统。名振、朝先闻监国至，遣使奉迎，有劝斌卿阻兵相拒者，斌卿不从，自往迎驾。登舟甫下拜，阮进从旁斩之，并其军。以张肯堂为大学士，朱永佑为冢宰，吴钟峦为宗伯，李向中为兵部侍郎，张煌言以翰林学士管枢政，用计杀王朝先，并之。