广州战，全军没。会广州为清兵所袭；十二月之十八日，上释肇庆，走粤西。清镇李成栋追至峡江，适巡抚瞿式耜方练兵峡江，壁垒望驾，得保桂林；已而峡江战败，清兵益进。
元年（丁亥）二月之望，上复释桂林，奔全州；而式耜与参将焦琏留守桂林。时平乐、阳朔等处皆望风降清，清收我叛卒合攻桂林，众寡不敌，城且破；琏独巷战胜清,清兵退去，城全。诏加式耜吏、兵二部尚书，封临桂伯；封琏为新兴俟。时总兵刘承胤者号「铁棍」，驻武冈州，迎跸。上至武冈仓皇，有周老者以布衣为日进膳，上颇甘之。承胤挟势骄蹇，政事傍落；督师何腾蛟露章劾之，请移跸，不果。久之，承胤将劫驾降清；皇太后藏密诏于面中，驰赐腾蛟。腾蛟救至，上出走；承胤辄叛归清，以清蹑驾。武冈陷，兵部侍郎傅作霖、吏部郎中侯伟死之，都御史米寿图、吏部郎中李若星为乱兵所杀。幸斗门陈将军与清战，上得离武冈，几为所及；从靖州憩南宁，依征蛮将军陈邦傅。封邦傅庆国公，邦傅复骄蹇抗制。
二年（戊子），皇子生。清金声桓反正于南昌；未几，李成栋亦反正于广州，诏封声桓豫国公、成栋惠国公。已，清陈友龙反正于靖州、郝尚久反正于潮州。成栋恭表迎驾；八月，上诣端州。成栋提兵踰岭攻赣州，不利；退走信丰，渡河沈水卒。中权杜永和总其军；追者至，与仗，大败。时死于乱军者，为兵部侍郎张调鼎、监军道姚生文等四人。诏封成栋养子元胤为南阳伯，扈驾；而使杜永和督守广州。
三年（己丑），清使平南王尚可法、定南王耿仲明合攻东粤。冬十二月，清兵至南、韶，总兵罗成耀弃城走；清顺流而下，诸城不固。朝议：出师三水挠兵，以便驾行。
四年（庚寅）正月十有七日，帝释端州西奔，而以李元胤留守。二月，上至梧州。永和守广州力，清不得入。时□□伯张月总陆师、总兵吴文敏统水师，连与清战，皆胜；迄十阅月，为仲冬之二日，力竭城陷。永和与大将李明忠、张月、吴文敏等航海保琼州，总兵杨有光没水卒；独总兵范承恩被执降清。未几，肇庆亦陷；李元胤见执于钦州，死之。久之，杜永和亦以琼州降。乃是月之五日，广西亦陷。先是，清定南王孔有德兵出广西，王令大镇马蛟别路入，先破平乐，总兵朱旻如扼战不克，杀妻子、自刭；而有德自提大兵抵桂林。留守瞿式耜，初与开国公赵应选、卫国公胡一清等同镇桂林；适二镇并移屯柳州，式耜单不可守。翰林院侍读兼兵部侍郎张同敞知桂林必败，泅水入城，与式耜共难；及城破，咸赋诗从容就死。靖江王与世子亦被执，见害。上释梧州，历浔州，庆国公陈邦傅半道间起，欲劫上为功于清；上猝以宫眷先去，邦傅窜皇嫂安仁王妃，劫百官眷属及赀囊尽。而上踉跄，颇又为交趾境上人所拦；邦傅疾通清兵逼驾，交趾释驾而与清仗，上得从容保南宁。邦傅遂叛，杀新兴侯焦琏降清。时秦王（孙）可望使人护帝于南宁。先是，献忠之踞蜀也，盗尊号，设官属，颇自制。丁亥，清发奋王以兵攻之，献忠中箭死。其部养子十人皆冒张姓；孙可望等四人功多，辄伪自称王以拒清；发奋王终不能有其地——可望为平东王、王某为抚南王、刘文秀为定北王、李定国为安西王。时刘文秀守蜀城，战胜吴三桂于叙州；而可望与安西窥云南。抚南早卒，裨将冯双鲤统其军。可望既下云南，以沐天波为中军，定国颇为所制。时闻桂藩正位肇庆，移跸桂林；己丑，可望以兵出富州，令其侍郎杨畏知、尚书龚彝致书桂林，不称臣、不奉年号，署平东王字号，书中以合师剿寇为名，意在请封。陈邦傅方驻南宁，怯可望，请封秦王。阁臣严起恒等十三人力争，谓『可望从贼，大乱所由始；且未建尺寸功，倔强如故。不可许』。邦傅竟擅作伪敕，封可望为秦王；意以恃可望，即得罪无虑。敕中有云：『朕将率天下臣民，尊礼如古仲父。秦王总统天下兵马钱粮，节制诸文武，以监国亲王体统行事』；仍伪铸秦王印以给之。可望亦知出邦傅不真，故令礼部誊黄；始用永历年号，自称「监国秦王臣」表谢；仍布告云、贵、楚、粤诸勋镇。朝廷不敢问。至兵驻贵州，遣总兵郝九仪等即南宁护驾，实欲借以詟众自大。此时朝廷尚有朋党，都御史袁彭年、吏科给事中丁时魁、工科给事中金堡、兵科给事中蒙正发、礼部侍郎刘湘客好弹射，不顾情面；举朝惮之，目以为「五虎」。后上夺于群议，以彭年掌案久，反正有功，免议；而四臣皆下狱，堡与时魁皆戍而余俱徒。可望所遣九仪骄恣；居数月，忽称秦王令旨，清君侧十三人及内官；意实衔沮封故事也。上不得已曰：『朕实未知之』。九仪乃擅使人伺阁臣，起恒方刺舟拜客，击之落水死；礼部尚书郭之奇逃，兵部侍郎杨鼎和、吏都给事中刘尧珍及科臣吴霖、张载述皆见杀，内监张福禄、全为国皆凌迟，而兵科金堡以先得罪遣免。帝内悼者数日。冬十月，清有德以兵破柳州；赵应选、胡一清弃城走，合保南宁。清乘胜攻南宁急，上释去；清追之，距三十里而近，忽烈风起，摧林木房屋，人不能正立，追者疑不进。上得所谓土司安龙所者，以其名善，改为安龙府居焉。安龙无险，上居此，再凤凰见，土兵畏不敢犯。于是